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- EMDB-35694: Cryo-EM structure of wild-type human tRNA Splicing Endonuclease C... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35694
タイトルCryo-EM structure of wild-type human tRNA Splicing Endonuclease Complex bound to pre-tRNA-ARG at 3.19 A resolution
マップデータ
試料
  • 複合体: Human pre-tRNA splicing complex TSEN with substrate RNA
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54
    • RNA: RNA (88-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードtRNA splicing / TSEN / Cryo-EM / endonuclease / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-intron endonuclease complex / tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / tRNA processing in the nucleus / mRNA processing / nucleic acid binding / lyase activity / centrosome ...tRNA-intron endonuclease complex / tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / tRNA processing in the nucleus / mRNA processing / nucleic acid binding / lyase activity / centrosome / nucleolus / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA-splicing endonuclease, SEN2 subunit / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54, N-terminal / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit sen54 N-term / tRNA-splicing endonuclease, SEN34 subunit / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / Sen15 protein / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease ...tRNA-splicing endonuclease, SEN2 subunit / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54, N-terminal / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit sen54 N-term / tRNA-splicing endonuclease, SEN34 subunit / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / Sen15 protein / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / tRNA endonuclease-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Sun Y / Zhang Y / Yuan L / Han Y
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Recognition and cleavage mechanism of intron-containing pre-tRNA by human TSEN endonuclease complex.
著者: Ling Yuan / Yaoyao Han / Jiazheng Zhao / Yixiao Zhang / Yadong Sun /
要旨: Removal of introns from transfer RNA precursors (pre-tRNAs) occurs in all living organisms. This is a vital phase in the maturation and functionality of tRNA. Here we present a 3.2 Å-resolution cryo- ...Removal of introns from transfer RNA precursors (pre-tRNAs) occurs in all living organisms. This is a vital phase in the maturation and functionality of tRNA. Here we present a 3.2 Å-resolution cryo-EM structure of an active human tRNA splicing endonuclease complex bound to an intron-containing pre-tRNA. TSEN54, along with the unique regions of TSEN34 and TSEN2, cooperatively recognizes the mature body of pre-tRNA and guides the anticodon-intron stem to the correct position for splicing. We capture the moment when the endonucleases are poised for cleavage, illuminating the molecular mechanism for both 3' and 5' cleavage reactions. Two insertion loops from TSEN54 and TSEN2 cover the 3' and 5' splice sites, respectively, trapping the scissile phosphate in the center of the catalytic triad of residues. Our findings reveal the molecular mechanism for eukaryotic pre-tRNA recognition and cleavage, as well as the evolutionary relationship between archaeal and eukaryotic TSENs.
履歴
登録2023年3月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月18日-
マップ公開2023年10月18日-
更新2023年10月18日-
現状2023年10月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35694.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35694.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 211. Å		1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 211. Å		1.06 Å/pix.
x 200 pix.
= 211. Å

表面

投影像

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断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.055 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.495
最小 - 最大-3.7847893 - 6.157538
平均 (標準偏差)0.002467771 (±0.14946038)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 210.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35694_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35694_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human pre-tRNA splicing complex TSEN with substrate RNA

全体名称: Human pre-tRNA splicing complex TSEN with substrate RNA
要素
  • 複合体: Human pre-tRNA splicing complex TSEN with substrate RNA
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
    • タンパク質・ペプチド: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54
    • RNA: RNA (88-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Human pre-tRNA splicing complex TSEN with substrate RNA

超分子名称: Human pre-tRNA splicing complex TSEN with substrate RNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15

分子名称: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.760371 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MHHHHHHGSM EERGDSEPTP GCSGLGPGGV RGFGDGGGAP SWAPEDAWMG THPKYLEMME LDIGDATQVY VAFLVYLDLM ESKSWHEVN CVGLPELQLI CLVGTEIEGE GLQTVVPTPI TASLSHNRIR EILKASRKLQ GDPDLPMSFT LAIVESDSTI V YYKLTDGF MLPDPQNISL RR

UniProtKB: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15

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分子 #2: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2

分子名称: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tRNA-intron lyase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 53.326895 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAEAVFHAPK RKRRVYETYE SPLPIPFGQD HGPLKEFKIF RAEMINNNVI VRNAEDIEQL YGKGYFGKGI LSRSRPSFTI SDPKLVAKW KDMKTNMPII TSKRYQHSVE WAAELMRRQG QDESTVRRIL KDYTKPLEHP PVKRNEEAQV HDKLNSGMVS N MEGTAGGE ...文字列:
MAEAVFHAPK RKRRVYETYE SPLPIPFGQD HGPLKEFKIF RAEMINNNVI VRNAEDIEQL YGKGYFGKGI LSRSRPSFTI SDPKLVAKW KDMKTNMPII TSKRYQHSVE WAAELMRRQG QDESTVRRIL KDYTKPLEHP PVKRNEEAQV HDKLNSGMVS N MEGTAGGE RPSVVNGDSG KSGGVGDPRE PLGCLQEGSG CHPTTESFEK SVREDASPLP HVCCCKQDAL ILQRGLHHED GS QHIGLLH PGDRGPDHEY VLVEEAECAM SEREAAPNEE LVQRNRLICR RNPYRIFEYL QLSLEEAFFL VYALGCLSIY YEK EPLTIV KLWKAFTVVQ PTFRTTYMAY HYFRSKGWVP KVGLKYGTDL LLYRKGPPFY HASYSVIIEL VDDHFEGSLR RPLS WKSLA ALSRVSVNVS KELMLCYLIK PSTMTDKEME SPECMKRIKV QEVILSRWVS SRERSDQDDL

UniProtKB: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2

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分子 #3: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34

分子名称: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tRNA-intron lyase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.694887 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MLVVEVANGR SLVWGAEAVQ ALRERLGVGG RTVGALPRGP RQNSRLGLPL LLMPEEARLL AEIGAVTLVS APRPDSRHHS LALTSFKRQ QEESFQEQSA LAAEARETRR QELLEKITEG QAAKKQKLEQ ASGASSSQEA GSSQAAKEDE TSDGQASGEQ E EAGPSSSQ ...文字列:
MLVVEVANGR SLVWGAEAVQ ALRERLGVGG RTVGALPRGP RQNSRLGLPL LLMPEEARLL AEIGAVTLVS APRPDSRHHS LALTSFKRQ QEESFQEQSA LAAEARETRR QELLEKITEG QAAKKQKLEQ ASGASSSQEA GSSQAAKEDE TSDGQASGEQ E EAGPSSSQ AGPSNGVAPL PRSALLVQLA TARPRPVKAR PLDWRVQSKD WPHAGRPAHE LRYSIYRDLW ERGFFLSAAG KF GGDFLVY PGDPLRFHAH YIAQCWAPED TIPLQDLVAA GRLGTSVRKT LLLCSPQPDG KVVYTSLQWA SLQ

UniProtKB: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34

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分子 #4: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54

分子名称: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: GST tag was removed by TEV protease / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.451766 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SYWDMEPEPE PAAVEVPAGR VLSARELFAA RSRSQKLPQR SHGPKDFLPD GSAAQAERLR RCREELWQLL AEQRVERLGS LVAAEWRPE EGFVELKSPA GKFWQTMGFS EQGRQRLHPE EALYLLECGS IHLFHQDLPL SIQEAYQLLL TDHTVTFLQY Q VFSHLKRL ...文字列:
SYWDMEPEPE PAAVEVPAGR VLSARELFAA RSRSQKLPQR SHGPKDFLPD GSAAQAERLR RCREELWQLL AEQRVERLGS LVAAEWRPE EGFVELKSPA GKFWQTMGFS EQGRQRLHPE EALYLLECGS IHLFHQDLPL SIQEAYQLLL TDHTVTFLQY Q VFSHLKRL GYVVRRFQPS SVLSPYERQL NLDASVQHLE DGDGKRKRSS SSPRSINKKA KALDNSLQPK SLAASSPPPC SQ PSQCPEE KPQESSPMKG PGGPFQLLGS LGPSPGPARE GVGCSWESGR AENGVTGAGK RRWNFEQISF PNMASDSRHT LLR APAPEL LPANVAGRET DAESWCQKLN QRKEKLSRRE REHHAEAAQF QEDVNADPEV QRCSSWREYK ELLQRRQVQR SQRR APHLW GQPVTPLLSP GQASSPAVVL QHISVLQTTH LPDGGARLLE KSGGLEIIFD VYQADAVATF RKNNPGKPYA RMCIS GFDE PVPDLCSLKR LSYQSGDVPL IFALVDHGDI SFYSFRDFTL PQDVGH

UniProtKB: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54

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分子 #5: RNA (88-MER)

分子名称: RNA (88-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.440879 KDa
配列文字列:
GGCUCUGUGG CGCAAUGGAU AGCGCAUUGG ACUUCUAGUG ACGAAUAGAG CAAUUCAAAG GUUGUGGGUU CGAAUCCCAC CAGAGUCG

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHEPES2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid
1.0 mMMgCl2Magnesium chloride
5.0 mMDTTDithiothreitol
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Protein was incubated with RNA on ice for 45 minutes

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 49.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 335714
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: predicted
得られたモデル

PDB-8iss:
Cryo-EM structure of wild-type human tRNA Splicing Endonuclease Complex bound to pre-tRNA-ARG at 3.19 A resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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