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- EMDB-34728: SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike protein receptor-binding domain in ... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34728
タイトルSARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike protein receptor-binding domain in complex with white-tailed deer ACE2
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike protein receptor-binding domain in complex with white-tailed deer ACE2
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION
キーワードComplex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / metallopeptidase activity / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / extracellular space / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. ...Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensin-converting enzyme / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Odocoileus virginianus texanus (オジロジカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Han P / Meng YM / Qi JX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32192452 中国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2023
タイトル: Structural basis of white-tailed deer, , ACE2 recognizing all the SARS-CoV-2 variants of concern with high affinity.
著者: Pu Han / Yumin Meng / Di Zhang / Zepeng Xu / Zhiyuan Li / Xiaoqian Pan / Zhennan Zhao / Linjie Li / Lingfeng Tang / Jianxun Qi / Kefang Liu / George F Gao /
要旨: SARS-CoV-2 has been expanding its host range, among which the white-tailed deer (WTD), became the first wildlife species infected on a large scale and might serve as a host reservoir for variants of ...SARS-CoV-2 has been expanding its host range, among which the white-tailed deer (WTD), became the first wildlife species infected on a large scale and might serve as a host reservoir for variants of concern (VOCs) in case no longer circulating in humans. In this study, we comprehensively assessed the binding of the WTD angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor to the spike (S) receptor-binding domains (RBDs) from the SARS-CoV-2 prototype (PT) strain and multiple variants. We found that WTD ACE2 could be broadly recognized by all of the tested RBDs. We further determined the complex structures of WTD ACE2 with PT, Omicron BA.1, and BA.4/5 S trimer. Detailed structural comparison revealed the important roles of RBD residues on 486, 498, and 501 sites for WTD ACE2 binding. This study deepens our understanding of the interspecies transmission mechanisms of SARS-CoV-2 and further addresses the importance of constant monitoring on SARS-CoV-2 infections in wild animals. IMPORTANCE Even if we manage to eliminate the virus among humans, it will still circulate among wildlife and continuously be transmitted back to humans. A recent study indicated that WTD may serve as reservoir for nearly extinct SARS-CoV-2 strains. Therefore, it is critical to evaluate the binding abilities of SARS-CoV-2 variants to the WTD ACE2 receptor and elucidate the molecular mechanisms of binding of the RBDs to assess the risk of spillback events.
履歴
登録2022年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月30日-
マップ公開2023年8月30日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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添付画像

emd_34728.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34728.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 448 pix.
= 380.8 Å		0.85 Å/pix.
x 448 pix.
= 380.8 Å		0.85 Å/pix.
x 448 pix.
= 380.8 Å

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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
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最小 - 最大-1.839853 - 5.791226
平均 (標準偏差)0.0011786217 (±0.04215315)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 380.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34728_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34728_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike protein receptor-binding domain in ...

全体名称: SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike protein receptor-binding domain in complex with white-tailed deer ACE2
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike protein receptor-binding domain in complex with white-tailed deer ACE2
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike protein receptor-binding domain in ...

超分子名称: SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike protein receptor-binding domain in complex with white-tailed deer ACE2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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分子 #1: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 22.06992 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TNLCPFDEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNLA PFFTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGNIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNKL DSKVSGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGNKPCN GVAGFNCYFP L RSYSFRPT ...文字列:
TNLCPFDEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNLA PFFTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGNIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNKL DSKVSGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGNKPCN GVAGFNCYFP L RSYSFRPT YGVGHQPYRV VVLSFELLHA PATVCG

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: Angiotensin-converting enzyme

分子名称: Angiotensin-converting enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
由来(天然)生物種: Odocoileus virginianus texanus (オジロジカ)
分子量理論値: 69.53018 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: STTEEQAKTF LEKFNHEAED LSYQSSLASW NYNTNITDEN VQKMNEARAK WSAFYEEQSR MAKTYSLEEI QNLTLKRQLK ALQQSGTSV LSAEKSKRLN TILNTMSTIY STGKVLDPNT QECLALEPGL DDIMENSRDY NRRLWAWEGW RAEVGKQLRP L YEEYVVLE ...文字列:
STTEEQAKTF LEKFNHEAED LSYQSSLASW NYNTNITDEN VQKMNEARAK WSAFYEEQSR MAKTYSLEEI QNLTLKRQLK ALQQSGTSV LSAEKSKRLN TILNTMSTIY STGKVLDPNT QECLALEPGL DDIMENSRDY NRRLWAWEGW RAEVGKQLRP L YEEYVVLE NEMARANNYE DYGDYWRGDY EVTEAGDYDY SRDQLMKDVE NTFAEIKPLY EQLHAYVRAK LMDTYPSYIS PT GCLPAHL LGDMWGRFWT NLYSLTVPFK HKPSIDVTEK MKNQSWDAER IFKEAEKFFV SISLPHMTQG FWDNSMLTEP GDG RKVVCH PTAWDLGKGD FRIKMCTKVT MDDFLTAHHE MGHIQYDMAY AAQPYLLRDG ANEGFHEAVG EIMSLSAATP HYLK ALGLL EPDFYEDNET EINFLLKQAL TIVGTLPFTY MLEKWRWMVF KGEIPKEQWM EKWWEMKREI VGVVEPLPHD ETYCD PACL FHVAEDYSFI RYYTRTIYQF QFHEALCKTA NHEGALFKCD ISNSTEAGQR LLQMLSLGKS EPWTLALESI VGIKTM DVK PLLNYFEPLF TWLKEQNRNS FVGWSTEWTP YS

UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 172986
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8hfy:
SARS-CoV-2 Omicron BA.1 spike protein receptor-binding domain in complex with white-tailed deer ACE2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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