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- EMDB-34673: Structure of human SGLT2-MAP17 complex with Canagliflozin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34673
タイトルStructure of human SGLT2-MAP17 complex with Canagliflozin
マップデータ
試料
  • 複合体: Binary complex of Sodium/glucose cotransporter 2 with PDZK1-interacting protein 1.
    • タンパク質・ペプチド: Sodium/glucose cotransporter 2
    • タンパク質・ペプチド: PDZK1-interacting protein 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-2-[3-[[5-(4-fluorophenyl)thiophen-2-yl]methyl]-4-methyl-phenyl]-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water
キーワードIon transport / Sodium transport / Sugar transport / Symport / Transport / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


low-affinity glucose:sodium symporter activity / Defective SLC5A2 causes renal glucosuria (GLYS1) / alpha-glucoside transport / alpha-glucoside transmembrane transporter activity / glucose:sodium symporter activity / hexose transmembrane transport / D-glucose transmembrane transporter activity / Cellular hexose transport / renal glucose absorption / glucose import across plasma membrane ...low-affinity glucose:sodium symporter activity / Defective SLC5A2 causes renal glucosuria (GLYS1) / alpha-glucoside transport / alpha-glucoside transmembrane transporter activity / glucose:sodium symporter activity / hexose transmembrane transport / D-glucose transmembrane transporter activity / Cellular hexose transport / renal glucose absorption / glucose import across plasma membrane / sodium ion import across plasma membrane / sodium ion transport / carbohydrate metabolic process / apical plasma membrane / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PDZK1-interacting protein 1/SMIM24 / Membrane-associated protein 117 kDa, PDZK1-interacting protein 1 / Sodium:solute symporter family signature 2. / Sodium:solute symporter family signature 1. / Sodium/solute symporter, conserved site / Sodium/solute symporter / Sodium/glucose symporter superfamily / Sodium:solute symporter family / Sodium:solute symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium/glucose cotransporter 2 / PDZK1-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hiraizumi M / Kishida H / Miyaguchi I / Nureki O
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Transport and inhibition mechanism of the human SGLT2-MAP17 glucose transporter.
著者: Masahiro Hiraizumi / Tomoya Akashi / Kouta Murasaki / Hiroyuki Kishida / Taichi Kumanomidou / Nao Torimoto / Osamu Nureki / Ikuko Miyaguchi /
要旨: Sodium-glucose cotransporter 2 (SGLT2) is imporant in glucose reabsorption. SGLT2 inhibitors suppress renal glucose reabsorption, therefore reducing blood glucose levels in patients with type 2 ...Sodium-glucose cotransporter 2 (SGLT2) is imporant in glucose reabsorption. SGLT2 inhibitors suppress renal glucose reabsorption, therefore reducing blood glucose levels in patients with type 2 diabetes. We and others have developed several SGLT2 inhibitors starting from phlorizin, a natural product. Using cryo-electron microscopy, we present the structures of human (h)SGLT2-MAP17 complexed with five natural or synthetic inhibitors. The four synthetic inhibitors (including canagliflozin) bind the transporter in the outward conformations, while phlorizin binds it in the inward conformation. The phlorizin-hSGLT2 interaction exhibits biphasic kinetics, suggesting that phlorizin alternately binds to the extracellular and intracellular sides. The Na-bound outward-facing and unbound inward-open structures of hSGLT2-MAP17 suggest that the MAP17-associated bundle domain functions as a scaffold, with the hash domain rotating around the Na-binding site. Thus, Na binding stabilizes the outward-facing conformation, and its release promotes state transition to inward-open conformation, exhibiting a role of Na in symport mechanism. These results provide structural evidence for the Na-coupled alternating-access mechanism proposed for the transporter family.
履歴
登録2022年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月8日-
マップ公開2023年11月8日-
更新2024年2月7日-
現状2024年2月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34673.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34673.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0241
最小 - 最大-0.07275853 - 0.10229968
平均 (標準偏差)0.00042998782 (±0.005543524)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 120.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34673_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34673_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34673_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Binary complex of Sodium/glucose cotransporter 2 with PDZK1-inter...

全体名称: Binary complex of Sodium/glucose cotransporter 2 with PDZK1-interacting protein 1.
要素
  • 複合体: Binary complex of Sodium/glucose cotransporter 2 with PDZK1-interacting protein 1.
    • タンパク質・ペプチド: Sodium/glucose cotransporter 2
    • タンパク質・ペプチド: PDZK1-interacting protein 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-2-[3-[[5-(4-fluorophenyl)thiophen-2-yl]methyl]-4-methyl-phenyl]-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Binary complex of Sodium/glucose cotransporter 2 with PDZK1-inter...

超分子名称: Binary complex of Sodium/glucose cotransporter 2 with PDZK1-interacting protein 1.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Electrogenic Na+-coupled sugar simporter that actively transports D-glucose at the plasma membrane, with a Na+ to sugar coupling ratio of 1:1. Transporter activity is driven by a ...詳細: Electrogenic Na+-coupled sugar simporter that actively transports D-glucose at the plasma membrane, with a Na+ to sugar coupling ratio of 1:1. Transporter activity is driven by a transmembrane Na+ electrochemical gradient set by the Na+/K+ pump
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sodium/glucose cotransporter 2

分子名称: Sodium/glucose cotransporter 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 73.247703 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPGSMEEHTE AGSAPEMGAQ KALIDNPADI LVIAAYFLLV IGVGLWSMCR TNRGTVGGYF LAGRSMVWWP VGASLFASNI GSGHFVGLA GTGAASGLAV AGFEWNALFV VLLLGWLFAP VYLTAGVITM PQYLRKRFGG RRIRLYLSVL SLFLYIFTKI S VDMFSGAV ...文字列:
GPGSMEEHTE AGSAPEMGAQ KALIDNPADI LVIAAYFLLV IGVGLWSMCR TNRGTVGGYF LAGRSMVWWP VGASLFASNI GSGHFVGLA GTGAASGLAV AGFEWNALFV VLLLGWLFAP VYLTAGVITM PQYLRKRFGG RRIRLYLSVL SLFLYIFTKI S VDMFSGAV FIQQALGWNI YASVIALLGI TMIYTVTGGL AALMYTDTVQ TFVILGGACI LMGYAFHEVG GYSGLFDKYL GA ATSLTVS EDPAVGNISS FCYRPRPDSY HLLRHPVTGD LPWPALLLGL TIVSGWYWCS DQVIVQRCLA GKSLTHIKAG CIL CGYLKL TPMFLMVMPG MISRILYPDE VACVVPEVCR RVCGTEVGCS NIAYPRLVVK LMPNGLRGLM LAVMLAALMS SLAS IFNSS STLFTMDIYT RLRPRAGDRE LLLVGRLWVV FIVVVSVAWL PVVQAAQGGQ LFDYIQAVSS YLAPPVSAVF VLALF VPRV NEQGAFWGLI GGLLMGLARL IPEFSFGSGS CVQPSACPAF LCGVHYLYFA IVLFFCSGLL TLTVSLCTAP IPRKHL HRL VFSLRHSKEE REDLDADEQQ GSSLPVQNGC PESAMEMNEP QAPAPSLFRQ CLLWFCGMSR GGVGSPPPLT QEEAAAA AR RLEDISEDPS WARVVNLNAL LMMAVAVFLW GFYA

UniProtKB: Sodium/glucose cotransporter 2

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分子 #2: PDZK1-interacting protein 1

分子名称: PDZK1-interacting protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.235 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MSALSLLILG LLTAVPPASC QQGLGNLQPW MQGLIAVAVF LVLVAIAFAV NHFWCQEEPE PAHMILTVGN KADGVLVGTD GRYSSMAAS FRSSEHENAY ENVPEEEGKV RSTPM

UniProtKB: PDZK1-interacting protein 1

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #4: (2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-2-[3-[[5-(4-fluorophenyl)thiophen...

分子名称: (2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-2-[3-[[5-(4-fluorophenyl)thiophen-2-yl]methyl]-4-methyl-phenyl]-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: L3R
分子量理論値: 444.516 Da
Chemical component information

ChemComp-L3R:
(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-2-[3-[[5-(4-fluorophenyl)thiophen-2-yl]methyl]-4-methyl-phenyl]-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol / カナグリフロジン

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分子 #5: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 65919
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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