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万見
- EMDB-35821: Human neuronal gap junction channel connexin 36 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35821
タイトルHuman neuronal gap junction channel connexin 36
マップデータ
試料
  • 複合体: human neuronal gap junction channel connexin 36
    • タンパク質・ペプチド: Gap junction delta-2 protein
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
キーワードchannel neuronal connexin dodecamer / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Electric Transmission Across Gap Junctions / connexin complex / Gap junction assembly / gap junction channel activity / neuronal action potential / visual perception / cell-cell signaling / chemical synaptic transmission / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gap junction delta-2 protein (Cx36) / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. / Connexin homologues / Gap junction channel protein cysteine-rich domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Gap junction delta-2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Mao WX / Chen SS
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Arch Biochem Biophys / 年: 2024
タイトル: Assembly mechanisms of the neuronal gap junction channel connexin 36 elucidated by Cryo-EM.
著者: Wenxuan Mao / Shanshuang Chen /
要旨: Electrical synapses are essential components of neural circuits. Neuronal signal transduction across electrical synapses is primarily mediated by gap junction channels composed of Connexin36 (Cx36), ...Electrical synapses are essential components of neural circuits. Neuronal signal transduction across electrical synapses is primarily mediated by gap junction channels composed of Connexin36 (Cx36), the lack of which causes impaired electrical coupling between certain neurons including cortical interneurons and thalamic reticular nucleus (TRN) neurons. However, the structural basis underlying Cx36 function and assembly remains elusive. Recently, Lee et al. reported cryo-EM structures of Cx36, thus provided first insights of its gating mechanism. Here, we report a consistent cryo-EM structure of Cx36 determined in parallel, and describe unique interactions underpinning its assembly mechanism in complementary to the competing work. In particular, we found non-canonical electrostatic interactions between protomers from opposing hemichannels and a steric complementary site between adjacent protomers within a hemichannel, which together provide a structural explanation for the assembly specificity in homomeric and heteromeric gap junction channels.
履歴
登録2023年4月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月10日-
マップ公開2024年4月10日-
更新2024年4月10日-
現状2024年4月10日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35821.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35821.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 280 pix.
= 308. Å		1.1 Å/pix.
x 280 pix.
= 308. Å		1.1 Å/pix.
x 280 pix.
= 308. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.158
最小 - 最大-0.30655256 - 0.80944973
平均 (標準偏差)0.001201687 (±0.027111743)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 308.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35821_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35821_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human neuronal gap junction channel connexin 36

全体名称: human neuronal gap junction channel connexin 36
要素
  • 複合体: human neuronal gap junction channel connexin 36
    • タンパク質・ペプチド: Gap junction delta-2 protein
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

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超分子 #1: human neuronal gap junction channel connexin 36

超分子名称: human neuronal gap junction channel connexin 36 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Gap junction delta-2 protein

分子名称: Gap junction delta-2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.135672 KDa
組換発現生物種: eukaryotic plasmids (その他)
配列文字列: MGEWTILERL LEAAVQQHST MIGRILLTVV VIFRILIVAI VGETVYDDEQ TMFVCNTLQP GCNQACYDRA FPISHIRYWV FQIIMVCTP SLCFITYSVH QSAKQRERRY STVFLALDRD PPESIGGPGG TGGGGSGGGK REDKKLQNAI VNGVLQNTEN T SKETEPDC ...文字列:
MGEWTILERL LEAAVQQHST MIGRILLTVV VIFRILIVAI VGETVYDDEQ TMFVCNTLQP GCNQACYDRA FPISHIRYWV FQIIMVCTP SLCFITYSVH QSAKQRERRY STVFLALDRD PPESIGGPGG TGGGGSGGGK REDKKLQNAI VNGVLQNTEN T SKETEPDC LEVKELTPHP SGLRTASKSK LRRQEGISRF YIIQVVFRNA LEIGFLVGQY FLYGFSVPGL YECNRYPCIK EV ECYVSRP TEKTVFLVFM FAVSGICVVL NLAELNHLGW RKIKLAVRGA QAKRKSIYEI RNKDLPRVSV PNFGRTQSSD SAY V

UniProtKB: Gap junction delta-2 protein

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分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 48 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #3: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 84 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.56 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 117469
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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