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- EMDB-35628: Structure of ATP7B C983S/C985S/D1027A mutant with AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35628
タイトルStructure of ATP7B C983S/C985S/D1027A mutant with AMP-PNP
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of ATP7B and ANP
    • タンパク質・ペプチド: Copper-transporting ATPase 2
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
キーワードP-type Cu(+) transporter / Translocase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein maturation by copper ion transfer / P-type divalent copper transporter activity / copper ion export / copper ion transmembrane transporter activity / copper ion import / P-type Cu+ transporter / P-type monovalent copper transporter activity / sequestering of calcium ion / copper ion transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane ...protein maturation by copper ion transfer / P-type divalent copper transporter activity / copper ion export / copper ion transmembrane transporter activity / copper ion import / P-type Cu+ transporter / P-type monovalent copper transporter activity / sequestering of calcium ion / copper ion transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / intracellular zinc ion homeostasis / response to copper ion / Ion transport by P-type ATPases / intracellular copper ion homeostasis / lactation / trans-Golgi network membrane / establishment of localization in cell / late endosome / monoatomic ion transmembrane transport / copper ion binding / viral translational frameshifting / Golgi membrane / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain ...Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper-transporting ATPase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Yang G / Xu L / Guo J / Wu Z
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0908501 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0508100 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870724 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81125009 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Structures of the human Wilson disease copper transporter ATP7B.
著者: Guo-Min Yang / Lingyi Xu / Rou-Min Wang / Xin Tao / Zi-Wei Zheng / Shenghai Chang / Demin Ma / Cheng Zhao / Yi Dong / Shan Wu / Jiangtao Guo / Zhi-Ying Wu /
要旨: The P-type ATPase ATP7B exports cytosolic copper and plays an essential role in the regulation of cellular copper homeostasis. Mutants of ATP7B cause Wilson disease (WD), an autosomal recessive ...The P-type ATPase ATP7B exports cytosolic copper and plays an essential role in the regulation of cellular copper homeostasis. Mutants of ATP7B cause Wilson disease (WD), an autosomal recessive disorder of copper metabolism. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of human ATP7B in the E1 state in the apo, the putative copper-bound, and the putative cisplatin-bound forms. In ATP7B, the N-terminal sixth metal-binding domain (MBD6) binds at the cytosolic copper entry site of the transmembrane domain (TMD), facilitating the delivery of copper from the MBD6 to the TMD. The sulfur-containing residues in the TMD of ATP7B mark the copper transport pathway. By comparing structures of the E1 state human ATP7B and E2-P state frog ATP7B, we propose the ATP-driving copper transport model of ATP7B. These structures not only advance our understanding of the mechanisms of ATP7B-mediated copper export but can also guide the development of therapeutics for the treatment of WD.
履歴
登録2023年3月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月26日-
マップ公開2023年4月26日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35628.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35628.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 240 pix.
= 243.36 Å		1.01 Å/pix.
x 240 pix.
= 243.36 Å		1.01 Å/pix.
x 240 pix.
= 243.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.014 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.045480594 - 0.06560049
平均 (標準偏差)0.000047513833 (±0.0018051956)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 243.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35628_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35628_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of ATP7B and ANP

全体名称: Complex of ATP7B and ANP
要素
  • 複合体: Complex of ATP7B and ANP
    • タンパク質・ペプチド: Copper-transporting ATPase 2
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: Complex of ATP7B and ANP

超分子名称: Complex of ATP7B and ANP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Copper-transporting ATPase 2

分子名称: Copper-transporting ATPase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type Cu+ transporter
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 162.033516 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPEQERQITA REGASRKILS KLSLPTRAWE PAMKKSFAFD NVGYEGGLDG LGPSSQVATS TVRILGMTCQ SCVKSIEDRI SNLKGIISM KVSLEQGSAT VKYVPSVVCL QQVCHQIGDM GFEASIAEGK AASWPSRSLP AQEAVVKLRV EGMTCQSCVS S IEGKVRKL ...文字列:
MPEQERQITA REGASRKILS KLSLPTRAWE PAMKKSFAFD NVGYEGGLDG LGPSSQVATS TVRILGMTCQ SCVKSIEDRI SNLKGIISM KVSLEQGSAT VKYVPSVVCL QQVCHQIGDM GFEASIAEGK AASWPSRSLP AQEAVVKLRV EGMTCQSCVS S IEGKVRKL QGVVRVKVSL SNQEAVITYQ PYLIQPEDLR DHVNDMGFEA AIKSKVAPLS LGPIDIERLQ STNPKRPLSS AN QNFNNSE TLGHQGSHVV TLQLRIDGMH CKSCVLNIEE NIGQLLGVQS IQVSLENKTA QVKYDPSCTS PVALQRAIEA LPP GNFKVS LPDGAEGSGT DHRSSSSHSP GSPPRNQVQG TCSTTLIAIA GMTCASCVHS IEGMISQLEG VQQISVSLAE GTAT VLYNP SVISPEELRA AIEDMGFEAS VVSESCSTNP LGNHSAGNSM VQTTDGTPTS VQEVAPHTGR LPANHAPDIL AKSPQ STRA VAPQKCFLQI KGMTCASCVS NIERNLQKEA GVLSVLVALM AGKAEIKYDP EVIQPLEIAQ FIQDLGFEAA VMEDYA GSD GNIELTITGM TCASCVHNIE SKLTRTNGIT YASVALATSK ALVKFDPEII GPRDIIKIIE EIGFHASLAQ RNPNAHH LD HKMEIKQWKK SFLCSLVFGI PVMALMIYML IPSNEPHQSM VLDHNIIPGL SILNLIFFIL CTFVQLLGGW YFYVQAYK S LRHRSANMDV LIVLATSIAY VYSLVILVVA VAEKAERSPV TFFDTPPMLF VFIALGRWLE HLAKSKTSEA LAKLMSLQA TEATVVTLGE DNLIIREEQV PMELVQRGDI VKVVPGGKFP VDGKVLEGNT MADESLITGE AMPVTKKPGS TVIAGSINAH GSVLIKATH VGNDTTLAQI VKLVEEAQMS KAPIQQLADR FSGYFVPFII IMSTLTLVVW IVIGFIDFGV VQRYFPNPNK H ISQTEVII RFAFQTSITV LCIASPSSLG LATPTAVMVG TGVAAQNGIL IKGGKPLEMA HKIKTVMFAK TGTITHGVPR VM RVLLLGD VATLPLRKVL AVVGTAEASS EHPLGVAVTK YCKEELGTET LGYCTDFQAV PGCGIGCKVS NVEGILAHSE RPL SAPASH LNEAGSLPAE KDAVPQTFSV LIGNREWLRR NGLTISSDVS DAMTDHEMKG QTAILVAIDG VLCGMIAIAD AVKQ EAALA VHTLQSMGVD VVLITGDNRK TARAIATQVG INKVFAEVLP SHKVAKVQEL QNKGKKVAMV GDGVNDSPAL AQADM GVAI GTGTDVAIEA ADVVLIRNDL LDVVASIHLS KRTVRRIRIN LVLALIYNLV GIPIAAGVFM PIGIVLQPWM GSAAMA ASS VSVVLSSLQL KCYKKPDLER YEAQAHGHMK PLTASQVSVH IGMDDRWRDS PRATPWDQVS YVSQVSLSSL TSDKPSR HS AAADDDGDKW SLLLNGRDEE QYIVDELTSR GRDYKDDDDK WSHPQFEKGG GGSGGSAWSH PQFEK

UniProtKB: Copper-transporting ATPase 2

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分子 #2: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 350373
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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