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- EMDB-34879: The nanotube of Ralstonia solanacearum lectin(RSL) induced by F3R -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34879
タイトルThe nanotube of Ralstonia solanacearum lectin(RSL) induced by F3R
マップデータthe nanotube of Ralstonia solanacearum lectin(RSL) induced by F3R
試料
  • 複合体: The nanotube of Ralstonia solanacearum lectin(RSL) induced by F3R
    • Other: Ralstonia solanacearum lectin (RSL)
キーワードFucose binding protein / Ralstonia solanacearum lectin / SUGAR BINDING PROTEIN
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.4 Å
データ登録者Li L / Chen G
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: ACS Nano / 年: 2023
タイトル: Spatiotemporal Landscape for the Sophisticated Transformation of Protein Assemblies Defined by Multiple Supramolecular Interactions.
著者: Long Li / Zhen Li / Ziying Wang / Shuyu Chen / Rongying Liu / Xuyang Xu / Zhi Zhang / Linfei Ye / Yu Ding / Quan Luo / Sheng Cao / Lei Zhang / Anne Imberty / Guosong Chen /
要旨: Precise protein assemblies not only constitute a series of living machineries but also provide an advanced class of biomaterials. Previously, we developed the inducing ligand strategy to generate ...Precise protein assemblies not only constitute a series of living machineries but also provide an advanced class of biomaterials. Previously, we developed the inducing ligand strategy to generate various fixed protein assemblies, without the formation of noncovalent interactions between proteins. Here, we demonstrated that controlling the symmetry and number of supramolecular interactions introduced on protein surfaces could direct the formation of unspecific interactions between proteins and induce various nanoscale assemblies, including coiling nanowires, nanotubes, and nanosheets, without manipulation of the protein's native surfaces. More importantly, these nanoscale assemblies could spontaneously evolve into more ordered architectures, crystals. We further showed that the transformation from the introduced supramolecular interactions to the interactions formed between proteins was crucial for pathway selection and outcomes of evolution. These findings reveal a transformation mechanism of protein self-assembly that has not been exploited before and may provide an approach to generate complex and transformable biomacromolecular self-assemblies.
履歴
登録2022年11月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月2日-
マップ公開2023年8月2日-
更新2023年8月30日-
現状2023年8月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34879.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34879.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈the nanotube of Ralstonia solanacearum lectin(RSL) induced by F3R
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.98 Å/pix.
x 224 pix.
= 891. Å		3.98 Å/pix.
x 224 pix.
= 891. Å		3.98 Å/pix.
x 224 pix.
= 891. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.97768 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.19044976 - 0.3702341
平均 (標準偏差)0.0019315644 (±0.03106478)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 891.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_34879_half_map_1.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_34879_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The nanotube of Ralstonia solanacearum lectin(RSL) induced by F3R

全体名称: The nanotube of Ralstonia solanacearum lectin(RSL) induced by F3R
要素
  • 複合体: The nanotube of Ralstonia solanacearum lectin(RSL) induced by F3R
    • Other: Ralstonia solanacearum lectin (RSL)

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超分子 #1: The nanotube of Ralstonia solanacearum lectin(RSL) induced by F3R

超分子名称: The nanotube of Ralstonia solanacearum lectin(RSL) induced by F3R
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Ralstonia solanacearum (バクテリア)

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分子 #1: Ralstonia solanacearum lectin (RSL)

分子名称: Ralstonia solanacearum lectin (RSL) / タイプ: other / ID: 1 / 分類: cyclic-pseudo-peptide
由来(天然)生物種: Ralstonia solanacearum (バクテリア)
配列文字列: MSSVQTAATS WGTVPSIAVY TANNGKITER CWDGKGWYTG AFNEPGDNVS VTSWLVGSAI HIRVYASTGT TTTEWCWDGN GWTKGAYTSS TVPGDQTAAT SWGTVPSIAV YTANNGKITE RCWDGKGWYT GAFNEPGDNV SVTSWLVGSA IHIRVYASTG TTTTEWCWDG ...文字列:
MSSVQTAATS WGTVPSIAVY TANNGKITER CWDGKGWYTG AFNEPGDNVS VTSWLVGSAI HIRVYASTGT TTTEWCWDGN GWTKGAYTSS TVPGDQTAAT SWGTVPSIAV YTANNGKITE RCWDGKGWYT GAFNEPGDNV SVTSWLVGSA IHIRVYASTG TTTTEWCWDG NGWTKGAYTS STVPGDQTAA TSWGTVPSIA VYTANNGKIT ERCWDGKGWY TGAFNEPGDN VSVTSWLVGS AIHIRVYAST GTTTTEWCWD GNGWTKGAYT AT
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris-HCl,100mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 6.5 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 25.5 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 9729
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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