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万見
- EMDB-3558: Centriolar Proximal MT triplet in centrosomes extracted from o.ar... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3558
タイトルCentriolar Proximal MT triplet in centrosomes extracted from o.aries thymocytes
マップデータCentriolar proximal MT triplet from a mammal centrosome. Centrosomes were extracted from o.aries thymocytes.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Centrosome enriched from young lamb thymocytes
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 47.0 Å
データ登録者Busselez J / Chichon FJ / Melero R / Carrascosa JL / Carazo JM
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Cryo-Electron Tomography and Proteomics studies of centrosomes from differentiated quiescent thymocytes.
著者: Johan Busselez / Francisco Javier Chichón / Maria Josefa Rodríguez / Adan Alpízar / Séverine Isabelle Gharbi / Mònica Franch / Roberto Melero / Alberto Paradela / José L Carrascosa / José-Maria Carazo /
要旨: We have used cryo Electron Tomography, proteomics and immunolabeling to study centrosomes isolated from the young lamb thymus, an efficient source of quiescent differentiated cells. We compared the ...We have used cryo Electron Tomography, proteomics and immunolabeling to study centrosomes isolated from the young lamb thymus, an efficient source of quiescent differentiated cells. We compared the proteome of thymocyte centrosomes to data published for KE37 cells, focusing on proteins associated with centriole disengagement and centrosome separation. The data obtained enhances our understanding of the protein system joining the centrioles, a system comprised of a branched network of fibers linked to an apparently amorphous density that was partially characterized here. A number of proteins were localized to the amorphous density by immunolabeling (C-NAP1, cohesin SMC1, condensin SMC4 and NCAPD2), yet not DNA. In conjuction, these data not only extend our understanding of centrosomes but they will help refine the model that focus on the protein system associated with the centriolar junction.
履歴
登録2016年12月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月25日-
マップ公開2018年8月22日-
更新2018年8月22日-
現状2018年8月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3558.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3558.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Centriolar proximal MT triplet from a mammal centrosome. Centrosomes were extracted from o.aries thymocytes.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.42 Å/pix.
x 300 pix.
= 1026. Å		3.42 Å/pix.
x 300 pix.
= 1026. Å		3.42 Å/pix.
x 300 pix.
= 1026. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.42 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-5.3274627 - 7.500101
平均 (標準偏差)0.047066804 (±0.48473692)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 1026.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.423.423.42
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1026.0001026.0001026.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-5.3277.5000.047

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Centrosome enriched from young lamb thymocytes

全体名称: Centrosome enriched from young lamb thymocytes
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Centrosome enriched from young lamb thymocytes

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超分子 #1: Centrosome enriched from young lamb thymocytes

超分子名称: Centrosome enriched from young lamb thymocytes / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: The centrosome were extracted accordingly to Komesli et al. 1989
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Thymus / 組織: Thymus Lobules / Organelle: Centrosome / 細胞中の位置: cytoplasm near the nucleus
分子量実験値: 230000 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.076 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 構成要素 - 濃度: 10.0 mM / 構成要素 - 式: C8H18N2O6S2 / 構成要素 - 名称: Pipes / 詳細: pH rectification with KOH
グリッドモデル: quantifoil 3.5/1 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: FORMVAR / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM CPC
詳細The sample was enriched by two step of sedimentation in sucrose gradient. The sucrose was washed out in several drops of buffer, the last of which included fiducial markers (10 nm bovine serum albumin (BSA)-coated gold beads) for tilt series alignment

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan 968 Quantum
エネルギーフィルター - エネルギー下限: -10 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 1.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 5.906 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 5.54 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Tilt series were aligned based on fiducials with IMOD and mass normalized using PRIISM. The ctf correction was processed on tilt series using TomoCTF. Tomogram were reconstructed using SIRT algorithm with TOMO3D. The number of frames per image were variable, with 8 frames at full tilt, through to 4 frames at zero tilt.
最終 再構成使用したクラス数: 2 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 47.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.22) / 使用したサブトモグラム数: 282
抽出トモグラム数: 4 / 使用した粒子像数: 800 / 手法: volume picked interactively / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.22)
詳細: Coarse models of the centriole microtubules were obtained using Fiber Tracing in Amira and converted for import in dynamo. From those coarse models, "filament with torsion" models were traced ...詳細: Coarse models of the centriole microtubules were obtained using Fiber Tracing in Amira and converted for import in dynamo. From those coarse models, "filament with torsion" models were traced in dynamo. The triplets were segregated from the doublets and triplets volume particle were windowed with overlap every 8.3nm along the "filament with torsion" models
CTF補正ソフトウェア - 名称: TOMOCTF / 詳細: wiener filtering, made on tilt series
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.22) / 詳細: classification by PCA + k-means
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: Dynamo (ver. 1.1.22)
詳細: The particular geometry of the centriole with its repeat every 8.3nm along the proximal-distal axis and its coarse 9 fold symmetry was used to construct from each tomogram a model lowly ...詳細: The particular geometry of the centriole with its repeat every 8.3nm along the proximal-distal axis and its coarse 9 fold symmetry was used to construct from each tomogram a model lowly affected by missing wedge. Those coarse models were volume aligned and an initial reference were averaged from all the subtomogram particle using the coarse orientation of the particles determined that way. This model was iteratively refined. The reference model for the next iteration was made using 70% of the particles based on the best correlation during the alignment. For the finer step of refinement, a mask was used to restrict the alignment to an area covering 3 of the 8.3nm repeats.
結晶パラメータ単位格子 - A: 1026 Å / 単位格子 - B: 1026 Å / 単位格子 - C: 249.66 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 単位格子 - α: 90 ° / 単位格子 - β: 90 ° / 空間群: P1
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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