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- EMDB-34809: Streptococcus thermophilus Cas1-Cas2- prespacer ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34809
タイトルStreptococcus thermophilus Cas1-Cas2- prespacer ternary complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Streptococcus thermophilus Cas1-Cas2- prespacer ternary complex
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas1
    • タンパク質・ペプチド: Type I-E CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
    • DNA: DNA (26-MER)
    • DNA: DNA (31-MER)
キーワードCRISPR / cas / adaptation / IMMUNE SYSTEM
生物種Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) / Phage #D (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Chen Q / Luo Y
資金援助 中国, 8件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32270761 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31741027 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81672722 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC2303700 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA301900 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32222040 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070049 中国
Other government2022M712272 中国
引用ジャーナル: Innovation (Camb) / 年: 2023
タイトル: DnaQ mediates directional spacer acquisition in the CRISPR-Cas system by a time-dependent mechanism.
著者: Dongmei Tang / Tingting Jia / Yongbo Luo / Biqin Mou / Jie Cheng / Shiqian Qi / Shaohua Yao / Zhaoming Su / Yamei Yu / Qiang Chen /
要旨: In the spacer acquisition stage of CRISPR-Cas immunity, spacer orientation and protospacer adjacent motif (PAM) removal are two prerequisites for functional spacer integration. Cas4 has been ...In the spacer acquisition stage of CRISPR-Cas immunity, spacer orientation and protospacer adjacent motif (PAM) removal are two prerequisites for functional spacer integration. Cas4 has been implicated in both processing the prespacer and determining the spacer orientation. In Cas4-lacking systems, host 3'-5' DnaQ family exonucleases were recently reported to play a Cas4-like role. However, the molecular details of DnaQ functions remain elusive. Here, we characterized the spacer acquisition of the adaptation module of the type I-E system, in which a DnaQ domain naturally fuses with Cas2. We presented X-ray crystal structures and cryo-electron microscopy structures of this adaptation module. Our biochemical data showed that DnaQ trimmed PAM-containing and PAM-deficient overhangs with different efficiencies. Based on these results, we proposed a time-dependent model for DnaQ-mediated spacer acquisition to elucidate PAM removal and spacer orientation determination in Cas4-lacking CRISPR-Cas systems.
履歴
登録2022年11月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月13日-
マップ公開2023年9月13日-
更新2023年9月20日-
現状2023年9月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34809.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34809.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.282
最小 - 最大-3.214951 - 4.064062
平均 (標準偏差)0.00068607647 (±0.101702675)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34809_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34809_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Streptococcus thermophilus Cas1-Cas2- prespacer ternary complex

全体名称: Streptococcus thermophilus Cas1-Cas2- prespacer ternary complex
要素
  • 複合体: Streptococcus thermophilus Cas1-Cas2- prespacer ternary complex
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated endonuclease Cas1
    • タンパク質・ペプチド: Type I-E CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
    • DNA: DNA (26-MER)
    • DNA: DNA (31-MER)

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超分子 #1: Streptococcus thermophilus Cas1-Cas2- prespacer ternary complex

超分子名称: Streptococcus thermophilus Cas1-Cas2- prespacer ternary complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)

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分子 #1: CRISPR-associated endonuclease Cas1

分子名称: CRISPR-associated endonuclease Cas1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: WP_024704118.1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
分子量理論値: 35.54957 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GASGSMVEKN GAKKTSLREL PKISDRVSFI YVEHAKINRV DSAITVLDSR GTVRIPAAMI GVLLLGPGTD ISHRAVELIG DTGTSMVWV GERGVRQYAH GRSLAHSTKF LEKQAKLVSN SRLRLAVARK MYQMRFPDED VSAMTMQQLR GREGARVRRV Y RLQSEKYQ ...文字列:
GASGSMVEKN GAKKTSLREL PKISDRVSFI YVEHAKINRV DSAITVLDSR GTVRIPAAMI GVLLLGPGTD ISHRAVELIG DTGTSMVWV GERGVRQYAH GRSLAHSTKF LEKQAKLVSN SRLRLAVARK MYQMRFPDED VSAMTMQQLR GREGARVRRV Y RLQSEKYQ VSWTKREYNP DDFEGGDIVN QALSAANVAL YGLVHSIVIA LGASPGLGFV HTGHDLSFIY DIADLYKAEL TI PLAFEIA ANFTEIDDIG KIARQKVRDS FVDGKLIVRI VQDIQYLFDL DDDEELLVDT LSLWDDKDML VKHGVSYKEE L

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分子 #2: Type I-E CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

分子名称: Type I-E CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: WP_024704117.1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus DGCC 7710 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
分子量理論値: 13.94086 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MPFTVVTLKS VPPSLRGDLT KWMQEIAIGV YVGNFNSRIR EKLWNRIQAN VGEGEATISY YYRNEIGYQF DMINSQKSVV DFDGIPLVL IPNSKTSSEN YPKLGYSNAA KSRKIKRYSS YRG

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分子 #3: DNA (26-MER)

分子名称: DNA (26-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Phage #D (ファージ)
分子量理論値: 11.741589 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA) (DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT) (DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)

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分子 #4: DNA (31-MER)

分子名称: DNA (31-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Phage #D (ファージ)
分子量理論値: 11.708511 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT) (DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.741 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.465 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.213 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 188628
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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