+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34813 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of transforming growth factor beta induced protein (TGFBIp) G623R fibril | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Pathological fibrils / TGFBI related corneal dystrophy / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cell adhesion / extracellular matrix binding / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / chondrocyte differentiation / cell adhesion molecule binding / collagen binding / visual perception / extracellular matrix / extracellular matrix organization ...negative regulation of cell adhesion / extracellular matrix binding / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / chondrocyte differentiation / cell adhesion molecule binding / collagen binding / visual perception / extracellular matrix / extracellular matrix organization / trans-Golgi network / integrin binding / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / cell population proliferation / cell adhesion / Amyloid fiber formation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Low JYK / Pervushin K | |||||||||
資金援助 | シンガポール, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023 タイトル: Release of frustration drives corneal amyloid disaggregation by brain chaperone. 著者: Jia Yi Kimberly Low / Xiangyan Shi / Venkatraman Anandalakshmi / Dawn Neo / Gary Swee Lim Peh / Siew Kwan Koh / Lei Zhou / M K Abdul Rahim / Ketti Boo / JiaXuan Lee / Harini Mohanram / Reema ...著者: Jia Yi Kimberly Low / Xiangyan Shi / Venkatraman Anandalakshmi / Dawn Neo / Gary Swee Lim Peh / Siew Kwan Koh / Lei Zhou / M K Abdul Rahim / Ketti Boo / JiaXuan Lee / Harini Mohanram / Reema Alag / Yuguang Mu / Jodhbir S Mehta / Konstantin Pervushin / 要旨: TGFBI-related corneal dystrophy (CD) is characterized by the accumulation of insoluble protein deposits in the corneal tissues, eventually leading to progressive corneal opacity. Here we show that ...TGFBI-related corneal dystrophy (CD) is characterized by the accumulation of insoluble protein deposits in the corneal tissues, eventually leading to progressive corneal opacity. Here we show that ATP-independent amyloid-β chaperone L-PGDS can effectively disaggregate corneal amyloids in surgically excised human cornea of TGFBI-CD patients and release trapped amyloid hallmark proteins. Since the mechanism of amyloid disassembly by ATP-independent chaperones is unknown, we reconstructed atomic models of the amyloids self-assembled from TGFBIp-derived peptides and their complex with L-PGDS using cryo-EM and NMR. We show that L-PGDS specifically recognizes structurally frustrated regions in the amyloids and releases those frustrations. The released free energy increases the chaperone's binding affinity to amyloids, resulting in local restructuring and breakage of amyloids to protofibrils. Our mechanistic model provides insights into the alternative source of energy utilized by ATP-independent disaggregases and highlights the possibility of using these chaperones as treatment strategies for different types of amyloid-related diseases. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34813.map.gz | 3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-34813-v30.xml emd-34813.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34813.png | 44.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34813.cif.gz | 5 KB | ||
その他 | emd_34813_half_map_1.map.gz emd_34813_half_map_2.map.gz | 81 MB 81.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34813 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34813 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8hiaMC 8hgaC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34813.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34813_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34813_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Mutant of TGFBIp peptide derived from TGFBIp
全体 | 名称: Mutant of TGFBIp peptide derived from TGFBIp |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Mutant of TGFBIp peptide derived from TGFBIp
超分子 | 名称: Mutant of TGFBIp peptide derived from TGFBIp / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 21.43 kDa/nm |
-分子 #1: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3
分子 | 名称: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 2.547922 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: EPVAEPDIMA TNRVVHVITN VLQ UniProtKB: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20mM TRIS |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 8.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.75 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -179.4 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 48522 |
---|---|
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Featureless cylinder |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |