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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Capsid structure of Ralstonia phage GP4 | |||||||||||||||
![]() | capsid | |||||||||||||||
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![]() | Ralstonia phage GP4 / Complex / VIRUS | |||||||||||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF4043 / Protein of unknown function (DUF4043) / Virion associated protein / Major capsid protein![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||
![]() | Liu HR / Chen WY | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A Capsid Structure of GP4 with a Triangulation Number T = 9. 著者: Jing Zheng / Wenyuan Chen / Hao Xiao / Fan Yang / Xiaowu Li / Jingdong Song / Lingpeng Cheng / Hongrong Liu / ![]() 要旨: GP4, a new phage, is a short-tailed phage. Few structures of phages have been resolved to near-atomic resolution until now. Here, we present a 3.7 Å resolution structure of the GP4 head by cryo- ...GP4, a new phage, is a short-tailed phage. Few structures of phages have been resolved to near-atomic resolution until now. Here, we present a 3.7 Å resolution structure of the GP4 head by cryo-electron microscopy (cryo-EM). The GP4 head contains 540 copies of major capsid protein (MCP) gp2 and 540 copies of cement protein (CP) gp1 arranged in an icosahedral shell with a triangulation number T = 9. The structures of gp2 and gp1 show a canonical HK97-like fold and an Ig-like fold, respectively. The trimeric CPs stick on the surface of the head along the quasi-threefold axis of the icosahedron generating a sandwiched three-layer electrostatic complementary potential, thereby enhancing the head stability. The assembly pattern of the GP4 head provides a platform for the further exploration of the interaction between and corresponding phages. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 858.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.8 KB 14.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 144.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 225.6 MB 225.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8h89MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | capsid | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.27 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_34539_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_34539_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Ralstonia phage GP4
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Ralstonia phage GP4
超分子 | 名称: Ralstonia phage GP4 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2282904 / 生物種: Ralstonia phage GP4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Major capsid protein
分子 | 名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 40.819551 KDa |
配列 | 文字列: MSSTVIAFGD PKAQKKWSSE LAVDIRKKSY FESRFIGTSE NAVIQRKTEV ESDAGDRVSF DLSVRLRGQP TFGDDRVEGK EENLKFYTD EVIIDQVRHS VSAGGRMSRK RTAHDLRKTG RDRLGDYFYQ LTDELFFMYL SGARGINKDF ILPTSFTGYA K NPFNTPDA ...文字列: MSSTVIAFGD PKAQKKWSSE LAVDIRKKSY FESRFIGTSE NAVIQRKTEV ESDAGDRVSF DLSVRLRGQP TFGDDRVEGK EENLKFYTD EVIIDQVRHS VSAGGRMSRK RTAHDLRKTG RDRLGDYFYQ LTDELFFMYL SGARGINKDF ILPTSFTGYA K NPFNTPDA AHLLYGGVAT SKASLANTDT MSRVVIERAN VQATMMQAQD PETANMVPVS VEGEDRYVCV MSPFQEHSLR TS DAAGWLE IQKAAAAAEG RNNPIFKGGL GMIGNTVLHS HRNVVRFSDY GAGSDQPAAR ALFMGRQAAV VAYGTKGGLR YDW QEETKD YGNEPTVASG FIAGIKKTRF NDRDFGVISI DTYAKDPNPN NPA UniProtKB: Major capsid protein |
-分子 #2: Virion associated protein
分子 | 名称: Virion associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 15.819934 KDa |
配列 | 文字列: MALIQSDFAQ GIRMTPVPDC AGDVTACRFD ITLKNAPAAG DIIELGVLPG NAVPVEAILD VDDLDTGGAP TITLDVGIMS GPVGKNDPA RTCGNELFAA STVGQAGGVV RATASSAFRI QKAEDHRSVG VKVAAGPATG AAGKTIALIL FYVQGTSQ UniProtKB: Virion associated protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 3.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.1 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 40792 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |