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- EMDB-34983: Orphan GPR20 in complex with Fab046 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34983
タイトルOrphan GPR20 in complex with Fab046
マップデータ
試料
  • 複合体: The complex of GPR20 with Fab046
    • タンパク質・ペプチド: heavy chain of Fab046
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of Fab046
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,G-protein coupled receptor 20
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of Rho protein signal transduction / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / receptor complex / iron ion binding / heme binding ...positive regulation of Rho protein signal transduction / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / receptor complex / iron ion binding / heme binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / G-protein coupled receptor 20
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Rattus (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Lin X / Jiang S / Xu F
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: The activation mechanism and antibody binding mode for orphan GPR20.
著者: Xi Lin / Shan Jiang / Yiran Wu / Xiaohu Wei / Gye-Won Han / Lijie Wu / Junlin Liu / Bo Chen / Zhibin Zhang / Suwen Zhao / Vadim Cherezov / Fei Xu /
要旨: GPR20 is a class-A orphan G protein-coupled receptor (GPCR) and a potential therapeutic target for gastrointestinal stromal tumors (GIST) owing to its differentially high expression. An antibody-drug ...GPR20 is a class-A orphan G protein-coupled receptor (GPCR) and a potential therapeutic target for gastrointestinal stromal tumors (GIST) owing to its differentially high expression. An antibody-drug conjugate (ADC) containing a GPR20-binding antibody (Ab046) was recently developed in clinical trials for GIST treatment. GPR20 constitutively activates Gi proteins in the absence of any known ligand, but it remains obscure how this high basal activity is achieved. Here we report three cryo-EM structures of human GPR20 complexes including Gi-coupled GPR20 in the absence or presence of the Fab fragment of Ab046 and Gi-free GPR20. Remarkably, the structures demonstrate a uniquely folded N-terminal helix capping onto the transmembrane domain and our mutagenesis study suggests a key role of this cap region in stimulating the basal activity of GPR20. We also uncover the molecular interactions between GPR20 and Ab046, which may enable the design of tool antibodies with enhanced affinity or new functionality for GPR20. Furthermore, we report the orthosteric pocket occupied by an unassigned density which might be essential for exploring opportunities for deorphanization.
履歴
登録2022年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月8日-
マップ公開2023年3月8日-
更新2023年3月15日-
現状2023年3月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34983.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34983.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.616 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.616 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 239.616 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.078
最小 - 最大-0.24956585 - 0.4854521
平均 (標準偏差)0.00016945104 (±0.012470375)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 239.616 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34983_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34983_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34983_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The complex of GPR20 with Fab046

全体名称: The complex of GPR20 with Fab046
要素
  • 複合体: The complex of GPR20 with Fab046
    • タンパク質・ペプチド: heavy chain of Fab046
    • タンパク質・ペプチド: Light chain of Fab046
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,G-protein coupled receptor 20

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超分子 #1: The complex of GPR20 with Fab046

超分子名称: The complex of GPR20 with Fab046 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: heavy chain of Fab046

分子名称: heavy chain of Fab046 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus (ネズミ)
分子量理論値: 26.493723 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEWNWVFLFL LSVTAEVHSQ VQLQQSGAEL AKPGSSVKIS CKASGYTFTS YYISWIKQTT GQGLKYIGFI NPGSGHTNYN EKFKGKATL TVDKSSSTAF MQLSSLTPDD SAIYYCARGA GGFLRIITKF DYWGQGVMVT VSSAQTTAPS VYPLAPGCGD T TSSTVTLG ...文字列:
MEWNWVFLFL LSVTAEVHSQ VQLQQSGAEL AKPGSSVKIS CKASGYTFTS YYISWIKQTT GQGLKYIGFI NPGSGHTNYN EKFKGKATL TVDKSSSTAF MQLSSLTPDD SAIYYCARGA GGFLRIITKF DYWGQGVMVT VSSAQTTAPS VYPLAPGCGD T TSSTVTLG CLVKGYFPEP VTVTWNSGAL SSDVHTFPAV LQSGLYTLTS SVTSSTWPSQ TVTCNVAHPA SSTKVDKKVG GS GHHHHHH

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分子 #2: Light chain of Fab046

分子名称: Light chain of Fab046 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus (ネズミ)
分子量理論値: 25.637654 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: METDRLLLWV LLLWVPGSTG DTVLTQSPAL AVSLGQRVTI SCRASKSVST YIHWYQQRSG QQPKLLIYSA SNLESGVPSR FSGSGSGTD FTLTIDPVEP DDIANYYCQQ INELPYTFGA GTKLELKRAD AAPTVSIFPP STERLATGGA SVVCLMNNFY P RDISVKWK ...文字列:
METDRLLLWV LLLWVPGSTG DTVLTQSPAL AVSLGQRVTI SCRASKSVST YIHWYQQRSG QQPKLLIYSA SNLESGVPSR FSGSGSGTD FTLTIDPVEP DDIANYYCQQ INELPYTFGA GTKLELKRAD AAPTVSIFPP STERLATGGA SVVCLMNNFY P RDISVKWK IDGTERRDGV LDSVTDQDSK DSTYSMSSTL SLTKADYESH NLYTCEVVHK TSSSPVVKSF NRNEC

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分子 #3: Soluble cytochrome b562,G-protein coupled receptor 20

分子名称: Soluble cytochrome b562,G-protein coupled receptor 20
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.631012 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAGRAADL EDNWETLNDN LKVIEKADNA AQVKDALTKM RAAALDAQKA TPPKLEDKSP DSPEMKDFR HGFDILVGQI DDALKLANEG KVKEAQAAAE QLKTTRNAYI QKYLMPSVSP AGPSAGAVPN ATAVTTVRTN A SGLEVPLF ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAGRAADL EDNWETLNDN LKVIEKADNA AQVKDALTKM RAAALDAQKA TPPKLEDKSP DSPEMKDFR HGFDILVGQI DDALKLANEG KVKEAQAAAE QLKTTRNAYI QKYLMPSVSP AGPSAGAVPN ATAVTTVRTN A SGLEVPLF HLFARLDEEL HGTFPGLWLA LMAVHGAIFL AGLVLNGLAL YVFCCRTRAK TPSVIYTINL VVTDLLVGLS LP TRFAVYY GARGCLRCAF PHVLGYFLNM HCSIWFLTCI CVDRYLAIVR PEGSRRCRQP ACARAVCAFV WLAAGAVTLS VLG VTGSRP CCRVFALTVL EFLLPLLVIS VFTGRIMCAL SRPGLLHQGR QRRVRAMQLL LTVLIIFLVC FTPFHARQVA VALW PDMPH HTSLVVYHVA VTLSSLNSCM NPIVYCFVTS GFQATVRGLF GQHGHHHHHH HHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 418288
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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