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- EMDB-34850: dsRNA transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34850
タイトルdsRNA transporter
マップデータ
試料
  • 複合体: dsRNA transporter
    • タンパク質・ペプチド: Systemic RNA interference defective protein 1
    • RNA: RNA (37-MER)
    • RNA: RNA (37-MER)
  • リガンド: ZINC ION
キーワードdsRNA transporter / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA transmembrane transporter activity / dsRNA transport / RNA transport / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / double-stranded RNA binding / lysosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SID1 transmembrane family / dsRNA-gated channel SID-1
類似検索 - ドメイン・相同性
Systemic RNA interference defective protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.71 Å
データ登録者Jiang DH / Zhang JT
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271272 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural insights into double-stranded RNA recognition and transport by SID-1.
著者: Jiangtao Zhang / Chunhua Zhan / Junping Fan / Dian Wu / Ruixue Zhang / Di Wu / Xinyao Chen / Ying Lu / Ming Li / Min Lin / Jianke Gong / Daohua Jiang /
要旨: RNA uptake by cells is critical for RNA-mediated gene interference (RNAi) and RNA-based therapeutics. In Caenorhabditis elegans, RNAi is systemic as a result of SID-1-mediated double-stranded RNA ...RNA uptake by cells is critical for RNA-mediated gene interference (RNAi) and RNA-based therapeutics. In Caenorhabditis elegans, RNAi is systemic as a result of SID-1-mediated double-stranded RNA (dsRNA) across cells. Despite the functional importance, the underlying mechanisms of dsRNA internalization by SID-1 remain elusive. Here we describe cryogenic electron microscopy structures of SID-1, SID-1-dsRNA complex and human SID-1 homologs SIDT1 and SIDT2, elucidating the structural basis of dsRNA recognition and import by SID-1. The homodimeric SID-1 homologs share conserved architecture, but only SID-1 possesses the molecular determinants within its extracellular domains for distinguishing dsRNA from single-stranded RNA and DNA. We show that the removal of the long intracellular loop between transmembrane helix 1 and 2 attenuates dsRNA uptake and systemic RNAi in vivo, suggesting a possible endocytic mechanism of SID-1-mediated dsRNA internalization. Our study provides mechanistic insights into dsRNA internalization by SID-1, which may facilitate the development of dsRNA applications based on SID-1.
履歴
登録2022年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月29日-
マップ公開2023年11月29日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34850.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34850.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.304
最小 - 最大-1.4690503 - 2.1334658
平均 (標準偏差)0.0021298819 (±0.058546253)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34850_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34850_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : dsRNA transporter

全体名称: dsRNA transporter
要素
  • 複合体: dsRNA transporter
    • タンパク質・ペプチド: Systemic RNA interference defective protein 1
    • RNA: RNA (37-MER)
    • RNA: RNA (37-MER)
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: dsRNA transporter

超分子名称: dsRNA transporter / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Systemic RNA interference defective protein 1

分子名称: Systemic RNA interference defective protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 88.02757 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MIRVYLIILM HLVIGLTQNN STTPSPIITS SNSSVLVFEI SSKMKMIEKK LEANTVHVLR LELDQSFILD LTKVAAEIVD SSKYSKEDG VILEVTVSNG RDSFLLKLPT VYPNLKLYTD GKLLNPLVEQ DFGAHRKRHR IGDPHFHQNL IVTVQSRLNA D IDYRLHVT ...文字列:
MIRVYLIILM HLVIGLTQNN STTPSPIITS SNSSVLVFEI SSKMKMIEKK LEANTVHVLR LELDQSFILD LTKVAAEIVD SSKYSKEDG VILEVTVSNG RDSFLLKLPT VYPNLKLYTD GKLLNPLVEQ DFGAHRKRHR IGDPHFHQNL IVTVQSRLNA D IDYRLHVT HLDRAQYDFL KFKTGQTTKT LSNQKLTFVK PIGFFLNCSE QNISQFHVTL YSEDDICANL ITVPANESIY DR SVISDKT HNRRVLSFTK RADIFFTETE ISMFKSFRIF VFIAPDDSGC STNTSRKSFN EKKKISFEFK KLENQSYAVP TAL MMIFLT TPCLLFLPIV INIIKNSRKL APSQSNLISF SPVPSEQRDM DLSHDEQQNT SSELENNGEI PAAENQIVEE ITAE NQETS VEEGNREIQV KIPLKQDSLS LHGQMLQYPV AIILPVLMHT AIEFHKWTTS TMANRDEMCF HNHACARPLG ELRAW NNII TNIGYTLYGA IFIVLSICRR GRHEYSHVFG TYECTLLDVT IGVFMVLQSI ASATYHICPS DVAFQFDTPC IQVICG LLM VRQWFVRHES PSPAYTNILL VGVVSLNFLI SAFSKTSYVR FIIAVIHVIV VGSICLAKER SLGSEKLKTR FFIMAFS MG NFAAIVMYLT LSAFHLNQIA TYCFIINCIM YLMYYGCMKV LHSERITSKA KLCGALSLLA WAVAGFFFFQ DDTDWTRS A AASRALNKPC LLLGFFGSHD LWHIFGALAG LFTFIFVSFV DDDLINTRKT SINIF

UniProtKB: Systemic RNA interference defective protein 1

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分子 #2: RNA (37-MER)

分子名称: RNA (37-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.894137 KDa
配列文字列:
GGGCAAUGUG ACUGCAUCAG CAGUCACAUU GCCCAAG

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分子 #3: RNA (37-MER)

分子名称: RNA (37-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.825017 KDa
配列文字列:
CUUGGGCAAU GUGACUGCUG AUGCAGUCAC AUUGCCC

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 108090
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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