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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34741 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 spike in complex with neutralizing antibody NIV-11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | 0.0658 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Moriyama S / Anraku Y / Muranishi S / Adachi Y / Kuroda D / Higuchi Y / Kotaki R / Tonouchi K / Yumoto K / Suzuki T ...Moriyama S / Anraku Y / Muranishi S / Adachi Y / Kuroda D / Higuchi Y / Kotaki R / Tonouchi K / Yumoto K / Suzuki T / Kita S / Someya T / Fukuhara H / Kuroda Y / Yamamoto T / Onodera T / Fukushi S / Maeda K / Nakamura-Uchiyama F / Hashiguchi T / Hoshino A / Maenaka K / Takahashi Y | |||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 10件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural delineation and computational design of SARS-CoV-2-neutralizing antibodies against Omicron subvariants. 著者: Saya Moriyama / Yuki Anraku / Shunta Taminishi / Yu Adachi / Daisuke Kuroda / Shunsuke Kita / Yusuke Higuchi / Yuhei Kirita / Ryutaro Kotaki / Keisuke Tonouchi / Kohei Yumoto / Tateki Suzuki ...著者: Saya Moriyama / Yuki Anraku / Shunta Taminishi / Yu Adachi / Daisuke Kuroda / Shunsuke Kita / Yusuke Higuchi / Yuhei Kirita / Ryutaro Kotaki / Keisuke Tonouchi / Kohei Yumoto / Tateki Suzuki / Taiyou Someya / Hideo Fukuhara / Yudai Kuroda / Tsukasa Yamamoto / Taishi Onodera / Shuetsu Fukushi / Ken Maeda / Fukumi Nakamura-Uchiyama / Takao Hashiguchi / Atsushi Hoshino / Katsumi Maenaka / Yoshimasa Takahashi / 要旨: SARS-CoV-2 Omicron subvariants have evolved to evade receptor-binding site (RBS) antibodies that exist in diverse individuals as public antibody clones. We rationally selected RBS antibodies ...SARS-CoV-2 Omicron subvariants have evolved to evade receptor-binding site (RBS) antibodies that exist in diverse individuals as public antibody clones. We rationally selected RBS antibodies resilient to mutations in emerging Omicron subvariants. Y489 was identified as a site of virus vulnerability and a common footprint of broadly neutralizing antibodies against the subvariants. Multiple Y489-binding antibodies were encoded by public clonotypes and additionally recognized F486, potentially accounting for the emergence of Omicron subvariants harboring the F486V mutation. However, a subclass of antibodies broadly neutralized BA.4/BA.5 variants via hydrophobic binding sites of rare clonotypes along with high mutation-resilience under escape mutation screening. A computationally designed antibody based on one of the Y489-binding antibodies, NIV-10/FD03, was able to bind XBB with any 486 mutation and neutralized XBB.1.5. The structural basis for the mutation-resilience of this Y489-binding antibody group may provide important insights into the design of therapeutics resistant to viral escape. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34741.map.gz | 108.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34741-v30.xml emd-34741.xml | 27 KB 27 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34741_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34741.png | 75 KB | ||
マスクデータ | emd_34741_msk_1.map | 216 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-34741.cif.gz | 8.2 KB | ||
その他 | emd_34741_half_map_1.map.gz emd_34741_half_map_2.map.gz | 200.7 MB 200.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34741 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34741 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34741_validation.pdf.gz | 884 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34741_full_validation.pdf.gz | 883.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34741_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34741_validation.cif.gz | 27.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34741 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34741 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34741.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 0.0658 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.173 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_34741_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 0.147
ファイル | emd_34741_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | 0.147 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 0.147
ファイル | emd_34741_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | 0.147 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-COV-2 spike glycoprotein in complex with NIV-11
全体 | 名称: SARS-COV-2 spike glycoprotein in complex with NIV-11 |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-COV-2 spike glycoprotein in complex with NIV-11
超分子 | 名称: SARS-COV-2 spike glycoprotein in complex with NIV-11 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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分子量 | 理論値: 570 KDa |
-超分子 #2: SARS-CoV-2 spike glycoprotein
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 420 KDa |
-超分子 #3: NIV-11 Fab
超分子 | 名称: NIV-11 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 50 KDa |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 142.427438 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSPIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGPALQIPFP MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STPSALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGRSLEVLF QGPGHHHHHH HHSAWSHPQF EKGGGSGGGG SGGSA WSHP QFEK UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #2: NIV-11 Fab heavy chain
分子 | 名称: NIV-11 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.753709 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QLVQSGPEVK KPGTSVKVSC KASGFTFYYS AVQWVRQARG QRLEWLGWMA VGSGKANYAQ KFQERLTLTR DMSTSTAYME LSSLRSEDT AVYYCAAPNC TGGSCYDGFN LWGQGTVVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列: QLVQSGPEVK KPGTSVKVSC KASGFTFYYS AVQWVRQARG QRLEWLGWMA VGSGKANYAQ KFQERLTLTR DMSTSTAYME LSSLRSEDT AVYYCAAPNC TGGSCYDGFN LWGQGTVVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKS |
-分子 #3: NIV-11 Fab light chain
分子 | 名称: NIV-11 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.555137 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGDRAI LSCRASQTVN SNYLAWYQQK PGQAPRLLIY GTSSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGSSPWLF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGDRAI LSCRASQTVN SNYLAWYQQK PGQAPRLLIY GTSSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGSSPWLF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 36 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: octyl-maltoside, fluorinated solution was added to PBS solution to a final concentration of 0.03% |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blotting time 5 s and blotting force 5.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 5170 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 51.41 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |