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万見
- EMDB-35276: The RAGE and HMGB1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35276
タイトルThe RAGE and HMGB1 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: The RAGE and HMGB1 complex
    • タンパク質・ペプチド: High mobility group protein B1
    • タンパク質・ペプチド: Advanced glycosylation end product-specific receptor
キーワードRAGE / HMGB1 / Inflammation / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of tolerance induction / calcium-dependent protein kinase regulator activity / positive regulation of myeloid progenitor cell differentiation / regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of mismatch repair / advanced glycation end-product receptor activity / negative regulation of blood circulation / positive regulation of endothelin production / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation ...: / regulation of tolerance induction / calcium-dependent protein kinase regulator activity / positive regulation of myeloid progenitor cell differentiation / regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of mismatch repair / advanced glycation end-product receptor activity / negative regulation of blood circulation / positive regulation of endothelin production / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of apoptotic cell clearance / plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / myeloid dendritic cell activation / glucose mediated signaling pathway / T-helper 1 cell activation / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of T cell mediated cytotoxicity / T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of DNA-templated DNA replication / positive regulation of myeloid cell differentiation / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / negative regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of dendritic cell differentiation / regulation of p38MAPK cascade / C-X-C chemokine binding / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil clearance / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / positive regulation of glycogen catabolic process / DNA geometric change / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / endothelial cell chemotaxis / transcytosis / RAGE receptor binding / eye development / positive regulation of interleukin-1 production / Regulation of TLR by endogenous ligand / bubble DNA binding / induction of positive chemotaxis / V(D)J recombination / myeloid cell differentiation / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / Apoptosis induced DNA fragmentation / myeloid progenitor cell differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / MyD88 deficiency (TLR2/4) / regulation of nucleotide-excision repair / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / S100 protein binding / positive regulation of p38MAPK cascade / regulation of long-term synaptic potentiation / cellular response to interleukin-7 / endothelial cell proliferation / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / protein localization to membrane / glycogen catabolic process / apoptotic cell clearance / supercoiled DNA binding / regulation of spontaneous synaptic transmission / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / DNA binding, bending / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / dendritic cell chemotaxis / scavenger receptor activity / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / positive regulation of DNA binding / laminin receptor activity / positive regulation of wound healing / phosphatidylserine binding / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / positive regulation of activated T cell proliferation / response to amyloid-beta / TRAF6 mediated NF-kB activation / DNA topological change / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interferon-alpha production / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / protein kinase activator activity / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / Pyroptosis / phagocytosis / phagocytic cup / transport across blood-brain barrier / positive regulation of chemokine production / four-way junction DNA binding / condensed chromosome
類似検索 - 分子機能
: / HMG box A DNA-binding domain, conserved site / HMG box A DNA-binding domain signature. / : / HMG-box domain / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group ...: / HMG box A DNA-binding domain, conserved site / HMG box A DNA-binding domain signature. / : / HMG-box domain / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
High mobility group protein B1 / Advanced glycosylation end product-specific receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.19 Å
データ登録者Han CW / Kim HJ
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The RAGE and HMGB1 complex
著者: Han CW / Kim HJ
履歴
登録2023年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月14日-
マップ公開2024年2月14日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35276.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35276.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.97 Å/pix.
x 200 pix.
= 393.4 Å		1.97 Å/pix.
x 200 pix.
= 393.4 Å		1.97 Å/pix.
x 200 pix.
= 393.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.967 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.143
最小 - 最大-1.8844837 - 4.84788
平均 (標準偏差)0.000023142018 (±0.07198738)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 393.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_35276_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35276_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35276_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The RAGE and HMGB1 complex

全体名称: The RAGE and HMGB1 complex
要素
  • 複合体: The RAGE and HMGB1 complex
    • タンパク質・ペプチド: High mobility group protein B1
    • タンパク質・ペプチド: Advanced glycosylation end product-specific receptor

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超分子 #1: The RAGE and HMGB1 complex

超分子名称: The RAGE and HMGB1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: High mobility group protein B1

分子名称: High mobility group protein B1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.590859 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
FKDPNAPKRP PSAFFLFCSE YRPKIKGEHP GLSIGDVAKK LGEMWNNTAA DDKQPYEKKA AKLKEKYEKD IAAYR

UniProtKB: High mobility group protein B1

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分子 #2: Advanced glycosylation end product-specific receptor

分子名称: Advanced glycosylation end product-specific receptor
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.068414 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AQNITARIGE PLVLKCKGAP KKPPQRLEWK LNTGRTEAWK VLSPQGGGPW DSVARVLPNG SLFLPAVGIQ DEGIFRCQAM NRNGKETKS NYRVRVYQIP GKPEIVDSAS ELTAGVPNKV GTCVSEGSYP AGTLSWHLDG KPLVPNEKGV SVKEQTRRHP E TGLFTLQS ...文字列:
AQNITARIGE PLVLKCKGAP KKPPQRLEWK LNTGRTEAWK VLSPQGGGPW DSVARVLPNG SLFLPAVGIQ DEGIFRCQAM NRNGKETKS NYRVRVYQIP GKPEIVDSAS ELTAGVPNKV GTCVSEGSYP AGTLSWHLDG KPLVPNEKGV SVKEQTRRHP E TGLFTLQS ELMVTPARGG DPRPTFSCSF SPGLPRHRAL RTAPIQPRVW EPV

UniProtKB: Advanced glycosylation end product-specific receptor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 39.99 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2yrq

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 121467
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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