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- EMDB-34668: Cell divisome sPG hydrolysis machinery FtsEX-EnvC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34668
タイトルCell divisome sPG hydrolysis machinery FtsEX-EnvC
マップデータ
試料
  • 複合体: Bacterial divisom sPG hydrolysis machinery FtsEX-EnvC
    • タンパク質・ペプチド: Cell division ATP-binding protein FtsE
    • タンパク質・ペプチド: Cell division protein FtsX
    • タンパク質・ペプチド: Murein hydrolase activator EnvC
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードbacterial cell divison / divisome PG hydrolysis / ABC transporter / Regulator / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum / divisome complex / peptidoglycan-based cell wall biogenesis / Gram-negative-bacterium-type cell wall / septum digestion after cytokinesis / peptidoglycan turnover / plasma membrane protein complex / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / extrinsic component of membrane ...division septum / divisome complex / peptidoglycan-based cell wall biogenesis / Gram-negative-bacterium-type cell wall / septum digestion after cytokinesis / peptidoglycan turnover / plasma membrane protein complex / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / extrinsic component of membrane / cell division site / ATPase complex / positive regulation of cell division / transmembrane transporter activity / response to radiation / metalloendopeptidase activity / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / hydrolase activity / response to xenobiotic stimulus / cell division / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cell division protein FtsE, ATP-binding / Cell division protein FtsX / FtsX, extracellular domain / FtsX extracellular domain / : / ABC transporter, lipoprotein release, LolD / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif ...: / Cell division protein FtsE, ATP-binding / Cell division protein FtsX / FtsX, extracellular domain / FtsX extracellular domain / : / ABC transporter, lipoprotein release, LolD / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division ATP-binding protein FtsE / Cell division protein FtsX / Murein hydrolase activator EnvC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Zhang Z / Chen Y
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800052 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA093200 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insight into the septal peptidoglycan hydrolysis machinery of bacterial cell division
著者: Zhang Z / Dong H / Chen Y
履歴
登録2022年11月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月8日-
マップ公開2023年11月8日-
更新2023年11月8日-
現状2023年11月8日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34668.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34668.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 576 pix.
= 483.84 Å		0.84 Å/pix.
x 576 pix.
= 483.84 Å		0.84 Å/pix.
x 576 pix.
= 483.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-1.2753574 - 1.8677766
平均 (標準偏差)-0.00022232762 (±0.012467609)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ576576576
Spacing576576576
セルA=B=C: 483.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34668_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34668_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34668_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bacterial divisom sPG hydrolysis machinery FtsEX-EnvC

全体名称: Bacterial divisom sPG hydrolysis machinery FtsEX-EnvC
要素
  • 複合体: Bacterial divisom sPG hydrolysis machinery FtsEX-EnvC
    • タンパク質・ペプチド: Cell division ATP-binding protein FtsE
    • タンパク質・ペプチド: Cell division protein FtsX
    • タンパク質・ペプチド: Murein hydrolase activator EnvC
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Bacterial divisom sPG hydrolysis machinery FtsEX-EnvC

超分子名称: Bacterial divisom sPG hydrolysis machinery FtsEX-EnvC
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Bacterial cell division septal peptidoglycon hydrolysis mechinary complex FtsEX=EnvC
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MG1655
分子量理論値: 126 KDa

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分子 #1: Cell division ATP-binding protein FtsE

分子名称: Cell division ATP-binding protein FtsE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 24.475295 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MIRFEHVSKA YLGGRQALQG VTFHMQPGEM AFLTGHSGAG KSTLLKLICG IERPSAGKIW FSGHDITRLK NREVPFLRRQ IGMIFQDHH LLMDRTVYDN VAIPLIIAGA SGDDIRRRVS AALDKVGLLD KAKNFPIQLS GGEQQRVGIA RAVVNKPAVL L ADQPTGNL ...文字列:
MIRFEHVSKA YLGGRQALQG VTFHMQPGEM AFLTGHSGAG KSTLLKLICG IERPSAGKIW FSGHDITRLK NREVPFLRRQ IGMIFQDHH LLMDRTVYDN VAIPLIIAGA SGDDIRRRVS AALDKVGLLD KAKNFPIQLS GGEQQRVGIA RAVVNKPAVL L ADQPTGNL DDALSEGILR LFEEFNRVGV TVLMATHDIN LISRRSYRML TLSDGHLHGG VGHE

UniProtKB: Cell division ATP-binding protein FtsE

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分子 #2: Cell division protein FtsX

分子名称: Cell division protein FtsX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 38.5835 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNKRDAINHI RQFGGRLDRF RKSVGGSGDG GRNAPKRAKS SPKPVNRKTN VFNEQVRYAF HGALQDLKSK PFATFLTVMV IAISLTLPS VCYMVYKNVN QAATQYYPSP QITVYLQKTL DDDAAAGVVA QLQAEQGVEK VNYLSREDAL GEFRNWSGFG G ALDMLEEN ...文字列:
MNKRDAINHI RQFGGRLDRF RKSVGGSGDG GRNAPKRAKS SPKPVNRKTN VFNEQVRYAF HGALQDLKSK PFATFLTVMV IAISLTLPS VCYMVYKNVN QAATQYYPSP QITVYLQKTL DDDAAAGVVA QLQAEQGVEK VNYLSREDAL GEFRNWSGFG G ALDMLEEN PLPAVAVVIP KLDFQGTESL NTLRDRITQI NGIDEVRMDD SWFARLAALT GLVGRVSAMI GVLMVAAVFL VI GNSVRLS IFARRDSINV QKLIGATDGF ILRPFLYGGA LLGFSGALLS LILSEILVLR LSSAVAEVAQ VFGTKFDING LSF DECLLL LLVCSMIGWV AAWLATVQHL RHFTPE

UniProtKB: Cell division protein FtsX

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分子 #3: Murein hydrolase activator EnvC

分子名称: Murein hydrolase activator EnvC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 46.661617 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTRAVKPRRF AIRPIIYASV LSAGVLLCAF SAHADERDQL KSIQADIAAK ERAVRQKQQQ RASLLAQLKK QEEAISEATR KLRETQNTL NQLNKQIDEM NASIAKLEQQ KAAQERSLAA QLDAAFRQGE HTGIQLILSG EESQRGQRLQ AYFGYLNQAR Q ETIAQLKQ ...文字列:
MTRAVKPRRF AIRPIIYASV LSAGVLLCAF SAHADERDQL KSIQADIAAK ERAVRQKQQQ RASLLAQLKK QEEAISEATR KLRETQNTL NQLNKQIDEM NASIAKLEQQ KAAQERSLAA QLDAAFRQGE HTGIQLILSG EESQRGQRLQ AYFGYLNQAR Q ETIAQLKQ TREEVAMQRA ELEEKQSEQQ TLLYEQRAQQ AKLTQALNER KKTLAGLESS IQQGQQQLSE LRANESRLRN SI ARAEAAA KARAEREARE AQAVRDRQKE ATRKGTTYKP TESEKSLMSR TGGLGAPRGQ AFWPVRGPTL HRYGEQLQGE LRW KGMVIG ASEGTEVKAI ADGRVILADW LQGYGLVVVV EHGKGDMSLY GYNQSALVSV GSQVRAGQPI ALVGSSGGQG RPSL YFEIR RQGQAVNPQP WLGR

UniProtKB: Murein hydrolase activator EnvC

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分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成使用したクラス数: 30 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 1455436
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8hd0:
Cell divisome sPG hydrolysis machinery FtsEX-EnvC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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