+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35127 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The asymmetry unit of P22 empty procapsid | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||
キーワード | Complex / VIRUS | |||||||||||||||
生物種 | Salmonella phage P22 (ファージ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Xiao H / Liu HR / Cheng LP | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2023 タイトル: Assembly and Capsid Expansion Mechanism of Bacteriophage P22 Revealed by High-Resolution Cryo-EM Structures 著者: Xiao H / Zhou J / Yang F / Liu Z / Song J / Chen W / Liu H / Cheng L | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35127.map.gz | 165.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-35127-v30.xml emd-35127.xml | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35127.png | 154.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35127.cif.gz | 3.8 KB | ||
その他 | emd_35127_half_map_1.map.gz emd_35127_half_map_2.map.gz | 165.2 MB 165.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35127 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35127 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35127_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_35127_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35127_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35127_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35127 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35127 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35127.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35127_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35127_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Salmonella phage P22
全体 | 名称: Salmonella phage P22 (ファージ) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Salmonella phage P22
超分子 | 名称: Salmonella phage P22 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 2908168 / 生物種: Salmonella phage P22 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
---|
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 70140 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |