[日本語] English
万見
- EMDB-35080: Far-red light-harvesting complex of Antarctic alga Prasiola crispa -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35080
タイトルFar-red light-harvesting complex of Antarctic alga Prasiola crispa
マップデータ
試料
  • 複合体: Far-red light-harvesting complex
生物種Prasiola crispa (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Kosugi M / Kawasaki M / Shibata Y / Moriya T / Adachi N / Senda T
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)17K19431 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)19H03187 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101071 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Uphill energy transfer mechanism for photosynthesis in an Antarctic alga.
著者: Makiko Kosugi / Masato Kawasaki / Yutaka Shibata / Kojiro Hara / Shinichi Takaichi / Toshio Moriya / Naruhiko Adachi / Yasuhiro Kamei / Yasuhiro Kashino / Sakae Kudoh / Hiroyuki Koike / Toshiya Senda /
要旨: Prasiola crispa, an aerial green alga, forms layered colonies under the severe terrestrial conditions of Antarctica. Since only far-red light is available at a deep layer of the colony, P. crispa has ...Prasiola crispa, an aerial green alga, forms layered colonies under the severe terrestrial conditions of Antarctica. Since only far-red light is available at a deep layer of the colony, P. crispa has evolved a molecular system for photosystem II (PSII) excitation using far-red light with uphill energy transfer. However, the molecular basis underlying this system remains elusive. Here, we purified a light-harvesting chlorophyll (Chl)-binding protein complex from P. crispa (Pc-frLHC) that excites PSII with far-red light and revealed its ring-shaped structure with undecameric 11-fold symmetry at 3.13 Å resolution. The primary structure suggests that Pc-frLHC evolved from LHCI rather than LHCII. The circular arrangement of the Pc-frLHC subunits is unique among eukaryote LHCs and forms unprecedented Chl pentamers at every subunit‒subunit interface near the excitation energy exit sites. The Chl pentamers probably contribute to far-red light absorption. Pc-frLHC's unique Chl arrangement likely promotes PSII excitation with entropy-driven uphill excitation energy transfer.
履歴
登録2023年1月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月18日-
マップ公開2023年1月18日-
更新2023年3月1日-
現状2023年3月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_35080.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35080.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.13 Å/pix.
x 250 pix.
= 282.5 Å		1.13 Å/pix.
x 250 pix.
= 282.5 Å		1.13 Å/pix.
x 250 pix.
= 282.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.13 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.22933911 - 0.41461942
平均 (標準偏差)1.1167961e-05 (±0.015445859)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 282.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_35080_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_35080_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Far-red light-harvesting complex

全体名称: Far-red light-harvesting complex
要素
  • 複合体: Far-red light-harvesting complex

-
超分子 #1: Far-red light-harvesting complex

超分子名称: Far-red light-harvesting complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Prasiola crispa (植物)
分子量理論値: 700 KDa

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
構成要素:
濃度名称
25.0 mMMES
0.015 %beta-DDM
0.5 Mbetain
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time 5 sec blot force 25.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1555 / 平均露光時間: 64.92 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 92000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 696095
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: An ab initio model was generated using RELION3's own implementation of Stochastic Gradient Descent (SGD) algorithm and low-pass filtered to 60 A for use as an initial model for 3D classification.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 99510
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 80078 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8hw1:
Far-red light-harvesting complex of Antarctic alga Prasiola crispa

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る