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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35614 | |||||||||
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タイトル | Herg1a-herg1b closed state 1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | channelrhodopsin / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane repolarization during action potential / inward rectifier potassium channel activity / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / monoatomic ion channel complex / regulation of heart rate by cardiac conduction 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang MF | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Herg1a-herg1b closed state 1 著者: Zhang MF | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35614.map.gz | 229.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35614-v30.xml emd-35614.xml | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35614.png | 47 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35614.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_35614_half_map_1.map.gz emd_35614_half_map_2.map.gz | 225.9 MB 225.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35614 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35614 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8iobMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35614.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.849 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35614_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35614_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Herg1a-herg1b channel
全体 | 名称: Herg1a-herg1b channel |
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要素 |
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-超分子 #1: Herg1a-herg1b channel
超分子 | 名称: Herg1a-herg1b channel / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 2
分子 | 名称: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 126.802727 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MPVRRGHVAP QNTFLDTIIR KFEGQSRKFI IANARVENCA VIYCNDGFCE LCGYSRAEVM QRPCTCDFLH GPRTQRRAAA QIAQALLGA EERKVEIAFY RKDGSCFLCL VDVVPVKNED GAVIMFILNF EVVMEKDMVG SPAHDTNHRG PPTSWLAPGR A KTFRLKLP ...文字列: MPVRRGHVAP QNTFLDTIIR KFEGQSRKFI IANARVENCA VIYCNDGFCE LCGYSRAEVM QRPCTCDFLH GPRTQRRAAA QIAQALLGA EERKVEIAFY RKDGSCFLCL VDVVPVKNED GAVIMFILNF EVVMEKDMVG SPAHDTNHRG PPTSWLAPGR A KTFRLKLP ALLALTARES SVRSGGAGGA GAPGAVVVDV DLTPAAPSSE SLALDEVTAM DNHVAGLGPA EERRALVGPG SP PRSAPGQ LPSPRAHSLN PDASGSSCSL ARTRSRESCA SVRRASSADD IEAMRAGVLP PPPRHASTGA MHPLRSGLLN STS DSDLVR YRTISKIPQI TLNFVDLKGD PFLASPTSDR EIIAPKIKER THNVTEKVTQ VLSLGADVLP EYKLQAPRIH RWTI LHYSP FKAVWDWLIL LLVIYTAVFT PYSAAFLLKE TEEGPPATEC GYACQPLAVV DLIVDIMFIV DILINFRTTY VNANE EVVS HPGRIAVHYF KGWFLIDMVA AIPFDLLIFG SGSEELIGLL KTARLLRLVR VARKLDRYSE YGAAVLFLLM CTFALI AHW LACIWYAIGN MEQPHMDSRI GWLHNLGDQI GKPYNSSGLG GPSIKDKYVT ALYFTFSSLT SVGFGNVSPN TNSEKIF SI CVMLIGSLMY ASIFGNVSAI IQRLYSGTAR YHTQMLRVRE FIRFHQIPNP LRQRLEEYFQ HAWSYTNGID MNAVLKGF P ECLQADICLH LNRSLLQHCK PFRGATKGCL RALAMKFKTT HAPPGDTLVH AGDLLTALYF ISRGSIEILR GDVVVAILG KNDIFGEPLN LYARPGKSNG DVRALTYCDL HKIHRDDLLE VLDMYPEFSD HFWSSLEITF NLRDTNMIPG SPGSTELEGG FSRQRKRKL SFRRRTDKDT EQPGEVSALG PGRAGAGPSS RGRPGGPWGE SPSSGPSSPE SSEDEGPGRS SSPLRLVPFS S PRPPGEPP GGEPLMEDCE KSSDTCNPLS GAFSGVSNIF SFWGDSRGRQ YQELPRCPAP TPSLLNIPLS SPGRRPRGDV ES RLDALQR QLNRLETRLS ADMATVLQLL QRQMTLVPPA YSAVTTPGPG PTSTSPLLPV SPLPTLTLDS LSQVSQFMAC EEL PPGAPE LPQEGPTRRL SLPGQLGALT SQPLHRHGSD PGS UniProtKB: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 35000 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |