EMDB-35097: Tomogram of apical part of Toxoplasma gondii tachyzoite

基本情報

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-35097

• タイトル: Tomogram of apical part of Toxoplasma gondii tachyzoite

試料

• 細胞: Toxoplasma gondii tachyzoite (apical part)

• キーワード: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / tachyzoite / conoid / CELL INVASION
• 生物種: Toxoplasma gondii RH (トキソプラズマ)
• 手法: 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
• データ登録者: Li Z / Guo Q

資金援助

1件

Organization	Grant number	国
Not funded

• 引用: ジャーナル: Adv Sci (Weinh) / 年: 2023; タイトル: Cryo-Electron Tomography of Toxoplasma gondii Indicates That the Conoid Fiber May Be Derived from Microtubules.; 著者: Zhixun Li / Wenjing Du / Jiong Yang / De-Hua Lai / Zhao-Rong Lun / Qiang Guo / ; 要旨: Toxoplasma gondii (T. gondii) is the causative agent of toxoplasmosis and can infect numerous warm-blooded animals. An improved understanding of the fine structure of this parasite can help elucidate its replication mechanism. Previous studies have resolved the ultrastructure of the cytoskeleton using purified samples, which eliminates their cellular context. Here the application of cryo-electron tomography to visualize T. gondii tachyzoites in their native state is reported. The fine structure and cellular distribution of the cytoskeleton are resolved and analyzed at nanometer resolution. Additionally, the tachyzoite structural characteristics are annotated during its endodyogeny for the first time. By comparing the structural features in mature tachyzoites and their daughter buds, it is proposed that the conoid fiber of the Apicomplexa originates from microtubules. This work represents the detailed molecular anatomy of T. gondii, particularly during the budding replication stage of tachyzoite, and provides a reference for further studies of this fascinating organism.

履歴

登録	2023年1月10日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年3月8日	-
マップ公開	2023年3月8日	-
更新	2023年6月7日	-
現状	2023年6月7日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

マップ

• ファイル: ダウンロード / ファイル: emd_35097.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 246.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
• ボクセルのサイズ: X=Y=Z: 26.624 Å

密度

最小 - 最大	-10231.226000000000568 - 3251.06230000000005
平均 (標準偏差)	-0.000000021514781 (±299.047300000000007)

• 対称性: 空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状	Axis order X Y Z Origin 0 0 0 サイズ 720 512 175 Spacing 512 720 175
セル	A: 13631.488 Å / B: 19169.281 Å / C: 4659.2 Å α=β=γ: 90.0 °

添付データ

試料の構成要素

全体 : Toxoplasma gondii tachyzoite (apical part)

• 全体: 名称: Toxoplasma gondii tachyzoite (apical part)

要素

• 細胞: Toxoplasma gondii tachyzoite (apical part)

超分子 #1: Toxoplasma gondii tachyzoite (apical part)

• 超分子: 名称: Toxoplasma gondii tachyzoite (apical part) / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
• 由来(天然): 生物種: Toxoplasma gondii RH (トキソプラズマ)

実験情報

構造解析

• 手法: クライオ電子顕微鏡法
• 解析: 電子線トモグラフィー法
• 試料の集合状態: cell

試料調製

• 緩衝液: pH: 7
• 凍結: 凍結剤: ETHANE
• 切片作成: 集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.5 / 集束イオンビーム - 時間: 1800 / 集束イオンビーム - 温度: 100 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 180 ; 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

電子顕微鏡法

• 顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
• 電子線: 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
• 電子光学系: 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
• 撮影: フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 3.0 e/Ų
• 実験機器: モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

画像解析

• 最終 再構成: 使用した粒子像数: 38