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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Arabinosyltransferase AftA | |||||||||
![]() | arabinosyltransferase dimer, C1 symmetry | |||||||||
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![]() | Arabinosyltransferase / AftA / Mycobacterium tuberculosis / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() galactan 5-O-arabinofuranosyltransferase / cell wall macromolecule biosynthetic process / UDP-galactosyltransferase activity / mycolate cell wall layer assembly / capsule polysaccharide biosynthetic process / glycosyltransferase activity / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
![]() | Gong YC / Rao ZH / Zhang L | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the priming arabinosyltransferase AftA required for AG biosynthesis of . 著者: Yicheng Gong / Chuancun Wei / Jun Wang / Nengjiang Mu / Qinhong Lu / Chengyao Wu / Ning Yan / Huifang Yang / Yao Zhao / Xiuna Yang / Sudagar S Gurcha / Natacha Veerapen / Sarah M Batt / ...著者: Yicheng Gong / Chuancun Wei / Jun Wang / Nengjiang Mu / Qinhong Lu / Chengyao Wu / Ning Yan / Huifang Yang / Yao Zhao / Xiuna Yang / Sudagar S Gurcha / Natacha Veerapen / Sarah M Batt / Zhiqiang Hao / Lintai Da / Gurdyal S Besra / Zihe Rao / Lu Zhang / ![]() ![]() 要旨: Arabinogalactan (AG) is an essential cell wall component in mycobacterial species, including the deadly human pathogen . It plays a pivotal role in forming the rigid mycolyl-AG-peptidoglycan core for ...Arabinogalactan (AG) is an essential cell wall component in mycobacterial species, including the deadly human pathogen . It plays a pivotal role in forming the rigid mycolyl-AG-peptidoglycan core for in vitro growth. AftA is a membrane-bound arabinosyltransferase and a key enzyme involved in AG biosynthesis which bridges the assembly of the arabinan chain to the galactan chain. It is known that AftA catalyzes the transfer of the first arabinofuranosyl residue from the donor decaprenyl-monophosphoryl-arabinose to the mature galactan chain (i.e., priming); however, the priming mechanism remains elusive. Herein, we report the cryo-EM structure of AftA. The detergent-embedded AftA assembles as a dimer with an interface maintained by both the transmembrane domain (TMD) and the soluble C-terminal domain (CTD) in the periplasm. The structure shows a conserved glycosyltransferase-C fold and two cavities converging at the active site. A metal ion participates in the interaction of TMD and CTD of each AftA molecule. Structural analyses combined with functional mutagenesis suggests a priming mechanism catalyzed by AftA in AG biosynthesis. Our data further provide a unique perspective into anti-TB drug discovery. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 203.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 92.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 200.6 MB 200.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 984.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 984.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8if8MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | arabinosyltransferase dimer, C1 symmetry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: arabinosyltransferase dimer, C1 symmetry, half mapA
ファイル | emd_35410_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | arabinosyltransferase dimer, C1 symmetry, half mapA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: arabinosyltransferase dimer, C1 symmetry, half mapB
ファイル | emd_35410_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | arabinosyltransferase dimer, C1 symmetry, half mapB | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : AftA dimer
全体 | 名称: AftA dimer |
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要素 |
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-超分子 #1: AftA dimer
超分子 | 名称: AftA dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: AftA subunit1, AftA subunit2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 69.5 KDa |
-分子 #1: Galactan 5-O-arabinofuranosyltransferase
分子 | 名称: Galactan 5-O-arabinofuranosyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: galactan 5-O-arabinofuranosyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 69.576938 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MPSRRKSPQF GHEMGAFTSA RAREVLVALG QLAAAVVVAV GVAVVSLLAI ARVEWPAFPS SNQLHALTTV GQVGCLAGLV GIGWLWRHG RFRRLARLGG LVLVSAFTVV TLGMPLGATK LYLFGISVDQ QFRTEYLTRL TDTAALRDMT YIGLPPFYPP G WFWIGGRA ...文字列: MPSRRKSPQF GHEMGAFTSA RAREVLVALG QLAAAVVVAV GVAVVSLLAI ARVEWPAFPS SNQLHALTTV GQVGCLAGLV GIGWLWRHG RFRRLARLGG LVLVSAFTVV TLGMPLGATK LYLFGISVDQ QFRTEYLTRL TDTAALRDMT YIGLPPFYPP G WFWIGGRA AALTGTPAWE MFKPWAITSM AIAVAVALVL WWRMIRFEYA LLVTVATAAV MLAYSSPEPY AAMITVLLPP ML VLTWSGL GARDRQGWAA VVGAGVFLGF AATWYTLLVA YGAFTVVLMA LLLAGSRLQS GIKAAVDPLC RLAVVGAIAA AIG STTWLP YLLRAARDPV SDTGSAQHYL PADGAALTFP MLQFSLLGAI CLLGTLWLVM RARSSAPAGA LAIGVLAVYL WSLL SMLAT LARTTLLSFR LQPTLSVLLV AAGAFGFVEA VQALGKRGRG VIPMAAAIGL AGAIAFSQDI PDVLRPDLTI AYTDT DGYG QRGDRRPPGS EKYYPAIDAA IRRVTGKRRD RTVVLTADYS FLSYYPYWGF QGLTPHYANP LAQFDKRATQ IDSWSG LST ADEFIAALDK LPWQPPTVFL MRHGAHNSYT LRLAQDVYPN QPNVRRYTVD LRTALFADPR FVVEDIGPFV LAIRKPQ ES A UniProtKB: Galactan 5-O-arabinofuranosyltransferase |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 6.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 150.0 mM / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: sodium chloride / 詳細: 150mM NaCl, 20mM Hepes, 0.04%GDN |
グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | the sample was mono disperse |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 6113 / 実像数: 6113 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 / 詳細: images were collected in high resolution mode |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率(補正後): 59000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 10500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |