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- EMDB-34917: Structure of CXCR3 complexed with antagonist SCH546738 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34917
タイトルStructure of CXCR3 complexed with antagonist SCH546738
マップデータ
試料
  • 複合体: CXCR3-KOR-SCH546738-Nb6
    • タンパク質・ペプチド: Nb6
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor
  • リガンド: 3-azanyl-6-chloranyl-5-[(3S)-4-[1-[(4-chlorophenyl)methyl]piperidin-4-yl]-3-ethyl-piperazin-1-yl]pyrazine-2-carboxamide
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードG protein coupled receptor / chemokine receptor / CXCR3 / SCH546738 / complex / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


response to acrylamide / regulation of saliva secretion / regulation of leukocyte migration / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / C-X-C chemokine binding / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / chemokine binding / G protein-coupled opioid receptor activity / negative regulation of luteinizing hormone secretion ...response to acrylamide / regulation of saliva secretion / regulation of leukocyte migration / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / C-X-C chemokine binding / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / chemokine binding / G protein-coupled opioid receptor activity / negative regulation of luteinizing hormone secretion / C-X-C chemokine receptor activity / dynorphin receptor activity / chemokine receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine secretion / C-C chemokine receptor activity / sensory perception / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / C-C chemokine binding / positive regulation of chemotaxis / negative regulation of execution phase of apoptosis / maternal behavior / conditioned place preference / receptor serine/threonine kinase binding / neuropeptide binding / Chemokine receptors bind chemokines / positive regulation of p38MAPK cascade / eating behavior / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of execution phase of apoptosis / behavioral response to cocaine / neuropeptide signaling pathway / estrous cycle / regulation of cell adhesion / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / axon terminus / T-tubule / sensory perception of pain / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of angiogenesis / Peptide ligand-binding receptors / cell chemotaxis / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / sarcoplasmic reticulum / locomotory behavior / response to nicotine / cellular response to glucose stimulus / calcium-mediated signaling / electron transport chain / response to insulin / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / synaptic vesicle membrane / response to estrogen / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / signaling receptor activity / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / cellular response to lipopolysaccharide / chemical synaptic transmission / defense response to virus / angiogenesis / perikaryon / postsynaptic membrane / response to ethanol / periplasmic space / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / neuron projection / inflammatory response / immune response / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / heme binding / apoptotic process / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 3 / Kappa opioid receptor / Chemokine receptor family / Opioid receptor / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...CXC chemokine receptor 3 / Kappa opioid receptor / Chemokine receptor family / Opioid receptor / : / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Kappa-type opioid receptor / C-X-C chemokine receptor type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Jiao HZ / Hu HL
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100963 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the activation and inhibition of CXC chemokine receptor 3.
著者: Haizhan Jiao / Bin Pang / Aijun Liu / Qiang Chen / Qi Pan / Xiankun Wang / Yunong Xu / Ying-Chih Chiang / Ruobing Ren / Hongli Hu /
要旨: The chemotaxis of CD4 type 1 helper cells and CD8 cytotoxic lymphocytes, guided by interferon-inducible CXC chemokine 9-11 (CXCL9-11) and CXC chemokine receptor 3 (CXCR3), plays a critical role in ...The chemotaxis of CD4 type 1 helper cells and CD8 cytotoxic lymphocytes, guided by interferon-inducible CXC chemokine 9-11 (CXCL9-11) and CXC chemokine receptor 3 (CXCR3), plays a critical role in type 1 immunity. Here we determined the structures of human CXCR3-DNG complexes activated by chemokine CXCL11, peptidomimetic agonist PS372424 and biaryl-type agonist VUF11222, and the structure of inactive CXCR3 bound to noncompetitive antagonist SCH546738. Structural analysis revealed that PS372424 shares a similar orthosteric binding pocket to the N terminus of CXCL11, while VUF11222 buries deeper and activates the receptor in a distinct manner. We showed an allosteric binding site between TM5 and TM6, accommodating SCH546738 in the inactive CXCR3. SCH546738 may restrain the receptor at an inactive state by preventing the repacking of TM5 and TM6. By revealing the binding patterns and the pharmacological properties of the four modulators, we present the activation mechanisms of CXCR3 and provide insights for future drug development.
履歴
登録2022年12月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月29日-
マップ公開2023年11月29日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34917.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34917.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 280 pix.
= 238. Å		0.85 Å/pix.
x 280 pix.
= 238. Å		0.85 Å/pix.
x 280 pix.
= 238. Å

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投影像

断面 (1/3)

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断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.58
最小 - 最大-3.9737642 - 5.557085
平均 (標準偏差)-0.0012886183 (±0.08034055)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 238.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_34917_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34917_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34917_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CXCR3-KOR-SCH546738-Nb6

全体名称: CXCR3-KOR-SCH546738-Nb6
要素
  • 複合体: CXCR3-KOR-SCH546738-Nb6
    • タンパク質・ペプチド: Nb6
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor
  • リガンド: 3-azanyl-6-chloranyl-5-[(3S)-4-[1-[(4-chlorophenyl)methyl]piperidin-4-yl]-3-ethyl-piperazin-1-yl]pyrazine-2-carboxamide
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: CXCR3-KOR-SCH546738-Nb6

超分子名称: CXCR3-KOR-SCH546738-Nb6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Nb6

分子名称: Nb6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 18.665906 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAMA QVQLQESGGG LVQAGESLRL SCAASGTIFR LYDMGWYRRV SGNQRELVA SITSGGSTKY GDSVKGRFTI SRDNAKNTVY LQMSSLKPED TAVYYCNAEY RTGIWEELLD GWGQGTQVTV S SHHHHHHH H

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分子 #2: Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-typ...

分子名称: Soluble cytochrome b562,C-X-C chemokine receptor type 3,Kappa-type opioid receptor
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.327051 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKGSADLE DNWETLNDNL KVIEKADNAA QVKDALTKMR AAALDAQKAT PPKLEDKSPD SPEMKDFRH GFDILVGQID DALKLANEGK VKEAQAAAEQ LKTTRNAYIQ KYLLVPRGSM VLEVSDHQVL NDAEVAALLE N FSSSYDYG ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKGSADLE DNWETLNDNL KVIEKADNAA QVKDALTKMR AAALDAQKAT PPKLEDKSPD SPEMKDFRH GFDILVGQID DALKLANEGK VKEAQAAAEQ LKTTRNAYIQ KYLLVPRGSM VLEVSDHQVL NDAEVAALLE N FSSSYDYG ENESDSCCTS PPCPQDFSLN FDRAFLPALY SLLFLLGLLG NGAVAAVLLS RRTALSSTDT FLLHLAVADT LL VLTLPLW AVDAAVQWVF GSGLCKVAGA LFNINFYAGA LLLACISFDR YLNIVHATQL YRRGPPARVT LTCLAVWGLC LLF ALPDFI FLSAHHDERL NATHCQYNFP QVGRTALRVL QLVAGFLLPL LVMAYCYAHI LARLKSVRLL SGSREKDRNL RRIT RLVVV VVVAFALCWT PYHLVVLVDI LMDLGALARN CGRESRVDVA KSVTSGLGYM HCCLNPLLYA FVGVKFRERM WMLLL RLGC PNQRGLQRQP SSSRRDSSWS ETS

UniProtKB: Soluble cytochrome b562, C-X-C chemokine receptor type 3, Kappa-type opioid receptor, C-X-C chemokine receptor type 3

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分子 #3: 3-azanyl-6-chloranyl-5-[(3S)-4-[1-[(4-chlorophenyl)methyl]piperid...

分子名称: 3-azanyl-6-chloranyl-5-[(3S)-4-[1-[(4-chlorophenyl)methyl]piperidin-4-yl]-3-ethyl-piperazin-1-yl]pyrazine-2-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: 43I
分子量理論値: 492.445 Da
Chemical component information

ChemComp-43I:
3-azanyl-6-chloranyl-5-[(3S)-4-[1-[(4-chlorophenyl)methyl]piperidin-4-yl]-3-ethyl-piperazin-1-yl]pyrazine-2-carboxamide

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分子 #4: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 53.43 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 509297
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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