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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35581 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Cas7217-crRNA-DNA complex at 3.1 Angstroms resolution | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | CRISPR-Cas7217 / RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex | |||||||||
生物種 | unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang X / Duan Z / Zhu J | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of Cas7217-crRNA-DNA complex at 3.1 Angstroms resolution 著者: Zhang X / Duan Z / Zhu J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35581.map.gz | 25.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35581-v30.xml emd-35581.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35581.png | 105.6 KB | ||
マスクデータ | emd_35581_msk_1.map | 27 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-35581.cif.gz | 3.6 KB | ||
その他 | emd_35581_half_map_1.map.gz emd_35581_half_map_2.map.gz | 25.1 MB 25.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35581 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35581 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35581.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_35581_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35581_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35581_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of cas7217 with crRNA and target DNA
全体 | 名称: Ternary complex of cas7217 with crRNA and target DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of cas7217 with crRNA and target DNA
超分子 | 名称: Ternary complex of cas7217 with crRNA and target DNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 82466 |