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- EMDB-35177: 3-fold block local reconstruction of SFTSV virion -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35177
タイトル3-fold block local reconstruction of SFTSV virion
マップデータC3 block local reconstruction
試料
  • ウイルス: Dabie bandavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Gn glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Gc glycoprotein
キーワードSFTSV / virion structure / Gn/Gc glycoproteins / VIRUS / VIRAL PROTEIN
生物種Dabie bandavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Du S / Peng R / Qi J / Li C
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31972719 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of severe fever with thrombocytopenia syndrome virus.
著者: Shouwen Du / Ruchao Peng / Wang Xu / Xiaoyun Qu / Yuhang Wang / Jiamin Wang / Letian Li / Mingyao Tian / Yudong Guan / Jigang Wang / Guoqing Wang / Hao Li / Lingcong Deng / Xiaoshuang Shi / ...著者: Shouwen Du / Ruchao Peng / Wang Xu / Xiaoyun Qu / Yuhang Wang / Jiamin Wang / Letian Li / Mingyao Tian / Yudong Guan / Jigang Wang / Guoqing Wang / Hao Li / Lingcong Deng / Xiaoshuang Shi / Yidan Ma / Fengting Liu / Minhua Sun / Zhengkai Wei / Ningyi Jin / Wei Liu / Jianxun Qi / Quan Liu / Ming Liao / Chang Li /
要旨: The severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is a tick-borne human-infecting bunyavirus, which utilizes two envelope glycoproteins, Gn and Gc, to enter host cells. However, the ...The severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is a tick-borne human-infecting bunyavirus, which utilizes two envelope glycoproteins, Gn and Gc, to enter host cells. However, the structure and organization of these glycoproteins on virion surface are not yet known. Here we describe the structure of SFTSV determined by single particle reconstruction, which allows mechanistic insights into bunyavirus assembly at near-atomic resolution. The SFTSV Gn and Gc proteins exist as heterodimers and further assemble into pentameric and hexameric peplomers, shielding the Gc fusion loops by both intra- and inter-heterodimer interactions. Individual peplomers are associated mainly through the ectodomains, in which the highly conserved glycans on N914 of Gc play a crucial role. This elaborate assembly stabilizes Gc in the metastable prefusion conformation and creates some cryptic epitopes that are only accessible in the intermediate states during virus entry. These findings provide an important basis for developing vaccines and therapeutic drugs.
履歴
登録2023年1月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月13日-
マップ公開2023年9月13日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35177.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35177.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈C3 block local reconstruction
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.68 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.5
最小 - 最大-12.031673 - 25.897946999999998
平均 (標準偏差)0.1585965 (±0.98903185)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 470.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: C3 block local reconstruction half map 1

ファイルemd_35177_half_map_1.map
注釈C3 block local reconstruction half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: C3 block local reconstruction half map 1

ファイルemd_35177_half_map_2.map
注釈C3 block local reconstruction half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dabie bandavirus

全体名称: Dabie bandavirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Dabie bandavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Gn glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Gc glycoprotein

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超分子 #1: Dabie bandavirus

超分子名称: Dabie bandavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2748958 / 生物種: Dabie bandavirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Gn glycoprotein

分子名称: Gn glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dabie bandavirus (ウイルス)
配列文字列: MMKVIWFSSL ICLVIQCGGD SGPIICAGPI HSNKSANIPH LLGYSEKICQ IDRLIHVSSW LRNHSQFQGY VGQRGGRSQV SYYPAENSY SRWSGLLSPC DADWLGMLVV KKAKGSDMIV PGPSYKGKVF FERPTFDGYV GWGCSSGKSR TESGELCSSD S GTSSGLLP ...文字列:
MMKVIWFSSL ICLVIQCGGD SGPIICAGPI HSNKSANIPH LLGYSEKICQ IDRLIHVSSW LRNHSQFQGY VGQRGGRSQV SYYPAENSY SRWSGLLSPC DADWLGMLVV KKAKGSDMIV PGPSYKGKVF FERPTFDGYV GWGCSSGKSR TESGELCSSD S GTSSGLLP SDRVLWIGDV ACQPMTPIPE ETFLELKSFS QSEFPDICKI DGVVFNQCEG ESLPQPFDVA WMDVGHSHKI IM REHKTKW VQESSSKDFV CYKAGTGPCS ESEEKTCKTS GSCRGDMQFC KVAGCEHGEE ASEAKCRCSL VHKPGEVVVS YGG MRVRPK CYGFSRMMAT LEVNPPEQRT GQCTGCHLEC INGGVRLITL TSELKSATVC ASHFCSSATS GKKSTEIQFH SGSL VGRTA IHVKGALVDG TEFTFEGSCM FPDGCDAVDC TFCREFLKNP QCYPAKKWLF IIIVILLGYA GLMLLTNVLK AIGIW GSWV IAPVKLIFAI IKKLMRTVSC LMGKLMDRGR QVIHEEIGEN REGNQDDVRI EMARPRRVRH WMYSPVILTI LAIGLA

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分子 #2: Gc glycoprotein

分子名称: Gc glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dabie bandavirus (ウイルス)
配列文字列: ESCDEMVHAD SKLVSCRQGS GNMKECVTTG RALLPAVNPG QEACLHFTAP GSPDSKCLKI KVKRINLKCK KSSSYFVPDA RSRCTSVRR CRWAGDCQSG CPPHSTSNSF SDDWAGKMDR AGLGFSGCSD GCGGAACGCF NAAPSCIFWR KWVENPHGII W KVSPCAAW ...文字列:
ESCDEMVHAD SKLVSCRQGS GNMKECVTTG RALLPAVNPG QEACLHFTAP GSPDSKCLKI KVKRINLKCK KSSSYFVPDA RSRCTSVRR CRWAGDCQSG CPPHSTSNSF SDDWAGKMDR AGLGFSGCSD GCGGAACGCF NAAPSCIFWR KWVENPHGII W KVSPCAAW VPSAVIELTM PSGEVRTFHP MSGIPTQVFK GVSVTYLGSD MEVSGLTDLC EIEELKSKKL ALAPCNQAGM GV VGKVGEI QCSSEESART IKKDGCIWNA DLVGIELRVD DAVCYSKITS VEAVANYSAI PTTIGGLRFE RSHDSLGKIS GSP LDITAI RGSFSVNYRG LRLSLSEITA TCTGEVTNVS GCYSCMTGAK VSIKLHSSKN STAHVRCKGD ETAFSVLEGV HSYT VSLSF DHAVVDEQCQ LNCGGHESQV TLKGNLIFLD VPKFVDGSYM QTYHSSVPTG ANIPSPTDWL NALFGNGLSR WILGV IGVL LGGLALFFLI MSLFKLGTKQ VFRSRTKLA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 2249030
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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