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- EMDB-34947: Structure of a GPCR-G protein in complex with a natural peptide a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34947
タイトルStructure of a GPCR-G protein in complex with a natural peptide agonist
マップデータFull map corresponding to C5a-C5aR1-Go
試料
  • 複合体: GPCR-G protein in complex with a natural peptide agonist
    • 複合体: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
      • タンパク質・ペプチド: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: C5a anaphylatoxin
      • タンパク質・ペプチド: C5a anaphylatoxin
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: Antibody fragment
      • タンパク質・ペプチド: Antibody fragment
キーワードGPCR (Gタンパク質共役受容体) / G protein (Gタンパク質) / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


complement component C5a binding / cell proliferation in hindbrain / complement component C5a signaling pathway / presynapse organization / regulation of tau-protein kinase activity / Peptide ligand-binding receptors / complement component C5a receptor activity / Regulation of Complement cascade / response to peptidoglycan / Terminal pathway of complement ...complement component C5a binding / cell proliferation in hindbrain / complement component C5a signaling pathway / presynapse organization / regulation of tau-protein kinase activity / Peptide ligand-binding receptors / complement component C5a receptor activity / Regulation of Complement cascade / response to peptidoglycan / Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / G alpha (i) signalling events / mu-type opioid receptor binding / complement receptor mediated signaling pathway / Activation of C3 and C5 / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of neutrophil chemotaxis / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / dopamine receptor signaling pathway / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of macrophage chemotaxis / amyloid-beta clearance / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / G protein-coupled serotonin receptor binding / positive regulation of chemokine production / Neutrophil degranulation / Peptide ligand-binding receptors / complement activation, classical pathway / 好中球 / muscle contraction / Regulation of Complement cascade / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of epithelial cell proliferation / astrocyte activation / microglial cell activation / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / mRNA transcription by RNA polymerase II / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / 認識 / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / positive regulation of angiogenesis / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / 走化性 / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / retina development in camera-type eye / GTPase binding / apical part of cell / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / fibroblast proliferation / cytoplasmic vesicle / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / basolateral plasma membrane / killing of cells of another organism / negative regulation of neuron apoptotic process / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade
類似検索 - 分子機能
Anaphylatoxin chemotactic receptor, C3a/C5a1/C5a2 / : / Complement component 5, CUB domain / Formyl peptide receptor-related / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system ...Anaphylatoxin chemotactic receptor, C3a/C5a1/C5a2 / : / Complement component 5, CUB domain / Formyl peptide receptor-related / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Α2-マクログロブリン / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Α2-マクログロブリン / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C5 / Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha / C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Saha S / Maharana J / Yadav MK / Sarma P / Chami M / Banerjee R / Shukla AK
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR29041/BRB/10/1697/20 インド
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2023
タイトル: Structure of a GPCR-G protein in complex with a synthetic peptide agonist
著者: Saha S / Maharana J / Yadav MK / Sarma P / Chami M / Banerjee R / Shukla AK
履歴
登録2022年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月18日-
マップ公開2023年10月18日-
更新2023年10月18日-
現状2023年10月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34947.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34947.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map corresponding to C5a-C5aR1-Go
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94756 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.95278513 - 1.3577551
平均 (標準偏差)0.0003413784 (±0.018877408)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 341.1216 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map B corresponding to C5a-C5aR1-Go

ファイルemd_34947_half_map_1.map
注釈Half map B corresponding to C5a-C5aR1-Go
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A corresponding to C5a-C5aR1-Go

ファイルemd_34947_half_map_2.map
注釈Half map A corresponding to C5a-C5aR1-Go
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GPCR-G protein in complex with a natural peptide agonist

全体名称: GPCR-G protein in complex with a natural peptide agonist
要素
  • 複合体: GPCR-G protein in complex with a natural peptide agonist
    • 複合体: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
      • タンパク質・ペプチド: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: C5a anaphylatoxin
      • タンパク質・ペプチド: C5a anaphylatoxin
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: Antibody fragment
      • タンパク質・ペプチド: Antibody fragment

+
超分子 #1: GPCR-G protein in complex with a natural peptide agonist

超分子名称: GPCR-G protein in complex with a natural peptide agonist
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

+
超分子 #2: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1

超分子名称: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
超分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
詳細: This is a variant of Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha called the "mini G(o) alpha"
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #5: C5a anaphylatoxin

超分子名称: C5a anaphylatoxin / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #6: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #7: Antibody fragment

超分子名称: Antibody fragment / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
分子 #1: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1

分子名称: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The initial sequence in the sample sequence is the expression tag (absent in the coordinates): "MGKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDAANFTPVNGSSGNQSVRLVTSSSLEVLFQGPGSDPIDNSSFEINYDHYGTMDPNI" The residues ...詳細: The initial sequence in the sample sequence is the expression tag (absent in the coordinates): "MGKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDAANFTPVNGSSGNQSVRLVTSSSLEVLFQGPGSDPIDNSSFEINYDHYGTMDPNI" The residues absent in the coordinates and present in the sample sequence belongs to disordered regions.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 44.958422 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGKTIIALSY IFCLVFADYK DDDDAANFTP VNGSSGNQSV RLVTSSSLEV LFQGPGSDPI DNSSFEINYD HYGTMDPNIP ADGIHLPKR QPGDVAALII YSVVFLVGVP GNALVVWVTA FEARRAVNAI WFLNLAVADL LSCLALPVLF TTVLNHNYWY F DATACIVL ...文字列:
MGKTIIALSY IFCLVFADYK DDDDAANFTP VNGSSGNQSV RLVTSSSLEV LFQGPGSDPI DNSSFEINYD HYGTMDPNIP ADGIHLPKR QPGDVAALII YSVVFLVGVP GNALVVWVTA FEARRAVNAI WFLNLAVADL LSCLALPVLF TTVLNHNYWY F DATACIVL PSLILLNMYA SILLLATISA DRFLLVFKPI WCQKVRGTGL AWMACGVAWV LALLLTIPSF VYREAYKDFY SE HTVCGIN YGGGSFPKEK AVAILRLMVG FVLPLLTLNI CYTFLLLRTW SRKATRSTKT LKVVMAVVIC FFIFWLPYQV TGV MIAWLP PSSPTLKRVE KLNSLCVSLA YINCCVNPII YVMAGQGFHG RLLRSLPSII RNALSEDSVG RDSKTFTPST TDTS TRKSQ AV

UniProtKB: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1

+
分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: This is a variant of Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha called the "mini G(o) alpha";Expression tag: "MGHHHHHHENLYFQGT" Residues absent in the coordinates: Disordered ...詳細: This is a variant of Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha called the "mini G(o) alpha";Expression tag: "MGHHHHHHENLYFQGT" Residues absent in the coordinates: Disordered regions,This is a variant of Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha called the "mini G(o) alpha";Expression tag: "MGHHHHHHENLYFQGT" Residues absent in the coordinates: Disordered regions
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.024762 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHEN LYFQGTLSAE ERAALERSKA IEKNLKEDGI SAAKDVKLLL LGADNSGKST IVKQMKIIHG GSGGSGGTTG IVETHFTFK NLHFRLFDVG GQRSERKKWI HCFEDVTAII FCVDLSDYNR MHESLMLFDS ICNNKFFIDT SIILFLNKKD L FGEKIKKS ...文字列:
MGHHHHHHEN LYFQGTLSAE ERAALERSKA IEKNLKEDGI SAAKDVKLLL LGADNSGKST IVKQMKIIHG GSGGSGGTTG IVETHFTFK NLHFRLFDVG GQRSERKKWI HCFEDVTAII FCVDLSDYNR MHESLMLFDS ICNNKFFIDT SIILFLNKKD L FGEKIKKS PLTICFPEYT GPNTYEDAAA YIQAQFESKN RSPNKEIYCH MTCATDTNNA QVIFDAVTDI IIANNLRGCG LY

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha, Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

+
分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Expression tag: "MHHHHHHGSSGS" / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.534062 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC R FLDDNQIV ...文字列:
MHHHHHHGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC R FLDDNQIV TSSGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD IN AICFFPN GNAFATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAG HDNRVS CLGVTDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

+
分子 #4: C5a anaphylatoxin

分子名称: C5a anaphylatoxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.288676 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
TLQKKIEEIA AKYKHSVVKK CCYDGACVNN DETCEQRAAR ISLGPRCIKA FTECCVVASQ LRANISHKDM QLGR

UniProtKB: Complement C5

+
分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: Residues absent in the coordinates: Disordered regions
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

+
分子 #6: Antibody fragment

分子名称: Antibody fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6
詳細: Residues absent in the coordinate file: Disordered regions
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.340482 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KGSLEVLFQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8hpt

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 173416
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8hqc:
Structure of a GPCR-G protein in complex with a natural peptide agonist

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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