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万見
- EMDB-34744: The EGF-bound EGFR/HER2 ectodomain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34744
タイトルThe EGF-bound EGFR/HER2 ectodomain complex
マップデータ
試料
  • 複合体: EGF-bound EGFR/HER2 ectodomain complex
    • タンパク質・ペプチド: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
    • タンパク質・ペプチド: Epidermal growth factor receptor
    • タンパク質・ペプチド: Epidermal growth factor
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of secretion / negative regulation of cholesterol efflux / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / cerebellar granule cell precursor proliferation / immature T cell proliferation in thymus ...negative regulation of secretion / negative regulation of cholesterol efflux / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / cerebellar granule cell precursor proliferation / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / positive regulation of epithelial tube formation / positive regulation of protein localization to early endosome / regulation of calcium ion import / regulation of protein localization to cell surface / semaphorin receptor complex / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / ErbB-3 class receptor binding / regulation of microtubule-based process / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / motor neuron axon guidance / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of protein kinase C activity / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / ovulation cycle / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / epidermal growth factor binding / response to UV-A / tongue development / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / PLCG1 events in ERBB2 signaling / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / midgut development / hydrogen peroxide metabolic process / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / ERBB2-EGFR signaling pathway / epidermal growth factor receptor binding / PTK6 promotes HIF1A stabilization / digestive tract morphogenesis / positive regulation of Rho protein signal transduction / morphogenesis of an epithelial fold / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / branching morphogenesis of an epithelial tube / neuromuscular junction development / positive regulation of DNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / intracellular vesicle / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / Signaling by EGFR / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein tyrosine kinase activator activity / response to cobalamin / Signaling by ERBB4 / eyelid development in camera-type eye / protein insertion into membrane / positive regulation of receptor internalization / oligodendrocyte differentiation / cerebral cortex cell migration / ERBB2 Regulates Cell Motility / regulation of JNK cascade / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / semaphorin-plexin signaling pathway / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of mitotic cell cycle / MAP kinase kinase kinase activity / hair follicle development / positive regulation of protein targeting to membrane / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / mammary gland alveolus development / embryonic placenta development / positive regulation of bone resorption / GAB1 signalosome / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of angiogenesis / salivary gland morphogenesis / coreceptor activity / Schwann cell development / peptidyl-tyrosine autophosphorylation
類似検索 - 分子機能
Pro-epidermal growth factor / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / : / Calcium-binding EGF domain / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment ...Pro-epidermal growth factor / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / : / Calcium-binding EGF domain / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / EGF-like domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Epidermal growth factor receptor / Pro-epidermal growth factor / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Zhang Z / Bai X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171201 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Structure and dynamics of the EGFR/HER2 heterodimer.
著者: Xue Bai / Pengyu Sun / Xinghao Wang / Changkun Long / Shuyun Liao / Song Dang / Shangshang Zhuang / Yongtao Du / Xinyi Zhang / Nan Li / Kangmin He / Zhe Zhang /
要旨: HER2 belongs to the human epidermal growth factor receptor tyrosine kinase family. Its overexpression or hyperactivation is a leading cause for multiple types of cancers. HER2 functions mainly ...HER2 belongs to the human epidermal growth factor receptor tyrosine kinase family. Its overexpression or hyperactivation is a leading cause for multiple types of cancers. HER2 functions mainly through dimerization with other family members, such as EGFR. However, the molecular details for heterodimer assembly have not been completely understood. Here, we report cryo-EM structures of the EGF- and epiregulin-bound EGFR/HER2 ectodomain complexes at resolutions of 3.3 Å and 4.5 Å, respectively. Together with the functional analyses, we demonstrate that only the dimerization arm of HER2, but not that of EGFR, is essential for their heterodimer formation and signal transduction. Moreover, we analyze the differential membrane dynamics and transient interactions of endogenous EGFR and HER2 molecules in genome-edited cells using single-molecule live-cell imaging. Furthermore, we show that the interaction with HER2 could allow EGFR to resist endocytosis. Together, this work deepens our understanding of the unique structural properties and dynamics of the EGFR/HER2 complex.
履歴
登録2022年11月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2023年3月1日-
現状2023年3月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34744.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34744.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 410.88 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 410.88 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 410.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0017529412 - 1.961597
平均 (標準偏差)0.00030572535 (±0.012938216)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 410.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34744_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34744_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : EGF-bound EGFR/HER2 ectodomain complex

全体名称: EGF-bound EGFR/HER2 ectodomain complex
要素
  • 複合体: EGF-bound EGFR/HER2 ectodomain complex
    • タンパク質・ペプチド: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
    • タンパク質・ペプチド: Epidermal growth factor receptor
    • タンパク質・ペプチド: Epidermal growth factor
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: EGF-bound EGFR/HER2 ectodomain complex

超分子名称: EGF-bound EGFR/HER2 ectodomain complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2

分子名称: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.149758 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MELAALCRWG LLLALLPPGA ASTQVCTGTD MKLRLPASPE THLDMLRHLY QGCQVVQGNL ELTYLPTNAS LSFLQDIQEV QGYVLIAHN QVRQVPLQRL RIVRGTQLFE DNYALAVLDN GDPLNNTTPV TGASPGGLRE LQLRSLTEIL KGGVLIQRNP Q LCYQDTIL ...文字列:
MELAALCRWG LLLALLPPGA ASTQVCTGTD MKLRLPASPE THLDMLRHLY QGCQVVQGNL ELTYLPTNAS LSFLQDIQEV QGYVLIAHN QVRQVPLQRL RIVRGTQLFE DNYALAVLDN GDPLNNTTPV TGASPGGLRE LQLRSLTEIL KGGVLIQRNP Q LCYQDTIL WKDIFHKNNQ LALTLIDTNR SRACHPCSPM CKGSRCWGES SEDCQSLTRT VCAGGCARCK GPLPTDCCHE QC AAGCTGP KHSDCLACLH FNHSGICELH CPALVTYNTD TFESMPNPEG RYTFGASCVT ACPYNYLSTD VGSCTLVCPL HNQ EVTAED GTQRCEKCSK PCARVCYGLG MEHLREVRAV TSANIQEFAG CKKIFGSLAF LPESFDGDPA SNTAPLQPEQ LQVF ETLEE ITGYLYISAW PDSLPDLSVF QNLQVIRGRI LHNGAYSLTL QGLGISWLGL RSLRELGSGL ALIHHNTHLC FVHTV PWDQ LFRNPHQALL HTANRPEDEC VGEGLACHQL CARGHCWGPG PTQCVNCSQF LRGQECVEEC RVLQGLPREY VNARHC LPC HPECQPQNGS VTCFGPEADQ CVACAHYKDP PFCVARCPSG VKPDLSYMPI WKFPDEEGAC QPCPINCTHS CVDLDDK GC PAEQRASPLT SIISAVVGIL LVVVLGVVFG ILIKRRQQKI RKYTMRRLLQ EGGSENLYFQ GGGSAQLEKE LQALEKEN A QLEWELQALE KELAQSNSLE VLFQ

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分子 #2: Epidermal growth factor receptor

分子名称: Epidermal growth factor receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 81.075297 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRPSGTAGAA LLALLAALCP ASRALEEKKV CQGTSNKLTQ LGTFEDHFLS LQRMFNNCEV VLGNLEITYV QRNYDLSFLK TIQEVAGYV LIALNTVERI PLENLQIIRG NMYYENSYAL AVLSNYDANK TGLKELPMRN LQEILHGAVR FSNNPALCNV E SIQWRDIV ...文字列:
MRPSGTAGAA LLALLAALCP ASRALEEKKV CQGTSNKLTQ LGTFEDHFLS LQRMFNNCEV VLGNLEITYV QRNYDLSFLK TIQEVAGYV LIALNTVERI PLENLQIIRG NMYYENSYAL AVLSNYDANK TGLKELPMRN LQEILHGAVR FSNNPALCNV E SIQWRDIV SSDFLSNMSM DFQNHLGSCQ KCDPSCPNGS CWGAGEENCQ KLTKIICAQQ CSGRCRGKSP SDCCHNQCAA GC TGPRESD CLVCRKFRDE ATCKDTCPPL MLYNPTTYQM DVNPEGKYSF GATCVKKCPR NYVVTDHGSC VRACGADSYE MEE DGVRKC KKCEGPCRKV CNGIGIGEFK DSLSINATNI KHFKNCTSIS GDLHILPVAF RGDSFTHTPP LDPQELDILK TVKE ITGFL LIQAWPENRT DLHAFENLEI IRGRTKQHGQ FSLAVVSLNI TSLGLRSLKE ISDGDVIISG NKNLCYANTI NWKKL FGTS GQKTKIISNR GENSCKATGQ VCHALCSPEG CWGPEPRDCV SCRNVSRGRE CVDKCNLLEG EPREFVENSE CIQCHP ECL PQAMNITCTG RGPDNCIQCA HYIDGPHCVK TCPAGVMGEN NTLVWKYADA GHVCHLCHPN CTYGCTGPGL EGCPTNG PK IPSIATGMVG ALLLLLVVAL GIGLFMRRRH IVRKRTLRRL LGGSENLYFQ GGGSAAQLKK KLQALKKKNA QLKWKLQA L KKKLAQSNSL EVLFQ

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分子 #3: Epidermal growth factor

分子名称: Epidermal growth factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.555376 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GPTANSDSEC PLSHDGYCLH DGVCMYIEAL DKYACNCVVG YIGERCQYRD LKWWELR

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25mM Hepes, 150mM NaCl, 0.02%DDM-0.002%CHS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 207092
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8hgo:
The EGF-bound EGFR/HER2 ectodomain complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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