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- EMDB-35574: Filament interface structure of GAC with phosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35574
タイトルFilament interface structure of GAC with phosphate
マップデータ
試料
  • 複合体: GAC filament with phosphate
    • タンパク質・ペプチド: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
  • リガンド: PHOSPHATE ION
キーワードGlutaminase / phosphate / filament / PROTEIN FIBRIL / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamine catabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / glutamate biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / glutaminase / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / intracellular glutamate homeostasis / glutaminase activity / suckling behavior / TP53 Regulates Metabolic Genes ...glutamine catabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / glutamate biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / glutaminase / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / intracellular glutamate homeostasis / glutaminase activity / suckling behavior / TP53 Regulates Metabolic Genes / chemical synaptic transmission / protein homotetramerization / mitochondrial matrix / synapse / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutaminase, EF-hand domain / EF-hand domain / Glutaminase / Glutaminase / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Guo CJ / Liu JL
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2024
タイトル: Structural basis for activation and filamentation of glutaminase.
著者: Chen-Jun Guo / Zi-Xuan Wang / Ji-Long Liu /
履歴
登録2023年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月10日-
マップ公開2024年4月10日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35574.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35574.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.06 Å/pix.
x 115 pix.
= 121.9 Å		1.06 Å/pix.
x 161 pix.
= 170.66 Å		1.06 Å/pix.
x 83 pix.
= 87.98 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-3.2687817 - 3.8937457
平均 (標準偏差)-0.000000000000693 (±0.28895548)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin205943
サイズ16183115
Spacing11516183
セルA: 121.899994 Å / B: 170.65999 Å / C: 87.979996 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_35574_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35574_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35574_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GAC filament with phosphate

全体名称: GAC filament with phosphate
要素
  • 複合体: GAC filament with phosphate
    • タンパク質・ペプチド: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
  • リガンド: PHOSPHATE ION

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超分子 #1: GAC filament with phosphate

超分子名称: GAC filament with phosphate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

分子名称: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glutaminase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 53.083738 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: LVASGENKIK QGLLPSLEDL LFYTIAEGQE KIPVHKFITA LKSTGLRTSD PRLKECMDML RLTLQTTSDG VMLDKDLFKK CVQSNIVLL TQAFRRKFVI PDFMSFTSHI DELYESAKKQ SGGKVADYIP QLAKFSPDLW GVSVCTVDGQ RHSTGDTKVP F CLQSCVKP ...文字列:
LVASGENKIK QGLLPSLEDL LFYTIAEGQE KIPVHKFITA LKSTGLRTSD PRLKECMDML RLTLQTTSDG VMLDKDLFKK CVQSNIVLL TQAFRRKFVI PDFMSFTSHI DELYESAKKQ SGGKVADYIP QLAKFSPDLW GVSVCTVDGQ RHSTGDTKVP F CLQSCVKP LKYAIAVNDL GTEYVHRYVG KEPSGLRFNK LFLNEDDKPH NPMVNAGAIV VTSLIKQGVN NAEKFDYVMQ FL NKMAGNE YVGFSNATFQ SERESGDRNF AIGYYLKEKK CFPEGTDMVG ILDFYFQLCS IEVTCESASV MAATLANGGF CPI TGERVL SPEAVRNTLS LMHSCGMYDF SGQFAFHVGL PAKSGVAGGI LLVVPNVMGM MCWSPPLDKM GNSVKGIHFC HDLV SLCNF HNYDNLRHFA KKLDPRREGG DQRHSFGPLD YESLQQELAL KETVWKKVSP ESNEDISTTV VYRMESLGEK S

UniProtKB: Glutaminase kidney isoform, mitochondrial

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分子 #2: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 8.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3vp1

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 321414
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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