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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35096 | |||||||||
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タイトル | The in situ structure of conoid fiber from Toxoplasma gondii tachyzoite | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Toxoplasma gondii / conoid / CELL INVASION | |||||||||
生物種 | Toxoplasma gondii RH (トキソプラズマ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 28.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Li Z / Guo Q | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Adv Sci (Weinh) / 年: 2023 タイトル: Cryo-Electron Tomography of Toxoplasma gondii Indicates That the Conoid Fiber May Be Derived from Microtubules. 著者: Zhixun Li / Wenjing Du / Jiong Yang / De-Hua Lai / Zhao-Rong Lun / Qiang Guo / 要旨: Toxoplasma gondii (T. gondii) is the causative agent of toxoplasmosis and can infect numerous warm-blooded animals. An improved understanding of the fine structure of this parasite can help elucidate ...Toxoplasma gondii (T. gondii) is the causative agent of toxoplasmosis and can infect numerous warm-blooded animals. An improved understanding of the fine structure of this parasite can help elucidate its replication mechanism. Previous studies have resolved the ultrastructure of the cytoskeleton using purified samples, which eliminates their cellular context. Here the application of cryo-electron tomography to visualize T. gondii tachyzoites in their native state is reported. The fine structure and cellular distribution of the cytoskeleton are resolved and analyzed at nanometer resolution. Additionally, the tachyzoite structural characteristics are annotated during its endodyogeny for the first time. By comparing the structural features in mature tachyzoites and their daughter buds, it is proposed that the conoid fiber of the Apicomplexa originates from microtubules. This work represents the detailed molecular anatomy of T. gondii, particularly during the budding replication stage of tachyzoite, and provides a reference for further studies of this fascinating organism. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35096.map.gz | 27.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35096-v30.xml emd-35096.xml | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35096.png | 43.4 KB | ||
その他 | emd_35096_half_map_1.map.gz emd_35096_half_map_2.map.gz | 24.8 MB 24.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35096 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35096 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35096_validation.pdf.gz | 977.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35096_full_validation.pdf.gz | 977 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35096_validation.xml.gz | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35096_validation.cif.gz | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35096 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35096 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35096.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 32.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.328 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35096_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35096_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Conoid fiber of mature Toxoplasma gondii tachyzoite
全体 | 名称: Conoid fiber of mature Toxoplasma gondii tachyzoite |
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要素 |
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-超分子 #1: Conoid fiber of mature Toxoplasma gondii tachyzoite
超分子 | 名称: Conoid fiber of mature Toxoplasma gondii tachyzoite / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Toxoplasma gondii RH (トキソプラズマ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 1082 |
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抽出 | トモグラム数: 10 / 使用した粒子像数: 1082 |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |