+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35519 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of hnRAC1-8I fibril | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | irreversible peptide fibril / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å | |||||||||
データ登録者 | Li DN / Ma YY / Li D / Dai B / Liu C | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of hnRAC1-8I fibril 著者: Li DN / Ma YY / Li D / Dai B / Liu C | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35519.map.gz | 26 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-35519-v30.xml emd-35519.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35519_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35519.png | 158.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35519.cif.gz | 4.1 KB | ||
その他 | emd_35519_half_map_1.map.gz emd_35519_half_map_2.map.gz | 98.2 MB 98.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35519 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35519 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35519_validation.pdf.gz | 983.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_35519_full_validation.pdf.gz | 983.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35519_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35519_validation.cif.gz | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35519 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35519 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35519.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35519_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35519_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of hnRAC1-8I fibril
全体 | 名称: Cryo-EM structure of hnRAC1-8I fibril |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Cryo-EM structure of hnRAC1-8I fibril
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of hnRAC1-8I fibril / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: GLY-PHE-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-PHI-GLY
分子 | 名称: GLY-PHE-GLY-GLY-ASN-ASP-ASN-PHI-GLY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 32 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 1.00976 KDa |
配列 | 文字列: GFGGNDN(PHI)G |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |