EMDB-35885: Cellular components at INS-1E cell interior under basal condition

基本情報

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-35885

• タイトル: Cellular components at INS-1E cell interior under basal condition

試料

• 細胞: INS-1E

• キーワード: insulin secretion / cytoskeleton / CYTOSOLIC PROTEIN
• 生物種: Rattus (ネズミ)
• 手法: 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
• データ登録者: Li W / Li A / Yu B / Zhang X / Liu X / White K / Stevens R / Baumeister W / Sali A / Jasnin M / Sun L

資金援助

1件

Organization	Grant number	国
Not funded

• 引用: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024; タイトル: In situ structure of actin remodeling during glucose-stimulated insulin secretion using cryo-electron tomography.; 著者: Weimin Li / Angdi Li / Bing Yu / Xiaoxiao Zhang / Xiaoyan Liu / Kate L White / Raymond C Stevens / Wolfgang Baumeister / Andrej Sali / Marion Jasnin / Liping Sun / ; 要旨: Actin mediates insulin secretion in pancreatic β-cells through remodeling. Hampered by limited resolution, previous studies have offered an ambiguous depiction as depolymerization and repolymerization. We report the in situ structure of actin remodeling in INS-1E β-cells during glucose-stimulated insulin secretion at nanoscale resolution. After remodeling, the actin filament network at the cell periphery exhibits three marked differences: 12% of actin filaments reorient quasi-orthogonally to the ventral membrane; the filament network mainly remains as cell-stabilizing bundles but partially reconfigures into a less compact arrangement; actin filaments anchored to the ventral membrane reorganize from a "netlike" to a "blooming" architecture. Furthermore, the density of actin filaments and microtubules around insulin secretory granules decreases, while actin filaments and microtubules become more densely packed. The actin filament network after remodeling potentially precedes the transport and release of insulin secretory granules. These findings advance our understanding of actin remodeling and its role in glucose-stimulated insulin secretion.

履歴

登録	2023年4月9日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年2月28日	-
マップ公開	2024年2月28日	-
更新	2024年2月28日	-
現状	2024年2月28日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

マップ

• ファイル: ダウンロード / ファイル: emd_35885.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
• ボクセルのサイズ: X=Y=Z: 12.112 Å

密度

最小 - 最大	-0.9496 - 0.28353226
平均 (標準偏差)	-0.00910525 (±0.027884379)

• 対称性: 空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状	Axis order X Y Z Origin 0 0 0 サイズ 1024 1024 256 Spacing 1024 1024 256
セル	A: 12402.688 Å / B: 12402.688 Å / C: 3100.672 Å α=β=γ: 90.0 °

添付データ

試料の構成要素

全体 : INS-1E

• 全体: 名称: INS-1E

要素

• 細胞: INS-1E

超分子 #1: INS-1E

• 超分子: 名称: INS-1E / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
• 由来(天然): 生物種: Rattus (ネズミ)

実験情報

構造解析

• 手法: クライオ電子顕微鏡法
• 解析: 電子線トモグラフィー法
• 試料の集合状態: cell

試料調製

• 緩衝液: pH: 7.45
• 凍結: 凍結剤: ETHANE
• 切片作成: 集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.5 / 集束イオンビーム - 時間: 30 / 集束イオンビーム - 温度: 78 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 230 ; 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is FEI Aquilos2. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

電子顕微鏡法

• 顕微鏡: FEI TITAN
• 撮影: フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k); 平均電子線量: 2.0 e/Ų
• 電子線: 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
• 電子光学系: 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm

画像解析

• 最終 再構成: 使用した粒子像数: 61