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万見
- EMDB-35867: Multidrug resistance-associated protein 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35867
タイトルMultidrug resistance-associated protein 3
マップデータapp mrp2
試料
  • 複合体: multidrug resistance-associated protein 3 in apo state
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family C member 3
キーワードATP-binding cassette transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronoside transmembrane transporter activity / icosanoid transmembrane transporter activity / ABC-type bile acid transporter activity / leukotriene transport / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transport / Paracetamol ADME / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes ...glucuronoside transmembrane transporter activity / icosanoid transmembrane transporter activity / ABC-type bile acid transporter activity / leukotriene transport / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transport / Paracetamol ADME / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / ABC-type xenobiotic transporter / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / ABC-type xenobiotic transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport / Aspirin ADME / xenobiotic transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / transport across blood-brain barrier / Recycling of bile acids and salts / xenobiotic metabolic process / basal plasma membrane / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / basolateral plasma membrane / ciliary basal body / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multi drug resistance-associated protein / : / ABC transporter TMD0 domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. ...Multi drug resistance-associated protein / : / ABC transporter TMD0 domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-binding cassette sub-family C member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Yun CH / Gao HM
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: structure of multidrug resistance-associated protein 3 at 3.31 Angstroms
著者: Yun CH / Gao HM
履歴
登録2023年4月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月10日-
マップ公開2024年4月10日-
更新2024年4月10日-
現状2024年4月10日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35867.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35867.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈app mrp2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.128
最小 - 最大-0.7088751 - 1.2689021
平均 (標準偏差)0.0005179114 (±0.026360327)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map

ファイルemd_35867_half_map_1.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map

ファイルemd_35867_half_map_2.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : multidrug resistance-associated protein 3 in apo state

全体名称: multidrug resistance-associated protein 3 in apo state
要素
  • 複合体: multidrug resistance-associated protein 3 in apo state
    • タンパク質・ペプチド: ATP-binding cassette sub-family C member 3

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超分子 #1: multidrug resistance-associated protein 3 in apo state

超分子名称: multidrug resistance-associated protein 3 in apo state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: ATP-binding cassette sub-family C member 3

分子名称: ATP-binding cassette sub-family C member 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 174.547766 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDALCGSGEL GSKFWDSNLS VHTENPDLTP CFQNSLLAWV PCIYLWVALP CYLLYLRHHC RGYIILSHLS KLKMVLGVLL WCVSWADLF YSFHGLVHGR APAPVFFVTP LVVGVTMLLA TLLIQYERLQ GVQSSGVLII FWFLCVVCAI VPFRSKILLA K AEGEISDP ...文字列:
MDALCGSGEL GSKFWDSNLS VHTENPDLTP CFQNSLLAWV PCIYLWVALP CYLLYLRHHC RGYIILSHLS KLKMVLGVLL WCVSWADLF YSFHGLVHGR APAPVFFVTP LVVGVTMLLA TLLIQYERLQ GVQSSGVLII FWFLCVVCAI VPFRSKILLA K AEGEISDP FRFTTFYIHF ALVLSALILA CFREKPPFFS AKNVDPNPYP ETSAGFLSRL FFWWFTKMAI YGYRHPLEEK DL WSLKEED RSQMVVQQLL EAWRKQEKQT ARHKASAAPG KNASGEDEVL LGARPRPRKP SFLKALLATF GSSFLISACF KLI QDLLSF INPQLLSILI RFISNPMGPS WWGFLVAGLM FLCSMMQSLI LQHYYHYIFV TGVKFRTGIM GVIYRKALVI TNSV KRAST VGEIVNLMSV DAQRFMDLAP FLNLLWSAPL QIILAIYFLW QNLGPSVLAG VAFMVLLIPL NGAVAVKMRA FQVKQ MKLK DSRIKLMSEI LNGIKVLKLY AWEPSFLKQV EGIRQGELQL LRTAAYLHTT TTFTWMCSPF LVTLITLWVY VYVDPN NVL DAEKAFVSVS LFNILRLPLN MLPQLISNLT QASVSLKRIQ QFLSQEELDP QSVERKTISP GYAITIHSGT FTWAQDL PP TLHSLDIQVP KGALVAVVGP VGCGKSSLVS ALLGEMEKLE GKVHMKGSVA YVPQQAWIQN CTLQENVLFG KALNPKRY Q QTLEACALLA DLEMLPGGDQ TEIGEKGINL SGGQRQRVSL ARAVYSDADI FLLDDPLSAV DSHVAKHIFD HVIGPEGVL AGKTRVLVTH GISFLPQTDF IIVLADGQVS EMGPYPALLQ RNGSFANFLC NYAPDEDQGH LEDSWTALEG AEDKEALLIE DTLSNHTDL TDNDPVTYVV QKQFMRQLSA LSSDGEGQGR PVPRRHLGPS EKVQVTEAKA DGALTQEEKA AIGTVELSVF W DYAKAVGL CTTLAICLLY VGQSAAAIGA NVWLSAWTND AMADSRQNNT SLRLGVYAAL GILQGFLVML AAMAMAAGGI QA ARVLHQA LLHNKIRSPQ SFFDTTPSGR ILNCFSKDIY VVDEVLAPVI LMLLNSFFNA ISTLVVIMAS TPLFTVVILP LAV LYTLVQ RFYAATSRQL KRLESVSRSP IYSHFSETVT GASVIRAYNR SRDFEIISDT KVDANQRSCY PYIISNRWLS IGVE FVGNC VVLFAALFAV IGRSSLNPGL VGLSVSYSLQ VTFALNWMIR MMSDLESNIV AVERVKEYSK TETEAPWVVE GSRPP EGWP PRGEVEFRNY SVRYRPGLDL VLRDLSLHVH GGEKVGIVGR TGAGKSSMTL CLFRILEAAK GEIRIDGLNV ADIGLH DVR SQLTIIPQDP ILFSGTLRMN LDPFGSYSEE DIWWALELSH LHTFVSSQPA GLDFQCSEGG ENLSVGQRQL VCLARAL LR KSRILVLDEA TAAIDLETDN LIQATIRTQF DTCTVLTIAH RLNTIMDYTR VLVLDKGVVA EFDSPANLIA ARGIFYGM A RDAGLALEEN LYFQGSGGGG GGDYKDHDGD YKDHDIDYKD DDDKHHHHHH

UniProtKB: ATP-binding cassette sub-family C member 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.00 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 124494
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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