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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35048 | |||||||||
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タイトル | Structure of the human CLC-7/Ostm1 complex reveals a novel state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | chloride transporter / CLC-7 / Ostm1 / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transepithelial chloride transport / voltage-gated chloride channel activity / antiporter activity / chloride transmembrane transporter activity / chloride channel activity / chloride channel complex / osteoclast differentiation / Stimuli-sensing channels / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle ...transepithelial chloride transport / voltage-gated chloride channel activity / antiporter activity / chloride transmembrane transporter activity / chloride channel activity / chloride channel complex / osteoclast differentiation / Stimuli-sensing channels / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / ATP binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang ZX / Chen L / He J / She J | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: JUSTC / 年: 2023 タイトル: Structure of the human CLC-7/Ostm1 complex reveals a novel state 著者: Zhang ZX / Chen L / He J / She J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35048.map.gz | 62.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35048-v30.xml emd-35048.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35048.png | 55.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35048.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_35048_half_map_1.map.gz emd_35048_half_map_2.map.gz | 50.8 MB 50.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35048 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35048 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35048_validation.pdf.gz | 857.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35048_full_validation.pdf.gz | 856.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35048_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35048_validation.cif.gz | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35048 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35048 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8hvtMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35048.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35048_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35048_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CLC-7/Ostm1
全体 | 名称: CLC-7/Ostm1 |
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要素 |
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-超分子 #1: CLC-7/Ostm1
超分子 | 名称: CLC-7/Ostm1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: H(+)/Cl(-) exchange transporter 7
分子 | 名称: H(+)/Cl(-) exchange transporter 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 88.773875 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MANVSKKVSW SGRDRDDEEA APLLRRTARP GGGTPLLNGA GPGAARQSPR SALFRVGHMS SVELDDELLD PDMDPPHPFP KEIPHNEKL LSLKYESLDY DNSENQLFLE EERRINHTAF RTVEIKRWVI CALIGILTGL VACFIDIVVE NLAGLKYRVI K GNIDKFTE ...文字列: MANVSKKVSW SGRDRDDEEA APLLRRTARP GGGTPLLNGA GPGAARQSPR SALFRVGHMS SVELDDELLD PDMDPPHPFP KEIPHNEKL LSLKYESLDY DNSENQLFLE EERRINHTAF RTVEIKRWVI CALIGILTGL VACFIDIVVE NLAGLKYRVI K GNIDKFTE KGGLSFSLLL WATLNAAFVL VGSVIVAFIE PVAAGSGIPQ IKCFLNGVKI PHVVRLKTLV IKVSGVILSV VG GLAVGKE GPMIHSGSVI AAGISQGRST SLKRDFKIFE YFRRDTEKRD FVSAGAAAGV SAAFGAPVGG VLFSLEEGAS FWN QFLTWR IFFASMISTF TLNFVLSIYH GNMWDLSSPG LINFGRFDSE KMAYTIHEIP VFIAMGVVGG VLGAVFNALN YWLT MFRIR YIHRPCLQVI EAVLVAAVTA TVAFVLIYSS RDCQPLQGGS MSYPLQLFCA DGEYNSMAAA FFNTPEKSVV SLFHD PPGS YNPLTLGLFT LVYFFLACWT YGLTVSAGVF IPSLLIGAAW GRLFGISLSY LTGAAIWADP GKYALMGAAA QLGGIV RMT LSLTVIMMEA TSNVTYGFPI MLVLMTAKIV GDVFIEGLYD MHIQLQSVPF LHWEAPVTSH SLTAREVMST PVTCLRR RE KVGVIVDVLS DTASNHNGFP VVEHADDTQP ARLQGLILRS QLIVLLKHKV FVERSNLGLV QRRLRLKDFR DAYPRFPP I QSIHVSQDER ECTMDLSEFM NPSPYTVPQE ASLPRVFKLF RALGLRHLVV VDNRNQVVGL VTRKDLARYR LGKRGLEEL SLAQT UniProtKB: H(+)/Cl(-) exchange transporter 7 |
-分子 #2: Osteopetrosis-associated transmembrane protein 1
分子 | 名称: Osteopetrosis-associated transmembrane protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.29057 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEPGPTAAQR RCSLPPWLPL GLLLWSGLAL GALPFGSSPH RVFHDLLSEQ QLLEVEDLSL SLLQGGGLGP LSLPPDLPDL DPECRELLL DFANSSAELT GCLVRSARPV RLCQTCYPLF QQVVSKMDNI SRAAGNTSES QSCARSLLMA DRMQIVVILS E FFNTTWQE ...文字列: MEPGPTAAQR RCSLPPWLPL GLLLWSGLAL GALPFGSSPH RVFHDLLSEQ QLLEVEDLSL SLLQGGGLGP LSLPPDLPDL DPECRELLL DFANSSAELT GCLVRSARPV RLCQTCYPLF QQVVSKMDNI SRAAGNTSES QSCARSLLMA DRMQIVVILS E FFNTTWQE ANCANCLTNN SEELSNSTVY FLNLFNHTLT CFEHNLQGNA HSLLQTKNYS EVCKNCREAY KTLSSLYSEM QK MNELENK AEPGTHLCID VEDAMNITRK LWSRTFNCSV PCSDTVPVIA VSVFILFLPV VFYLSSFLHS EQKKRKLILP KRL KSSTSF ANIQENSN UniProtKB: Osteopetrosis-associated transmembrane protein 1 |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 199000 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |