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万見
- EMDB-34607: NARROW LEAF 1-close from Japonica -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34607
タイトルNARROW LEAF 1-close from Japonica
マップデータElectron Microscopy Volume Map of Protein NARROW LEAF 1.
試料
  • 複合体: NARROW LEAF 1-close from Japonica
    • タンパク質・ペプチド: Protein NARROW LEAF 1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードRice / panicle shape / photosynthetic efficiency / auxin transport / SURFACTANT PROTEIN
機能・相同性stem vascular tissue pattern formation / internode patterning / regulation of leaf development / leaf vascular tissue pattern formation / Peptidase S1, PA clan / nucleoplasm / cytoplasm / Protein NARROW LEAF 1
機能・相同性情報
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Zhang SJ / He YJ / Wang N / Zhang WJ / Liu CM
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDA24020103-2 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NARROW LEAF 1-close from Japonica
著者: Zhang SJ / He YJ / Wang N / Zhang WJ / Liu CM
履歴
登録2022年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月1日-
マップ公開2024年5月1日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34607.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34607.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Electron Microscopy Volume Map of Protein NARROW LEAF 1.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 214.76 Å		1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 214.76 Å		1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 214.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0738 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.32
最小 - 最大-2.2660682 - 2.6409729
平均 (標準偏差)0.0012466637 (±0.107208274)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 214.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34607_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Electron Microscopy Half Map A of Protein NARROW LEAF 1.

ファイルemd_34607_half_map_1.map
注釈Electron Microscopy Half Map A of Protein NARROW LEAF 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Electron Microscopy Half Map B of Protein NARROW LEAF 1.

ファイルemd_34607_half_map_2.map
注釈Electron Microscopy Half Map B of Protein NARROW LEAF 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NARROW LEAF 1-close from Japonica

全体名称: NARROW LEAF 1-close from Japonica
要素
  • 複合体: NARROW LEAF 1-close from Japonica
    • タンパク質・ペプチド: Protein NARROW LEAF 1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: NARROW LEAF 1-close from Japonica

超分子名称: NARROW LEAF 1-close from Japonica / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ)
分子量理論値: 379.51 kDa/nm

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分子 #1: Protein NARROW LEAF 1

分子名称: Protein NARROW LEAF 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ)
分子量理論値: 63.317902 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKPSDDKAQL SGLAQSEESS LDVDHQSFPC SPSIQPVASG CTHTENSAAY FLWPTSNLQH CAAEGRANYF GNLQKGLLPR HPGRLPKGQ QANSLLDLMT IRAFHSKILR RFSLGTAVGF RIRKGDLTDI PAILVFVARK VHKKWLNPAQ CLPAILEGPG G VWCDVDVV ...文字列:
MKPSDDKAQL SGLAQSEESS LDVDHQSFPC SPSIQPVASG CTHTENSAAY FLWPTSNLQH CAAEGRANYF GNLQKGLLPR HPGRLPKGQ QANSLLDLMT IRAFHSKILR RFSLGTAVGF RIRKGDLTDI PAILVFVARK VHKKWLNPAQ CLPAILEGPG G VWCDVDVV EFSYYGAPAQ TPKEQMFSEL VDKLCGSDEC IGSGSQVASH ETFGTLGAIV KRRTGNKQVG FLTNHHVAVD LD YPNQKMF HPLPPNLGPG VYLGAVERAT SFITDDVWYG IYAGTNPETF VRADGAFIPF ADDFDISTVT TVVRGVGDIG DVK VIDLQC PLNSLIGRQV CKVGRSSGHT TGTVMAYALE YNDEKGICFF TDILVVGENR QTFDLEGDSG SLIILTSQDG EKPR PIGII WGGTANRGRL KLTSDHGPEN WTSGVDLGRL LDRLELDIII TNESLQDAVQ QQRFALVAAV TSAVGESSGV PVAIP EEKI EEIFEPLGIQ IQQLPRHDVA ASGTEGEEAS NTVVNVEEHQ FISNFVGMSP VRDDQDAPRS ITNLNNPSEE ELAMSL HLG DREPKRLRSD SGSSLDLEK

UniProtKB: Protein NARROW LEAF 1

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分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: The grid was coated with gold prior to use
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Vitrification carried out in Ethane.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3770 / 平均露光時間: 0.972 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 22500 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The selected images were high-pass filtered and normalized
粒子像選択選択した数: 4503713
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 2
想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.2)
詳細: The version 4.0.2 of the cryoSPARC program was used for the reconstruction
使用した粒子像数: 670053
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.2)
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.2)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.2)

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原子モデル構築 1

詳細Initial local fitting was done using ChimeraX
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 153.3
得られたモデル

PDB-8has:
NARROW LEAF 1-close from Japonica

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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