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- EMDB-35595: Cryo-EM structure of Cas12j-SF05-crRNA-dsDNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35595
タイトルCryo-EM structure of Cas12j-SF05-crRNA-dsDNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of Cas12j-SF05 with crRNA and target dsDNA
    • タンパク質・ペプチド: Cas12j-SF05
    • RNA: crRNA
    • DNA: TS-DNA
    • DNA: NTS-DNA
キーワードCRISPR / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex
生物種Biggievirus Mos11 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhang X / Duan ZQ / Zhu JK
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for DNA cleavage by the hypercompact Cas12j-SF05.
著者: Zhiqiang Duan / Xi Zhang / Jun-Tao Zhang / Shanshan Li / Ruiheng Liu / Jie Sun / Qingzhi Zhao / Nannan Jia / Ning Jia / Jian-Kang Zhu /
履歴
登録2023年3月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月13日-
マップ公開2024年3月13日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35595.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35595.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 384 pix.
= 253.44 Å		0.66 Å/pix.
x 384 pix.
= 253.44 Å		0.66 Å/pix.
x 384 pix.
= 253.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.43806985 - 0.76900727
平均 (標準偏差)0.00003183102 (±0.013728838)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 253.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_35595_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_35595_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_35595_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of Cas12j-SF05 with crRNA and target dsDNA

全体名称: Ternary complex of Cas12j-SF05 with crRNA and target dsDNA
要素
  • 複合体: Ternary complex of Cas12j-SF05 with crRNA and target dsDNA
    • タンパク質・ペプチド: Cas12j-SF05
    • RNA: crRNA
    • DNA: TS-DNA
    • DNA: NTS-DNA

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超分子 #1: Ternary complex of Cas12j-SF05 with crRNA and target dsDNA

超分子名称: Ternary complex of Cas12j-SF05 with crRNA and target dsDNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Biggievirus Mos11 (ウイルス)

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分子 #1: Cas12j-SF05

分子名称: Cas12j-SF05 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Biggievirus Mos11 (ウイルス)
分子量理論値: 83.449094 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTPKTETPVG ALIKKFFPGK RFQKNYLKDA GKKLKREGEA AAVEYLSGKQ EDHPANFCPP AKVNILAQSR PLSEWPINLV SKGVQEYVY GLTAAEREAN GDFGTSRKSL DRWFARTGVP THGYTTVQGL NLILRHTFNR YDGVIKKVET RNEKRRSKAT R INVSREAD ...文字列:
MTPKTETPVG ALIKKFFPGK RFQKNYLKDA GKKLKREGEA AAVEYLSGKQ EDHPANFCPP AKVNILAQSR PLSEWPINLV SKGVQEYVY GLTAAEREAN GDFGTSRKSL DRWFARTGVP THGYTTVQGL NLILRHTFNR YDGVIKKVET RNEKRRSKAT R INVSREAD GLPPIEAEPE ETAFGPDGKL KERPGINPSI YCYQQVSPVP YNPAKHPALP FSGVDPGAPL PLGTPNRLSI PK GQPGYVP EWQRPHLSTK NKRIRKWYAR ANWRRKPGRK SVLDEAKLKE AALKEAIPII VTIGKDWIVM DARGLLRAVY WRG IAKPGL SLKELLGFFS GDPVLDPKRG IATFTFKLGA VAVHSRKPTR GKKSKELLLS MTAEKPHVGL VAIDLGQTNP VAAE FSRVK REGETLQAEP LGQIVLPDDL VKDLTRYRRA WDATEEQIKA EAIVQLPEEC RAEVVKVNQM SAEETKHLIL DRGVS GDLP WEKMTSNTTF ISDHLLAKGV TDQVFFEKKS KGKKKGTETV KRKDYGWVKL LRPRLSQETR KAVNDKTWEL KRASTE YVR LSRRKTELAR RCVNYIVRET KRWTQCEDIA IVIEDLNVRF FHGSGERPDG WDNFFISKRE NRWFIQVLHK AFSDLAL HR GLPVIEANPA RTSITCIRCG HCDRNNRHGE MFLCLSCNDL RHADREIATR NLTRVAVTGE MIPRRIEPGE QSGDTKKA R SARKGKKAVI SKREAA

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分子 #2: crRNA

分子名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Biggievirus Mos11 (ウイルス)
分子量理論値: 18.179771 KDa
配列文字列:
GCCGUCAACG UUCAACGCUU GCUCGGUUCG CCGAGACUCC CCUACGUGCU GCUGAAG

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分子 #3: TS-DNA

分子名称: TS-DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Biggievirus Mos11 (ウイルス)
分子量理論値: 16.99491 KDa
配列文字列: (DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA) (DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA) (DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG) (DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)

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分子 #4: NTS-DNA

分子名称: NTS-DNA / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Biggievirus Mos11 (ウイルス)
分子量理論値: 16.900799 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC) (DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA) (DA) (DG)(DG)(DG)(DC)(DA) ...文字列:
(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC) (DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA) (DA) (DG)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 59719
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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