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- EMDB-35653: cryo-electron tomogram from mouse islets lift-out sample(TOMO_002) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35653
タイトルcryo-electron tomogram from mouse islets lift-out sample(TOMO_002)
マップデータ
試料
  • 組織: mouse islets lift-out sample
キーワードislet / vesicle / insulin / EXOCYTOSIS
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Wu Y / Qin C / Du W / Chen L / Guo Q
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2023
タイトル: A practical multicellular sample preparation pipeline broadens the application of in situ cryo-electron tomography.
著者: Yichun Wu / Changdong Qin / Wenjing Du / Zhenxi Guo / Liangyi Chen / Qiang Guo /
要旨: The structural studies of macromolecules in their physiological context, particularly in tissue, is constrained by the bottleneck of sample preparation. In this study, we present a practical pipeline ...The structural studies of macromolecules in their physiological context, particularly in tissue, is constrained by the bottleneck of sample preparation. In this study, we present a practical pipeline for preparing multicellular samples for cryo-electron tomography. The pipeline comprises sample isolation, vitrification, and lift-out-based lamella preparation using commercially available instruments. We demonstrate the efficacy of our pipeline by visualizing pancreatic β cells from mouse islets at the molecular level. This pipeline enables the determination of the properties of insulin crystals in situ for the first time, using unperturbed samples.
履歴
登録2023年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月31日-
マップ公開2023年5月31日-
更新2023年5月31日-
現状2023年5月31日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35653.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35653.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1019.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
15.3 Å/pix.
x 300 pix.
= 4590. Å		15.3 Å/pix.
x 960 pix.
= 14688. Å		15.3 Å/pix.
x 928 pix.
= 14198.4 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 15.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-10259.972999999999956 - 3860.816699999999855
平均 (標準偏差)-0.000000032103145 (±235.428910000000002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ960928300
Spacing928960300
セルA: 14198.4 Å / B: 14688.0 Å / C: 4590.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : mouse islets lift-out sample

全体名称: mouse islets lift-out sample
要素
  • 組織: mouse islets lift-out sample

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超分子 #1: mouse islets lift-out sample

超分子名称: mouse islets lift-out sample / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: NITROGEN / 詳細: high pressure freezing.
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Leica EM HP100. This is not in a list of allowed values {'BAL-TEC HPM 010', 'LEICA EM HPM100', 'LEICA EM PACT', 'LEICA EM PACT2', ...詳細: The value given for _em_high_pressure_freezing.instrument is Leica EM HP100. This is not in a list of allowed values {'BAL-TEC HPM 010', 'LEICA EM HPM100', 'LEICA EM PACT', 'LEICA EM PACT2', 'OTHER', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER'} so OTHER is written into the XML file.
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.03 / 集束イオンビーム - 時間: 1800 / 集束イオンビーム - 温度: 81 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 10000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 320
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 2.89 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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