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万見
- EMDB-35136: Follicle stimulating hormone receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35136
タイトルFollicle stimulating hormone receptor
マップデータ
試料
  • 複合体: Follicle stimulating hormone receptor
    • タンパク質・ペプチド: Follicle-stimulating hormone receptor
キーワードFSH / FSHR / GPCR / HORMONE
機能・相同性
機能・相同性情報


follicle-stimulating hormone receptor activity / regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of acetylcholine metabolic process / regulation of protein kinase A signaling / regulation of hormone metabolic process / primary ovarian follicle growth / Hormone ligand-binding receptors / follicle-stimulating hormone signaling pathway / female gamete generation / Sertoli cell proliferation ...follicle-stimulating hormone receptor activity / regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of acetylcholine metabolic process / regulation of protein kinase A signaling / regulation of hormone metabolic process / primary ovarian follicle growth / Hormone ligand-binding receptors / follicle-stimulating hormone signaling pathway / female gamete generation / Sertoli cell proliferation / gonad development / intracellular water homeostasis / sperm DNA condensation / Sertoli cell development / basement membrane organization / transcytosis / regulation of osteoclast differentiation / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / regulation of systemic arterial blood pressure / female gonad development / G protein-coupled peptide receptor activity / negative regulation of bone resorption / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / regulation of chromosome organization / uterus development / peptide hormone binding / hormone-mediated signaling pathway / locomotory behavior / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / male gonad development / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuron projection development / spermatogenesis / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell surface / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Follicle stimulating hormone receptor / Gonadotropin hormone receptor, transmembrane domain / Gonadotropin hormone receptor transmembrane region / BspA type Leucine rich repeat region / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Glycoprotein hormone receptor family / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat domain superfamily ...Follicle stimulating hormone receptor / Gonadotropin hormone receptor, transmembrane domain / Gonadotropin hormone receptor transmembrane region / BspA type Leucine rich repeat region / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Glycoprotein hormone receptor family / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Follicle-stimulating hormone receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Duan J / Xu P / Yang J / Ji Y / Zhang H / Mao C / Luan X / Jiang Y / Zhang Y / Zhang S / Xu HE
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32130022 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Mechanism of hormone and allosteric agonist mediated activation of follicle stimulating hormone receptor.
著者: Jia Duan / Peiyu Xu / Huibing Zhang / Xiaodong Luan / Jiaqi Yang / Xinheng He / Chunyou Mao / Dan-Dan Shen / Yujie Ji / Xi Cheng / Hualiang Jiang / Yi Jiang / Shuyang Zhang / Yan Zhang / H Eric Xu /
要旨: Follicle stimulating hormone (FSH) is an essential glycoprotein hormone for human reproduction, which functions are mediated by a G protein-coupled receptor, FSHR. Aberrant FSH-FSHR signaling causes ...Follicle stimulating hormone (FSH) is an essential glycoprotein hormone for human reproduction, which functions are mediated by a G protein-coupled receptor, FSHR. Aberrant FSH-FSHR signaling causes infertility and ovarian hyperstimulation syndrome. Here we report cryo-EM structures of FSHR in both inactive and active states, with the active structure bound to FSH and an allosteric agonist compound 21 f. The structures of FSHR are similar to other glycoprotein hormone receptors, highlighting a conserved activation mechanism of hormone-induced receptor activation. Compound 21 f formed extensive interactions with the TMD to directly activate FSHR. Importantly, the unique residue H615 in FSHR plays an essential role in determining FSHR selectivity for various allosteric agonists. Together, our structures provide a molecular basis of FSH and small allosteric agonist-mediated FSHR activation, which could inspire the design of FSHR-targeted drugs for the treatment of infertility and controlled ovarian stimulation for in vitro fertilization.
履歴
登録2023年1月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月22日-
マップ公開2023年3月22日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35136.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.012874393 - 0.03900403
平均 (標準偏差)0.00025958096 (±0.0026796414)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 208.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Follicle stimulating hormone receptor

全体名称: Follicle stimulating hormone receptor
要素
  • 複合体: Follicle stimulating hormone receptor
    • タンパク質・ペプチド: Follicle-stimulating hormone receptor

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超分子 #1: Follicle stimulating hormone receptor

超分子名称: Follicle stimulating hormone receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Follicle-stimulating hormone receptor

分子名称: Follicle-stimulating hormone receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 76.97193 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: LGSGCHHRIC HCSNRVFLCQ ESKVTEIPSD LPRNAIELRF VLTKLRVIQK GAFSGFGDLE KIEISQNDVL EVIEADVFSN LPKLHEIRI EKANNLLYIN PEAFQNLPNL QYLLISNTGI KHLPDVHKIH SLQKVLLDIQ DNINIHTIER NSFVGLSFES V ILWLNKNG ...文字列:
LGSGCHHRIC HCSNRVFLCQ ESKVTEIPSD LPRNAIELRF VLTKLRVIQK GAFSGFGDLE KIEISQNDVL EVIEADVFSN LPKLHEIRI EKANNLLYIN PEAFQNLPNL QYLLISNTGI KHLPDVHKIH SLQKVLLDIQ DNINIHTIER NSFVGLSFES V ILWLNKNG IQEIHNCAFN GTQLDELNLS DNNNLEELPN DVFHGASGPV ILDISRTRIH SLPSYGLENL KKLRARSTYN LK KLPTLEK LVALMEASLT YPSHCCAFAN WRRQISELHP ICNKSILRQE VDYMTQARGQ RSSLAEDNES SYSRGFDMTY TEF DYDLCN EVVDVTCSPK PDAFNPCEDI MGYNILRVLI WFISILAITG NIIVLVILTT SQYKLTVPRF LMCNLAFADL CIGI YLLLI ASVDIHTKSQ YHNYAIDWQT GAGCDAAGFF TVFASELSVY TLTAITLERW HTITHAMQLD CKVQLRHAAS VMVMG WIFA FAAALFPIFG ISSYMKVSIC LPMDIDSPLS QLYVMSLLVL NVLAFVVICG CYIHIYLTVR NPNIVSSSSD TRIAKR MAM LIFTDFLCMA PISFFAISAS LKVPLITVSK AKILLVLFHP INSCANPFLY AIFTKNFRRD FFILLSKCGC YEMQAQI YR TETSSTVHNT HPRNGHCSSA PRVTNGSTYI LVPLSHLAQN

UniProtKB: Follicle-stimulating hormone receptor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 356211
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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