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- EMDB-34836: Complex of GMPCPP microtubule, FAP20 and tubulin (in absence of GTP) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34836
タイトルComplex of GMPCPP microtubule, FAP20 and tubulin (in absence of GTP)
マップデータC1 reconstruction of microtubule:FAP20:tubulin complex
試料
  • 複合体: Complex of GMPCPP microtubule with FAP20 and tubulin in absence of GTP
    • 複合体: tublin
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • 複合体: Cilia- and flagella-associated protein 20
      • タンパク質・ペプチド: Cilia- and flagella-associated protein 20
キーワードdoublet microtubule / cilia- and flagella- associated protein 20 (FAP20) / inner junction protein / cilia / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / positive regulation of cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / establishment of protein localization to organelle / axoneme assembly / axonemal microtubule / embryonic brain development / motile cilium / positive regulation of axon guidance ...axonemal central pair / axonemal doublet microtubule / positive regulation of cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / establishment of protein localization to organelle / axoneme assembly / axonemal microtubule / embryonic brain development / motile cilium / positive regulation of axon guidance / microtubule associated complex / intercellular bridge / microtubule-based process / cilium assembly / ciliary basal body / neuron migration / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / structural constituent of cytoskeleton / mitotic spindle / cerebral cortex development / microtubule / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CFA20 domain / Cilia- and flagella-associated protein 20/CFAP20DC / CFA20 domain / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain ...CFA20 domain / Cilia- and flagella-associated protein 20/CFAP20DC / CFA20 domain / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha chain / Tubulin beta chain / Cilia- and flagella-associated protein 20
類似検索 - 構成要素
生物種Capra hircus (ヤギ) / Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.6 Å
データ登録者Bangera M / Sirajuddin M
資金援助 インド, European Union, 6件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/I/14/2/501533 インド
Department of Science & Technology (DST, India)CEFIPRA (5703-1) インド
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2019/003246 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR40389/COT/142/6/2020 インド
European Molecular Biology Organization (EMBO)Young Investigator ProgrammeEuropean Union
Science and Engineering Research Board (SERB)PDF/2016/002682 インド
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Doublet microtubule inner junction protein FAP20 recruits tubulin to the microtubule lattice.
著者: Mamata Bangera / Archita Dungdung / Sujana Prabhu / Minhajuddin Sirajuddin /
要旨: Doublet microtubules of eukaryotic cilia and flagella are made up of a complete A- and an incomplete B-tubule that are fused together. Of the two fusion points, the outer junction is made of ...Doublet microtubules of eukaryotic cilia and flagella are made up of a complete A- and an incomplete B-tubule that are fused together. Of the two fusion points, the outer junction is made of tripartite tubulin connections, while the inner junction contains non-tubulin elements. The latter includes flagellar-associated protein 20 (FAP20) and Parkin co-regulated gene protein (PACRG) that together link the A- and B-tubule at the inner junction. While structures of doublet microtubules reveal molecular details, their assembly is poorly understood. In this study, we purified recombinant FAP20 and characterized its effects on microtubule dynamics. We use in vitro reconstitution and cryo-electron microscopy to show that FAP20 recruits free tubulin to the existing microtubule lattice. Our cryo-electron microscopy reconstruction of microtubule:FAP20:tubulin complex reveals the mode of tubulin recruitment by FAP20 onto microtubules, providing insights into assembly steps of B-tubule closure during doublet microtubule formation.
履歴
登録2022年11月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月4日-
マップ公開2023年10月4日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34836.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34836.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈C1 reconstruction of microtubule:FAP20:tubulin complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.78 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.022
最小 - 最大-0.052052066 - 0.07897297
平均 (標準偏差)0.0014676097 (±0.0131524475)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 783.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1 for C1 reconstruction of microtubule:FAP20:tubulin complex

ファイルemd_34836_half_map_1.map
注釈Half map 1 for C1 reconstruction of microtubule:FAP20:tubulin complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 for C1 reconstruction of microtubule:FAP20:tubulin complex

ファイルemd_34836_half_map_2.map
注釈Half map 2 for C1 reconstruction of microtubule:FAP20:tubulin complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of GMPCPP microtubule with FAP20 and tubulin in absence of GTP

全体名称: Complex of GMPCPP microtubule with FAP20 and tubulin in absence of GTP
要素
  • 複合体: Complex of GMPCPP microtubule with FAP20 and tubulin in absence of GTP
    • 複合体: tublin
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • 複合体: Cilia- and flagella-associated protein 20
      • タンパク質・ペプチド: Cilia- and flagella-associated protein 20

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超分子 #1: Complex of GMPCPP microtubule with FAP20 and tubulin in absence of GTP

超分子名称: Complex of GMPCPP microtubule with FAP20 and tubulin in absence of GTP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: tublin

超分子名称: tublin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Capra hircus (ヤギ)

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超分子 #3: Cilia- and flagella-associated protein 20

超分子名称: Cilia- and flagella-associated protein 20 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

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分子 #1: Tubulin alpha chain

分子名称: Tubulin alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Capra hircus (ヤギ)
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHPE QLITGKEDAA NNYARGHYTI GKEIIDLVLD RIRKLADQCT GLQGFLVFHS FGGGTGSGFT SLLMERLSVD YGKKSKLEFS ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHPE QLITGKEDAA NNYARGHYTI GKEIIDLVLD RIRKLADQCT GLQGFLVFHS FGGGTGSGFT SLLMERLSVD YGKKSKLEFS IYPAPQVSTA VVEPYNSILT THTTLEHSDC AFMVDNEAIY DICRRNLDIE RPTYTNLNRL ISQIVSSITA SLRFDGALNV DLTEFQTNLV PYPRIHFPLA TYAPVISAEK AYHEQLSVAE ITNACFEPAN QMVKCDPRHG KYMACCLLYR GDVVPKDVNA AIATIKTKRS IQFVDWCPTG FKVGINYQPP TVVPGGDLAK VQRAVCMLSN TTAIAEAWAR LDHKFDLMYA KRAFVHWYVG EGMEEGEFSE AREDMAALEK DYEEVGVDSV EGEGEEEGEE Y

UniProtKB: Tubulin alpha chain

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分子 #2: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Capra hircus (ヤギ)
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEATGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDNF VFGQSGAGNN WAKGHYTEGA ELVDSVLDVV RKESESCDCL QGFQLTHSLG GGTGSGMGTL LISKIREEYP DRIMNTFSVM ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEATGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDNF VFGQSGAGNN WAKGHYTEGA ELVDSVLDVV RKESESCDCL QGFQLTHSLG GGTGSGMGTL LISKIREEYP DRIMNTFSVM PSPKVSDTVV EPYNATLSVH QLVENTDETY CIDNEALYDI CFRTLKLTTP TYGDLNHLVS ATMSGVTTCL RFPGQLNADL RKLAVNMVPF PRLHFFMPGF APLTSRGSQQ YRALTVPELT QQMFDSKNMM AACDPRHGRY LTVAAIFRGR MSMKEVDEQM LNVQNKNSSY FVEWIPNNVK TAVCDIPPRG LKMSATFIGN STAIQELFKR ISEQFTAMFR RKAFLHWYTG EGMDEMEFTE AESNMNDLVS EYQQYQDATA DEQGEFEEEE GEDEA

UniProtKB: Tubulin beta chain

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分子 #3: Cilia- and flagella-associated protein 20

分子名称: Cilia- and flagella-associated protein 20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MFKNAFQSGF LSVLYSIGSK PLEIWDKQVS NGHIKRITDA DIQSSVLEIM GQNVSTTYIT CPADPNKTLG IKLPFLVLII KNLNKYFSFE VQVLDDKNVR RRFRASNYQS TTRVKPFICT MPMRLDSGWN QIQFNLSDFT RRAYGTNYIE TLRVQVHANC RIRRIYFSDR ...文字列:
MFKNAFQSGF LSVLYSIGSK PLEIWDKQVS NGHIKRITDA DIQSSVLEIM GQNVSTTYIT CPADPNKTLG IKLPFLVLII KNLNKYFSFE VQVLDDKNVR RRFRASNYQS TTRVKPFICT MPMRLDSGWN QIQFNLSDFT RRAYGTNYIE TLRVQVHANC RIRRIYFSDR LYSEEELPAE FKLFLPIQKS LEVLFQGPGS HHHHHHHHH

UniProtKB: Cilia- and flagella-associated protein 20

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
詳細: BRB80 buffer : 80mM PIPES, 2mM MgCl2, 1mM EGTA supplemented with 1mM GMPCPP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.025 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: GMPCPP MT seeds in warm BRB80 was applied to the grid followed by second application of pre-warmed solution containing FAP20 and tubulin. After an incubation time of 1 minute, grid was ...詳細: GMPCPP MT seeds in warm BRB80 was applied to the grid followed by second application of pre-warmed solution containing FAP20 and tubulin. After an incubation time of 1 minute, grid was blotted for 3 seconds before plunging into liquid ethane..
詳細Goat brain tubulin was polymerized with 1mM GMPCPP at 310K for 2 hours, spun on warm 50 percent BRB80 sucrose cushion and resuspended in warm BRB80 buffer.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1467 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 39.55 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 47000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 24621
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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