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- EMDB-35503: Cryo-EM structure of Stimulator of interferon genes -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35503
タイトルCryo-EM structure of Stimulator of interferon genes
マップデータ
試料
  • 複合体: fiber of adaptor protein
    • タンパク質・ペプチド: Stimulator of interferon genes protein,Immune protein Tsi3
キーワードadaptor protein / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


STING mediated induction of host immune responses / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / cGAS/STING signaling pathway / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / autophagosome ...STING mediated induction of host immune responses / proton channel activity / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / cGAS/STING signaling pathway / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Neutrophil degranulation / protein complex oligomerization / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / Golgi membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Stimulator of interferon genes protein / Immune protein Tsi3
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ) / Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Lu DF / Shang GJ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFC2301400 中国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: The mechanism of STING autoinhibition and activation.
著者: Sheng Liu / Bo Yang / Yingxiang Hou / Kaige Cui / Xiaozhu Yang / Xiaoxiong Li / Lianwan Chen / Shichao Liu / Zhichao Zhang / Yuanyuan Jia / Yufeng Xie / Ying Xue / Xiaomei Li / Bingxue Yan / ...著者: Sheng Liu / Bo Yang / Yingxiang Hou / Kaige Cui / Xiaozhu Yang / Xiaoxiong Li / Lianwan Chen / Shichao Liu / Zhichao Zhang / Yuanyuan Jia / Yufeng Xie / Ying Xue / Xiaomei Li / Bingxue Yan / Changxin Wu / Wen Deng / Jianxun Qi / Defen Lu / George F Gao / Peiyi Wang / Guijun Shang /
要旨: 2',3'-cGAMP, produced by the DNA sensor cGAS, activates stimulator of interferon genes (STING) and triggers immune response during infection. Tremendous effort has been placed on unraveling the ...2',3'-cGAMP, produced by the DNA sensor cGAS, activates stimulator of interferon genes (STING) and triggers immune response during infection. Tremendous effort has been placed on unraveling the mechanism of STING activation. However, little is known about STING inhibition. Here, we found that apo-STING exhibits a bilayer with head-to-head as well as side-by-side packing, mediated by its ligand-binding domain (LBD). This type of assembly holds two endoplasmic reticulum (ER) membranes together not only to prevent STING ER exit but also to eliminate the recruitment of TBK1, representing the autoinhibited state of STING. Additionally, we obtained the filament structure of the STING/2',3'-cGAMP complex, which adopts a bent monolayer assembly mediated by LBD and transmembrane domain (TMD). The active, curved STING polymer could deform ER membrane to support its ER exit and anterograde transportation. Our data together provide a panoramic vision regarding STING autoinhibition and activation, which adds substantially to current understanding of the cGAS-STING pathway.
履歴
登録2023年2月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月17日-
マップ公開2023年5月17日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35503.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35503.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.095 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.339
最小 - 最大-2.9866452 - 4.323909
平均 (標準偏差)0.020000843 (±0.109440304)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 280.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35503_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35503_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : fiber of adaptor protein

全体名称: fiber of adaptor protein
要素
  • 複合体: fiber of adaptor protein
    • タンパク質・ペプチド: Stimulator of interferon genes protein,Immune protein Tsi3

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超分子 #1: fiber of adaptor protein

超分子名称: fiber of adaptor protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)

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分子 #1: Stimulator of interferon genes protein,Immune protein Tsi3

分子名称: Stimulator of interferon genes protein,Immune protein Tsi3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
分子量理論値: 55.282332 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPQDPSTRSS PARLLIPEPR AGRARHAACV LLAVCFVVLF LSGEPLAPIT RRVCTQLAAL QLGVLLKGCC CLAEEIFHLH SRHHGSLWQ VLCSCFPPRW HLALLLVGGS AYLDPPEDNG HSPRLALTLS CLCQLLVLAL GLQKLSAVEV SELTESSKKN V AHGLAWSY ...文字列:
MPQDPSTRSS PARLLIPEPR AGRARHAACV LLAVCFVVLF LSGEPLAPIT RRVCTQLAAL QLGVLLKGCC CLAEEIFHLH SRHHGSLWQ VLCSCFPPRW HLALLLVGGS AYLDPPEDNG HSPRLALTLS CLCQLLVLAL GLQKLSAVEV SELTESSKKN V AHGLAWSY YIGYLKVVLP RLKECMEEIS RTNPMLRAHR DTWKLHILVP LGCDIWDDLE KADSNIQYLA DLPETILTRA GI KRRVYKH SLYVIRDKDN KLRPCVLEFA SPLQTLCAMS QDDCAAFSRE QRLEQARLFY RSLRDILGSS KECAGLYRLI AYE EPAEPE SHFLSGLILW HLQQQQREEY MVLEVLFQGP VDFDKTLTHP NGLVVERPVG FDARRSAEGF RFDEGGKLRN PRQL EVQRQ DAPPPPDLAS RRLGDGEARY KVEEDDGGSA GSEYRLWAAK PAGARWIVVS ASEQSEDGEP TFALAWALLE RARLQ SSHH HHHHHH

UniProtKB: Stimulator of interferon genes protein, Immune protein Tsi3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 20mM HEPES, 150mM NaCl, 1mM TCEP, 0.03% DDM/CHS(5:1)
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6nt6

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1057869
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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