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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cell divisome sPG hydrolysis machinery FtsEX-EnvC | |||||||||
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![]() | bacterial cell divison / divisome PG hydrolysis / ABC transporter / Regulator / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() division septum / divisome complex / peptidoglycan-based cell wall biogenesis / Gram-negative-bacterium-type cell wall / septum digestion after cytokinesis / peptidoglycan turnover / plasma membrane protein complex / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / extrinsic component of membrane ...division septum / divisome complex / peptidoglycan-based cell wall biogenesis / Gram-negative-bacterium-type cell wall / septum digestion after cytokinesis / peptidoglycan turnover / plasma membrane protein complex / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / extrinsic component of membrane / ATPase complex / cell division site / positive regulation of cell division / transmembrane transporter activity / response to radiation / transmembrane transport / metalloendopeptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / hydrolase activity / response to xenobiotic stimulus / cell cycle / cell division / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å | |||||||||
![]() | Zhang Z / Chen Y | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insight into the septal peptidoglycan hydrolysis machinery of bacterial cell division 著者: Zhang Z / Dong H / Chen Y | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 685 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 19 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 43.5 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 729 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 677.2 MB 677.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 709.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 709.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8hd0MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34668_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34668_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Bacterial divisom sPG hydrolysis machinery FtsEX-EnvC
全体 | 名称: Bacterial divisom sPG hydrolysis machinery FtsEX-EnvC |
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要素 |
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-超分子 #1: Bacterial divisom sPG hydrolysis machinery FtsEX-EnvC
超分子 | 名称: Bacterial divisom sPG hydrolysis machinery FtsEX-EnvC タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: Bacterial cell division septal peptidoglycon hydrolysis mechinary complex FtsEX=EnvC |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 126 KDa |
-分子 #1: Cell division ATP-binding protein FtsE
分子 | 名称: Cell division ATP-binding protein FtsE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 24.475295 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MIRFEHVSKA YLGGRQALQG VTFHMQPGEM AFLTGHSGAG KSTLLKLICG IERPSAGKIW FSGHDITRLK NREVPFLRRQ IGMIFQDHH LLMDRTVYDN VAIPLIIAGA SGDDIRRRVS AALDKVGLLD KAKNFPIQLS GGEQQRVGIA RAVVNKPAVL L ADQPTGNL ...文字列: MIRFEHVSKA YLGGRQALQG VTFHMQPGEM AFLTGHSGAG KSTLLKLICG IERPSAGKIW FSGHDITRLK NREVPFLRRQ IGMIFQDHH LLMDRTVYDN VAIPLIIAGA SGDDIRRRVS AALDKVGLLD KAKNFPIQLS GGEQQRVGIA RAVVNKPAVL L ADQPTGNL DDALSEGILR LFEEFNRVGV TVLMATHDIN LISRRSYRML TLSDGHLHGG VGHE UniProtKB: Cell division ATP-binding protein FtsE |
-分子 #2: Cell division protein FtsX
分子 | 名称: Cell division protein FtsX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 38.5835 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNKRDAINHI RQFGGRLDRF RKSVGGSGDG GRNAPKRAKS SPKPVNRKTN VFNEQVRYAF HGALQDLKSK PFATFLTVMV IAISLTLPS VCYMVYKNVN QAATQYYPSP QITVYLQKTL DDDAAAGVVA QLQAEQGVEK VNYLSREDAL GEFRNWSGFG G ALDMLEEN ...文字列: MNKRDAINHI RQFGGRLDRF RKSVGGSGDG GRNAPKRAKS SPKPVNRKTN VFNEQVRYAF HGALQDLKSK PFATFLTVMV IAISLTLPS VCYMVYKNVN QAATQYYPSP QITVYLQKTL DDDAAAGVVA QLQAEQGVEK VNYLSREDAL GEFRNWSGFG G ALDMLEEN PLPAVAVVIP KLDFQGTESL NTLRDRITQI NGIDEVRMDD SWFARLAALT GLVGRVSAMI GVLMVAAVFL VI GNSVRLS IFARRDSINV QKLIGATDGF ILRPFLYGGA LLGFSGALLS LILSEILVLR LSSAVAEVAQ VFGTKFDING LSF DECLLL LLVCSMIGWV AAWLATVQHL RHFTPE UniProtKB: Cell division protein FtsX |
-分子 #3: Murein hydrolase activator EnvC
分子 | 名称: Murein hydrolase activator EnvC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 46.661617 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTRAVKPRRF AIRPIIYASV LSAGVLLCAF SAHADERDQL KSIQADIAAK ERAVRQKQQQ RASLLAQLKK QEEAISEATR KLRETQNTL NQLNKQIDEM NASIAKLEQQ KAAQERSLAA QLDAAFRQGE HTGIQLILSG EESQRGQRLQ AYFGYLNQAR Q ETIAQLKQ ...文字列: MTRAVKPRRF AIRPIIYASV LSAGVLLCAF SAHADERDQL KSIQADIAAK ERAVRQKQQQ RASLLAQLKK QEEAISEATR KLRETQNTL NQLNKQIDEM NASIAKLEQQ KAAQERSLAA QLDAAFRQGE HTGIQLILSG EESQRGQRLQ AYFGYLNQAR Q ETIAQLKQ TREEVAMQRA ELEEKQSEQQ TLLYEQRAQQ AKLTQALNER KKTLAGLESS IQQGQQQLSE LRANESRLRN SI ARAEAAA KARAEREARE AQAVRDRQKE ATRKGTTYKP TESEKSLMSR TGGLGAPRGQ AFWPVRGPTL HRYGEQLQGE LRW KGMVIG ASEGTEVKAI ADGRVILADW LQGYGLVVVV EHGKGDMSLY GYNQSALVSV GSQVRAGQPI ALVGSSGGQG RPSL YFEIR RQGQAVNPQP WLGR UniProtKB: Murein hydrolase activator EnvC |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-8hd0: |