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- EMDB-35086: A cryo-EM structure of KTF1-bound polymerase V transcription elon... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35086
タイトルA cryo-EM structure of KTF1-bound polymerase V transcription elongation complex
マップデータ
試料
  • 複合体: KTF1-bound polymerase V transcription elongation complex
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードPol V / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


: / RNA polymerase IV complex / retrotransposon silencing by siRNA-directed DNA methylation / gene silencing by siRNA-directed DNA methylation / RNA polymerase V complex / : / DSIF complex / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / siRNA processing ...: / RNA polymerase IV complex / retrotransposon silencing by siRNA-directed DNA methylation / gene silencing by siRNA-directed DNA methylation / RNA polymerase V complex / : / DSIF complex / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / siRNA processing / RNA polymerase complex / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / transcription by RNA polymerase I / transcription by RNA polymerase III / regulation of immune response / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / defense response to fungus / transcription-coupled nucleotide-excision repair / heterochromatin / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / heterochromatin formation / RNA polymerase II activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / single-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / nuclear body / protein dimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / chromatin binding / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase IV/V subunit 1, C-terminal / DNA-directed RNA polymerase IV/V subunit 1, N-terminal / Protein of unknown function (DUF3223) / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / NusG, N-terminal domain superfamily ...DNA-directed RNA polymerase IV/V subunit 1, C-terminal / DNA-directed RNA polymerase IV/V subunit 1, N-terminal / Protein of unknown function (DUF3223) / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / NusG, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase V subunit 7 / Protein RNA-directed DNA methylation 3 / DNA-directed RNA polymerases II and V subunit 8A / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 11 / DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 3B / DNA-directed RNA polymerase V subunit 1 / DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 4 / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 9A / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 10 / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 6A ...DNA-directed RNA polymerase V subunit 7 / Protein RNA-directed DNA methylation 3 / DNA-directed RNA polymerases II and V subunit 8A / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 11 / DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 3B / DNA-directed RNA polymerase V subunit 1 / DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 4 / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 9A / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 10 / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 6A / DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 12 / DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase V subunit 5A
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Zhang H / Zhang Y
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)2020YFA0907902 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)JCYJ-SHFY-2022-012 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A cryo-EM structure of KTF1-bound polymerase V transcription elongation complex.
著者: Hong-Wei Zhang / Kun Huang / Zhan-Xi Gu / Xiao-Xian Wu / Jia-Wei Wang / Yu Zhang /
要旨: De novo DNA methylation in plants relies on transcription of RNA polymerase V (Pol V) along with KTF1, which produce long non-coding RNAs for recruitment and assembly of the DNA methylation machinery. ...De novo DNA methylation in plants relies on transcription of RNA polymerase V (Pol V) along with KTF1, which produce long non-coding RNAs for recruitment and assembly of the DNA methylation machinery. Here, we report a cryo-EM structure of the Pol V transcription elongation complex bound to KTF1. The structure reveals the conformation of the structural motifs in the active site of Pol V that accounts for its inferior RNA-extension ability. The structure also reveals structural features of Pol V that prevent it from interacting with the transcription factors of Pol II and Pol IV. The KOW5 domain of KTF1 binds near the RNA exit channel of Pol V providing a scaffold for the proposed recruitment of Argonaute proteins to initiate the assembly of the DNA methylation machinery. The structure provides insight into the Pol V transcription elongation process and the role of KTF1 during Pol V transcription-coupled DNA methylation.
履歴
登録2023年1月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月21日-
マップ公開2023年6月21日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35086.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35086.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.003
最小 - 最大-0.006967795 - 0.02915679
平均 (標準偏差)0.00014692632 (±0.0017930665)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #3

ファイルemd_35086_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_35086_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_35086_additional_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35086_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35086_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : KTF1-bound polymerase V transcription elongation complex

全体名称: KTF1-bound polymerase V transcription elongation complex
要素
  • 複合体: KTF1-bound polymerase V transcription elongation complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase V subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 3B
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase V subunit 5A
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 6A
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase V subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases II and V subunit 8A
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 9A
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 12
    • DNA: DNA (48-MER)
    • RNA: RNA (30-MER)
    • DNA: DNA (48-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Protein RNA-directed DNA methylation 3
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: KTF1-bound polymerase V transcription elongation complex

超分子名称: KTF1-bound polymerase V transcription elongation complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 608.5 kDa/nm

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase V subunit 1

分子名称: DNA-directed RNA polymerase V subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 218.495594 KDa
組換発現生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
配列文字列: MEEESTSEIL DGEIVGITFA LASHHEICIQ SISESAINHP SQLTNAFLGL PLEFGKCESC GATEPDKCEG HFGYIQLPVP IYHPAHVNE LKQMLSLLCL KCLKIKKAKG TSGGLADRLL GVCCEEASQI SIKDRASDGA SYLELKLPSR SRLQPGCWNF L ERYGYRYG ...文字列:
MEEESTSEIL DGEIVGITFA LASHHEICIQ SISESAINHP SQLTNAFLGL PLEFGKCESC GATEPDKCEG HFGYIQLPVP IYHPAHVNE LKQMLSLLCL KCLKIKKAKG TSGGLADRLL GVCCEEASQI SIKDRASDGA SYLELKLPSR SRLQPGCWNF L ERYGYRYG SDYTRPLLAR EVKEILRRIP EESRKKLTAK GHIPQEGYIL EYLPVPPNCL SVPEASDGFS TMSVDPSRIE LK DVLKKVI AIKSSRSGET NFESHKAEAS EMFRVVDTYL QVRGTAKAAR NIDMRYGVSK ISDSSSSKAW TEKMRTLFIR KGS GFSSRS VITGDAYRHV NEVGIPIEIA QRITFEERVS VHNRGYLQKL VDDKLCLSYT QGSTTYSLRD GSKGHTELKP GQVV HRRVM DGDVVFINRP PTTHKHSLQA LRVYVHEDNT VKINPLMCSP LSADFDGDCV HLFYPQSLSA KAEVMELFSV EKQLL SSHT GQLILQMGSD SLLSLRVMLE RVFLDKATAQ QLAMYGSLSL PPPALRKSSK SGPAWTVFQI LQLAFPERLS CKGDRF LVD GSDLLKFDFG VDAMGSIINE IVTSIFLEKG PKETLGFFDS LQPLLMESLF AEGFSLSLED LSMSRADMDV IHNLIIR EI SPMVSRLRLS YRDELQLENS IHKVKEVAAN FMLKSYSIRN LIDIKSNSAI TKLVQQTGFL GLQLSDKKKF YTKTLVED M AIFCKRKYGR ISSSGDFGIV KGCFFHGLDP YEEMAHSIAA REVIVRSSRG LAEPGTLFKN LMAVLRDIVI TNDGTVRNT CSNSVIQFKY GVDSERGHQG LFEAGEPVGV LAATAMSNPA YKAVLDSSPN SNSSWELMKE VLLCKVNFQN TTNDRRVILY LNECHCGKR FCQENAACTV RNKLNKVSLK DTAVEFLVEY RKQPTISEIF GIDSCLHGHI HLNKTLLQDW NISMQDIHQK C EDVINSLG QKKKKKATDD FKRTSLSVSE CCSFRDPCGS KGSDMPCLTF SYNATDPDLE RTLDVLCNTV YPVLLEIVIK GD SRICSAN IIWNSSDMTT WIRNRHASRR GEWVLDVTVE KSAVKQSGDA WRVVIDSCLS VLHLIDTKRS IPYSVKQVQE LLG LSCAFE QAVQRLSASV RMVSKGVLKE HIILLANNMT CSGTMLGFNS GGYKALTRSL NIKAPFTEAT LIAPRKCFEK AAEK CHTDS LSTVVGSCSW GKRVDVGTGS QFELLWNQKE TGLDDKEETD VYSFLQMVIS TTNADAFVSS PGFDVTEEEM AEWAE SPER DSALGEPKFE DSADFQNLHD EGKPSGANWE KSSSWDNGCS GGSEWGVSKS TGGEANPESN WEKTTNVEKE DAWSSW NTR KDAQESSKSD SGGAWGIKTK DADADTTPNW ETSPAPKDSI VPENNEPTSD VWGHKSVSDK SWDKKNWGTE SAPAAWG ST DAAVWGSSDK KNSETESDAA AWGSRDKNNS DVGSGAGVLG PWNKKSSETE SNGATWGSSD KTKSGAAAWN SWDKKNIE T DSEPAAWGSQ GKKNSETESG PAAWGAWDKK KSETEPGPAG WGMGDKKNSE TELGPAAMGN WDKKKSDTKS GPAAWGSTD AAAWGSSDKN NSETESDAAA WGSRNKKTSE IESGAGAWGS WGQPSPTAED KDTNEDDRNP WVSLKETKSR EKDDKERSQW GNPAKKFPS SGGWSNGGGA DWKGNRNHTP RPPRSEDNLA PMFTATRQRL DSFTSEEQEL LSDVEPVMRT LRKIMHPSAY P DGDPISDD DKTFVLEKIL NFHPQKETKL GSGVDFITVD KHTIFSDSRC FFVVSTDGAK QDFSYRKSLN NYLMKKYPDR AE EFIDKYF TKPRPSGNRD RNNQDATPPG EEQSQPPNQS IGNGGDDFQT QTQSQSPSQT RAQSPSQAQA QSPSQTQSQS QSQ SQSQSQ SQSQSQSQSQ SQSQSQSQSQ SPSQTQTQSP SQTQAQAQSP SSQSPSQTQT

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase V subunit 1

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 132.848047 KDa
配列文字列: MPDMDIDVKD LEEFEATTGE INLSELGEGF LQSFCKKAAT SFFDKYGLIS HQLNSYNYFI EHGLQNVFQS FGEMLVEPSF DVVKKKDND WRYATVKFGE VTVEKPTFFS DDKELEFLPW HARLQNMTYS ARIKVNVQVE VFKNTVVKSD KFKTGQDNYV E KKILDVKK ...文字列:
MPDMDIDVKD LEEFEATTGE INLSELGEGF LQSFCKKAAT SFFDKYGLIS HQLNSYNYFI EHGLQNVFQS FGEMLVEPSF DVVKKKDND WRYATVKFGE VTVEKPTFFS DDKELEFLPW HARLQNMTYS ARIKVNVQVE VFKNTVVKSD KFKTGQDNYV E KKILDVKK QDILIGSIPV MVKSILCKTS EKGKENCKKG DCAFDQGGYF VIKGAEKVFI AQEQMCTKRL WISNSPWTVS FR SENKRNR FIVRLSENEK AEDYKRREKV LTVYFLSTEI PVWLLFFALG VSSDKEAMDL IAFDGDDASI TNSLIASIHV ADA VCEAFR CGNNALTYVE QQIKSTKFPP AESVDECLHL YLFPGLQSLK KKARFLGYMV KCLLNSYAGK RKCENRDSFR NKRI ELAGE LLEREIRVHL AHARRKMTRA MQKHLSGDGD LKPIEHYLDA SVITNGLSRA FSTGAWSHPF RKMERVSGVV ANLGR ANPL QTLIDLRRTR QQVLYTGKVG DARYPHPSHW GRVCFLSTPD GENCGLVKNM SLLGLVSTQS LESVVEKLFA CGMEEL MDD TCTPLFGKHK VLLNGDWVGL CADSESFVAE LKSRRRQSEL PREMEIKRDK DDNEVRIFTD AGRLLRPLLV VENLQKL KQ EKPSQYPFDH LLDHGILELI GIEEEEDCNT AWGIKQLLKE PKIYTHCELD LSFLLGVSCA VVPFANHDHG RRVLYQSQ K HCQQAIGFSS TNPNIRCDTL SQQLFYPQKP LFKTLASECL KKEVLFNGQN AIVAVNVHLG YNQEDSIVMN KASLERGMF RSEQIRSYKA EVDAKDSEKR KKMDELVQFG KTHSKIGKVD SLEDDGFPFI GANMSTGDIV IGRCTESGAD HSIKLKHTER GIVQKVVLS SNDEGKNFAA VSLRQVRSPC LGDKFSSMHG QKGVLGYLEE QQNFPFTIQG IVPDIVINPH AFPSRQTPGQ L LEAALSKG IACPIQKEGS SAAYTKLTRH ATPFSTPGVT EITEQLHRAG FSRWGNERVY NGRSGEMMRS MIFMGPTFYQ RL VHMSEDK VKFRNTGPVH PLTRQPVADR KRFGGIKFGE MERDCLIAHG ASANLHERLF TLSDSSQMHI CRKCKTYANV IER TPSSGR KIRGPYCRVC VSSDHVVRVY VPYGAKLLCQ ELFSMGITLN FDTKLC

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 2

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 3B

分子名称: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 3B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 35.617375 KDa
配列文字列: MDGVTYQRFP TVKIRELKDD YAKFELRETD VSMANALRRV MISEVPTMAI HLVKIEVNSS VLNDEFIAQR LSLIPLTSER AMSMRFCQD CEDCNGDEHC EFCSVEFPLS AKCVTDQTLD VTSRDLYSAD PTVTPVDFTS NSSTSDSSEH KGIIIAKLRR G QELKLKAL ...文字列:
MDGVTYQRFP TVKIRELKDD YAKFELRETD VSMANALRRV MISEVPTMAI HLVKIEVNSS VLNDEFIAQR LSLIPLTSER AMSMRFCQD CEDCNGDEHC EFCSVEFPLS AKCVTDQTLD VTSRDLYSAD PTVTPVDFTS NSSTSDSSEH KGIIIAKLRR G QELKLKAL ARKGIGKDHA KWSPAATVTY MYEPDIIINE EMMNTLTDEE KIDLIESSPT KVFGIDPVTG QVVVVDPEAY TY DEEVIKK AEAMGKPGLI EIHPKHDSFV FTVESTGALK ASQLVLNAID ILKQKLDAIR LSDNTVEADD QFGELGAHMR EG

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 3B

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 4

分子名称: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 22.447604 KDa
配列文字列: MSEKGGKGLK SSLKSKDGGK DGSSTKLKKG RKIHFDQRTP PANYKILNVS SDQQPFQSSA AKCGKSDKPT KSSKNSLHSF ELKDLPENA ECMMDCEAFQ ILDGIKGQLV GLSEDPSIKI PVSYDRALAY VESCVHYTNP QSVRKVLEPL KTYGISDGEM C VIANASSE ...文字列:
MSEKGGKGLK SSLKSKDGGK DGSSTKLKKG RKIHFDQRTP PANYKILNVS SDQQPFQSSA AKCGKSDKPT KSSKNSLHSF ELKDLPENA ECMMDCEAFQ ILDGIKGQLV GLSEDPSIKI PVSYDRALAY VESCVHYTNP QSVRKVLEPL KTYGISDGEM C VIANASSE SVDEVLAFIP SLKTKKEVIN QPLQDALEEL SKLKKSE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit 4

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase V subunit 5A

分子名称: DNA-directed RNA polymerase V subunit 5A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 25.626555 KDa
配列文字列: MEVKGKETAS VLCLSKYVDL SSEESHRYYL ARRNGLQMLR DRGYEVSDED INLSLHDFRT VYGERPDVDR LRISALHRSD STKKVKIVF FGTSMVKVNA IRSVVADILS QETITGLILV LQNHVTNQAL KAIELFSFKV EIFQITDLLV NITKHSLKPQ H QVLNDEEK ...文字列:
MEVKGKETAS VLCLSKYVDL SSEESHRYYL ARRNGLQMLR DRGYEVSDED INLSLHDFRT VYGERPDVDR LRISALHRSD STKKVKIVF FGTSMVKVNA IRSVVADILS QETITGLILV LQNHVTNQAL KAIELFSFKV EIFQITDLLV NITKHSLKPQ H QVLNDEEK TTLLKKFSIE EKQLPRISKK DAIVRYYGLE KGQVVKVNYR GELTESHVAF RCVW

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase V subunit 5A

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 6A

分子名称: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 6A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 16.670346 KDa
配列文字列:
MADEDYNDVD DLGYEDEPAE PEIEEGVEED VEMKENDDVN GEPIEAEDKV ETEPVQRPRK TSKFMTKYER ARILGTRALQ ISMNAPVMV ELEGETDPLE IAMKELRQRK IPFTIRRYLP DGSFEEWGVD ELIVEDSWKR QVGGD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 6A

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase V subunit 7

分子名称: DNA-directed RNA polymerase V subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 20.287941 KDa
配列文字列:
MFLKVQLPWN VMIPAENMDA KGLMLKRAIL VELLEAFASK KATKELGYYV AVTTLDKIGE GKIREHTGEV LFPVMFSGMT FKIFKGEII HGVVHKVLKH GVFMRCGPIE NVYLSYTKMP DYKYIPGENP IFMNEKTSRI QVETTVRVVV IGIKWMEVER E FQALASLE GDYLGPLSEE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase V subunit 7

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases II and V subunit 8A

分子名称: DNA-directed RNA polymerases II and V subunit 8A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 16.533148 KDa
配列文字列:
MASNIILFED IFVVDQLDPD GKKFDKVTRV QATSHNLEMF MHLDVNTEVY PLAVGDKFTL ALAPTLNLDG TPDTGYFTPG AKKTLADKY EYIMHGKLYK ISERDGKTPK AELYVSFGGL LMLLKGDPAH ISHFELDQRL FLLMRKL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases II and V subunit 8A

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 9A

分子名称: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 9A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 13.297145 KDa
配列文字列:
MSTMKFCREC NNILYPKEDK EQKILLYACR NCDHQEVADN SCVYRNEVHH SVSERTQILT DVASDPTLPR TKAVRCSKCQ HREAVFFQA TARGEEGMTL FFVCCNPNCG HRWRE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 9A

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 10

分子名称: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 8.32369 KDa
配列文字列:
MIIPVRCFTC GKVIGNKWDQ YLDLLQLDYT EGDALDALQL VRYCCRRMLM THVDLIEKLL NYNTLEKSDN S

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 10

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 11

分子名称: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 11
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 13.582286 KDa
配列文字列:
MNAPERYERF VVPEGTKKVS YDRDTKIINA ASFTVEREDH TIGNIVRMQL HRDENVLFAG YQLPHPLKYK IIVRIHTTSQ SSPMQAYNQ AINDLDKELD YLKNQFEAEV AKFSNQF

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 11

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分子 #12: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 12

分子名称: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 5.905768 KDa
配列文字列:
MDPAPEPVTY VCGDCGQENT LKSGDVIQCR ECGYRILYKK RTRRVVQYEA R

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit 12

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分子 #16: Protein RNA-directed DNA methylation 3

分子名称: Protein RNA-directed DNA methylation 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 158.254062 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDRKGKGKQV AGSDSYSGGQ KRKNSVEFRD EGLRIKKRKN PEVLQFFEES AEVGYYGGSS DEDDDGLGFL NDMEDEPEVE ESSKAGKGE KGKSSFVFPK EEDLNEEEFD RIMEERYKPG SGFLRYADDD IKDAIEMDAL APTSKDPPIW KVKCAIGRER R SVFCLMHK ...文字列:
MDRKGKGKQV AGSDSYSGGQ KRKNSVEFRD EGLRIKKRKN PEVLQFFEES AEVGYYGGSS DEDDDGLGFL NDMEDEPEVE ESSKAGKGE KGKSSFVFPK EEDLNEEEFD RIMEERYKPG SGFLRYADDD IKDAIEMDAL APTSKDPPIW KVKCAIGRER R SVFCLMHK FVELRKIGTK LEIISVFSVD HVKGFIFIEA DKEHDVLEAC KSLVGIYATR MVLLPKAETP NLLTVQKKTK KV SEGTWAR VKNGKYKGDL AQIVAVSDTR NKALIKLIPR IDIQALTQKY GGGVTVQKGQ TPAPRLISSS ELEEFRPLIQ VRR DRDTGI TFEHLDSLML KDGYLYKKVS LDSISSWGVI PTKDELLKFT PVDRKETGDV EWISEIYGEE RKKKILPTCR EGGK GEGSG GGKGEGSGGG KGEGSRGGKG EGSSDFKSES SYELYNLVCF SRKDFGLIVG VDDKGDGYKV LKEGIDGPVV VTVGK KEMQ NGPFDSKFTA LDLNKKQISV NDVVKISKGP SEGKQGVVRQ VYRGIIFLYD ESEEENGGYF CCKSQSCEKV KLFTEE SNE KTGGFDGTAF EDFVSSPKSP LSPEKEWQPR ERYNSSNQGD IGSTYSIGQK LRIRVGPLKG YLCRVIALRY SDVTVKL DS QHKIFTVKSE HLAEVRDRNT VLSTSGDAGT GSFQPFGMLG TESSTGDWAI GAGTSSEGGN WNIGGPSTDS HESLNIER N MVQLCREKNP WGGSKPTSDV SPTVADDNTS AWANAAAENK PASASDQPGG WNPWGKTPAS EAGTVSGWGD TSASNVEAS SWEKQGASTS NVADLGSWGT HGGSSGGNKQ DEDSVWGKLC EASESSQKKE ESSWGKKGGS DGESSWGNKD GNSSASKKDG VSWGQQDKG SDESKGGSAW SNQCGDFGSG KKKDGSSGWN KSAEDSNANS KGVPDWGQPN DGSSWGKKGD GAASWGKKDD G GSWGKKDD GNKDDGGSSW GKKDDGQKDD GGSSWEKKFD GGSSWGKKDD GGSSWGKKDD GGSLWGKKDD GGSSWGKEDD GG SLWGKKD DGESSWGKKD DGESSWGKKD DGGSSWGKKD EGGYSEQTFD RGGRGFGGRR GGGRRGGRDQ FGRGSSFGNS EDP APWSKP SGGSSWGKQD GDGGGSSWGK ENDAGGGSSW GKQDNGVGSS WGKQNDGSGG GSSWGKQNDA GGGSSWGKQD SGGD GSSWG KQDGGGDSGS AWGKQNNTSG GSSWGKQSDA GGGSSWGKQD GGGGGSSWGK QDGGGGSGSA WGKQNETSNG SSWGK QNDS GGGSSWGKQD GGGGGSSWGK QNDGGGGSSW GKQGDGGSKP WNEHSGGGRG FGERRGGGGF RGGRNQSGRG GRSFDG GRS SSWKTDNQEN TWKSDQSGGS DWKKGWGEDS NNSKPSGSSA GGCAGNWPSW DTNSKKETND KPGDDSKSAW GTSNDQV NT DNNNDSWNKK PNNDVGTSGE ADNAWGGKTN AVAPSPSGSA AWGTGDKKTG W

UniProtKB: Protein RNA-directed DNA methylation 3

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分子 #13: DNA (48-MER)

分子名称: DNA (48-MER) / タイプ: dna / ID: 13 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.926555 KDa
配列文字列:
(DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG) (DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA) (DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC) (DG) (DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)

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分子 #15: DNA (48-MER)

分子名称: DNA (48-MER) / タイプ: dna / ID: 15 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.643407 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG) (DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC) (DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC) (DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC) (DT) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)

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分子 #14: RNA (30-MER)

分子名称: RNA (30-MER) / タイプ: rna / ID: 14 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.492561 KDa
配列文字列:
AUCUUGAAUC UAUUUCUUUU AUCGAGAGGU

+
分子 #17: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #18: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5xon

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 30359
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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