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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35134 | ||||||||||||
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タイトル | Two adjacent gap junction channels formed by human connexin 40.1 | ||||||||||||
マップデータ | half map B | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | intercellular gap junction channel / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of satellite cell activation involved in skeletal muscle regeneration / connexin complex / Gap junction assembly / gap junction channel activity / cell-cell signaling 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhang H / Wang DP | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Two adjacent gap junction channels formed by human connexin 40.1 著者: Zhang H / Wang DP | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35134.map.gz | 481.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35134-v30.xml emd-35134.xml | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35134_fsc.xml | 23.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35134.png | 36.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35134.cif.gz | 4.3 KB | ||
その他 | emd_35134_half_map_1.map.gz emd_35134_half_map_2.map.gz | 475.7 MB 475.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35134 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35134 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35134_validation.pdf.gz | 845.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35134_full_validation.pdf.gz | 845.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35134_validation.xml.gz | 26 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35134_validation.cif.gz | 34.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35134 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35134 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35134.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.92 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: density map
ファイル | emd_35134_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | density map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_35134_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Two adjacent gap junction channels formed by human connexin 40.1
全体 | 名称: Two adjacent gap junction channels formed by human connexin 40.1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Two adjacent gap junction channels formed by human connexin 40.1
超分子 | 名称: Two adjacent gap junction channels formed by human connexin 40.1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 520 KDa |
-分子 #1: human connexin 40.1
分子 | 名称: human connexin 40.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEGVDLLGFL IITLNCNVTM VGKLWFVLTM LLRMLVIVLA GRPVYQDEQE RFVCNTLQPG CANVCYDVF SPVSHLRFWL IQGVCVLLPS AVFSVYVLHR GATLAALGPR RCPDPREPAS G QRRCPRPF GERGGLQVPD FSAGYIIHLL LRTLLEAAFG ALHYFLFGFL ...文字列: MEGVDLLGFL IITLNCNVTM VGKLWFVLTM LLRMLVIVLA GRPVYQDEQE RFVCNTLQPG CANVCYDVF SPVSHLRFWL IQGVCVLLPS AVFSVYVLHR GATLAALGPR RCPDPREPAS G QRRCPRPF GERGGLQVPD FSAGYIIHLL LRTLLEAAFG ALHYFLFGFL APKKFPCTRP PC TGVVDCY VSRPTEKSLL MLFLWAVSAL SFLLGLADLV CSLRRRMRRR PGPPTS UniProtKB: Gap junction delta-4 protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |