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- EMDB-34740: Toxascaris leonina galectin (Tl-gal) and Human T-cell immunoglobu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34740
タイトルToxascaris leonina galectin (Tl-gal) and Human T-cell immunoglobulin mucin-3 (Tim3) complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Toxascaris leonina galectin (Tl-gal) and Human T-cell immunoglobulin mucin-3 (Tim3) complex
    • 複合体: Galectin
      • タンパク質・ペプチド: Galectin
    • 複合体: Hepatitis A virus cellular receptor 2
      • タンパク質・ペプチド: Hepatitis A virus cellular receptor 2
キーワードTl-gal / T-cell immunoglobulin mucin-3 / Tim3 / complex / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of tolerance induction dependent upon immune response / negative regulation of interleukin-3 production / negative regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / Interleukin-2 family signaling / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of defense response to bacterium / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / toll-like receptor 7 signaling pathway ...regulation of tolerance induction dependent upon immune response / negative regulation of interleukin-3 production / negative regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / Interleukin-2 family signaling / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of defense response to bacterium / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / toll-like receptor 7 signaling pathway / natural killer cell tolerance induction / negative regulation of natural killer cell activation / positive regulation of defense response to bacterium / negative regulation of immunological synapse formation / positive regulation of interleukin-1 production / toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / galactoside binding / toll-like receptor 9 signaling pathway / mediator complex / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of macrophage activation / anchoring junction / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of interleukin-4 production / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / immunological synapse / maternal process involved in female pregnancy / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of chemokine production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of type II interferon production / carbohydrate binding / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / membrane raft / negative regulation of gene expression / innate immune response / regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin subtype ...Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Galectin / Hepatitis A virus cellular receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Toxascaris leonina (ゆうえんかいちゅう) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.82 Å
データ登録者Han CW / Jang SB
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Toxascaris leonina galectin (Tl-gal) and Human T-cell immunoglobulin mucin-3 (Tim3) complex
著者: Han CW / Jang SB
履歴
登録2022年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月22日-
マップ公開2023年11月22日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34740.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34740.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 638.7 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.144 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.23
最小 - 最大-9.020200000000001 - 7.463511
平均 (標準偏差)0.8041014 (±2.0210288)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin-22-37-18
サイズ597139
Spacing395971
セルA: 44.616 Å / B: 67.496 Å / C: 81.22401 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_34740_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34740_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34740_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Toxascaris leonina galectin (Tl-gal) and Human T-cell immunoglobu...

全体名称: Toxascaris leonina galectin (Tl-gal) and Human T-cell immunoglobulin mucin-3 (Tim3) complex
要素
  • 複合体: Toxascaris leonina galectin (Tl-gal) and Human T-cell immunoglobulin mucin-3 (Tim3) complex
    • 複合体: Galectin
      • タンパク質・ペプチド: Galectin
    • 複合体: Hepatitis A virus cellular receptor 2
      • タンパク質・ペプチド: Hepatitis A virus cellular receptor 2

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超分子 #1: Toxascaris leonina galectin (Tl-gal) and Human T-cell immunoglobu...

超分子名称: Toxascaris leonina galectin (Tl-gal) and Human T-cell immunoglobulin mucin-3 (Tim3) complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 480 KDa

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超分子 #2: Galectin

超分子名称: Galectin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Toxascaris leonina (ゆうえんかいちゅう)

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超分子 #3: Hepatitis A virus cellular receptor 2

超分子名称: Hepatitis A virus cellular receptor 2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Galectin

分子名称: Galectin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxascaris leonina (ゆうえんかいちゅう)
分子量理論値: 31.495289 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MATETNYPVP YRSKLTEPFE PGQTLIIKGK TAEDSVRFTI NLHNTSADFS GNDVPLHISV RFDEGKIVFN TFSKGEWGKE ERKSNPYKK GDDIDIRIRA HDSKFSISVD QKEVKEYEHR VPLSSVTHFS VDGDILITYI HWGGKYYPVP YESGLAGDGL A PGKSLLIF ...文字列:
MATETNYPVP YRSKLTEPFE PGQTLIIKGK TAEDSVRFTI NLHNTSADFS GNDVPLHISV RFDEGKIVFN TFSKGEWGKE ERKSNPYKK GDDIDIRIRA HDSKFSISVD QKEVKEYEHR VPLSSVTHFS VDGDILITYI HWGGKYYPVP YESGLAGDGL A PGKSLLIF ATPEKKGKRF HINLLKKNGD IALHFNPRFD EKAIVRNSLI SGEWGNEERE GKNPLEKGIG CDLEFRNEEY AF QIYVDGE RFATYAHRLD PHDINGLQIG GDVEVTGIQM V

UniProtKB: Galectin

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分子 #2: Hepatitis A virus cellular receptor 2

分子名称: Hepatitis A virus cellular receptor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.08181 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
VEYRAEVGQN AYLPCFYTPA APGNLVPVCW GKGACPVFEC GNVVLRTDER DVNYWTSRYW LNGDFRKGDV SLTIENVTLA DSGIYCCRI QIPGIMNDEK FNLKLVIK

UniProtKB: Hepatitis A virus cellular receptor 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 39.99 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -3.0 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5glv


詳細: Tl-gal
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 946426
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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