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- EMDB-34878: Cryo-EM structure of Mycobacterial Type VII Secretion System Viru... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34878
タイトルCryo-EM structure of Mycobacterial Type VII Secretion System Virulence Factor EspB (residues 1-332)
マップデータCryo-EM structure of Mycobacterial Type VII Secretion System Virulence Factor EspB (residues 1-332)
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of Mycobacterial Type VII Secretion System Virulence Factor EspB (residues 1-332)
キーワードMycobacterium tuberculosis / T7SS / membrane / lipid / LIPID BINDING PROTEIN
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Sengupta N / Padmanaban S / Dutta S
資金援助 インド, 3件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/INF/22/SP22844/2017 インド
Department of Science & Technology (DST, India)SR/FST/LSII-039/2015 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR25580/BRB/10/1619/2017 インド
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM reveals the membrane-binding phenomenon of EspB, a virulence factor of the mycobacterial type VII secretion system.
著者: Nayanika Sengupta / Surekha Padmanaban / Somnath Dutta /
要旨: Mycobacterium tuberculosis (Mtb) utilizes sophisticated machinery called the type VII secretion system to translocate virulence factors across its complex lipid membrane. EspB, a ∼36 kDa secreted ...Mycobacterium tuberculosis (Mtb) utilizes sophisticated machinery called the type VII secretion system to translocate virulence factors across its complex lipid membrane. EspB, a ∼36 kDa secreted substrate of the ESX-1 apparatus, was shown to cause ESAT-6-independent host cell death. Despite the current wealth of high-resolution structural information of the ordered N-terminal domain, the mechanism of EspB-mediated virulence remains poorly characterized. Here, we document EspB interaction with phosphatidic acid (PA) and phosphatidylserine (PS) in the context of membranes, through a biophysical approach including transmission electron microscopy and cryo-EM. We were also able to show PA, PS-dependent conversion of monomers to oligomers at physiological pH. Our data suggest that EspB adheres to biological membranes with limited PA and PS. EM of yeast mitochondria with EspB indicates a mitochondrial membrane-binding property of this ESX-1 substrate. Further, we determined the 3D structures of EspB with and without PA and observed plausible stabilization of the low complexity C-terminal domain in the presence of PA. Collectively, our cryo-EM-based structural and functional studies of EspB provide further insight into the host-Mtb interaction.
履歴
登録2022年11月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月22日-
マップ公開2023年3月22日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34878.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34878.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of Mycobacterial Type VII Secretion System Virulence Factor EspB (residues 1-332)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 240 pix.
= 220.8 Å		0.92 Å/pix.
x 240 pix.
= 220.8 Å		0.92 Å/pix.
x 240 pix.
= 220.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.92 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0137
最小 - 最大-0.033649582 - 0.054214366
平均 (標準偏差)0.000021843465 (±0.0025324156)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 220.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of Mycobacterial Type VII Secretion System...

ファイルemd_34878_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of Mycobacterial Type VII Secretion System Virulence Factor EspB (residues 1-332) - half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of Mycobacterial Type VII Secretion System...

ファイルemd_34878_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of Mycobacterial Type VII Secretion System Virulence Factor EspB (residues 1-332) - half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of Mycobacterial Type VII Secretion System Viru...

全体名称: Cryo-EM structure of Mycobacterial Type VII Secretion System Virulence Factor EspB (residues 1-332)
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of Mycobacterial Type VII Secretion System Virulence Factor EspB (residues 1-332)

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超分子 #1: Cryo-EM structure of Mycobacterial Type VII Secretion System Viru...

超分子名称: Cryo-EM structure of Mycobacterial Type VII Secretion System Virulence Factor EspB (residues 1-332)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6xzc

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 202727
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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