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- EMDB-34476: Cryo-EM structure of the transcription activation complex NtcA-TAC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34476
タイトルCryo-EM structure of the transcription activation complex NtcA-TAC
マップデータ
試料
  • 複合体: transcription activation complex with the global regulator NtcA
    • DNA: DNA (125-MER)
    • DNA: DNA (125-MER)
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigA
    • タンパク質・ペプチド: NtcA
キーワードTranscription activation complex / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor, RpoD-like, cyanobacteria / DNA-directed RNA polymerase, subunit gamma / Transcription regulator, NtcA / DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain ...RNA polymerase sigma factor, RpoD-like, cyanobacteria / DNA-directed RNA polymerase, subunit gamma / Transcription regulator, NtcA / DNA-directed RNA polymerase subunit RpoC1 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta'' / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RmlC-like jelly roll fold / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Global nitrogen regulator / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit gamma / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Anabaena (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Han SJ / Jiang YL / You LL / Shen LQ / Wu XX / Yang F / Kong WW / Chen ZP / Zhang Y / Zhou CZ
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB37020301, XDA24020302 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171198 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA090070 中国
Chinese Academy of Sciences2020452 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: DNA looping mediates cooperative transcription activation.
著者: Shu-Jing Han / Yong-Liang Jiang / Lin-Lin You / Li-Qiang Shen / Xiaoxian Wu / Feng Yang / Ning Cui / Wen-Wen Kong / Hui Sun / Ke Zhou / Hui-Chao Meng / Zhi-Peng Chen / Yuxing Chen / Yu Zhang / Cong-Zhao Zhou /
要旨: Transcription factors respond to multilevel stimuli and co-occupy promoter regions of target genes to activate RNA polymerase (RNAP) in a cooperative manner. To decipher the molecular mechanism, here ...Transcription factors respond to multilevel stimuli and co-occupy promoter regions of target genes to activate RNA polymerase (RNAP) in a cooperative manner. To decipher the molecular mechanism, here we report two cryo-electron microscopy structures of Anabaena transcription activation complexes (TACs): NtcA-TAC composed of RNAP holoenzyme, promoter and a global activator NtcA, and NtcA-NtcB-TAC comprising an extra context-specific regulator, NtcB. Structural analysis showed that NtcA binding makes the promoter DNA bend by ∼50°, which facilitates RNAP to contact NtcB at the distal upstream NtcB box. The sequential binding of NtcA and NtcB induces looping back of promoter DNA towards RNAP, enabling the assembly of a fully activated TAC bound with two activators. Together with biochemical assays, we propose a 'DNA looping' mechanism of cooperative transcription activation in bacteria.
履歴
登録2022年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月4日-
マップ公開2023年10月4日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34476.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34476.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 321. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.0149228405 - 0.045231134
平均 (標準偏差)0.00010415183 (±0.002013405)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 321.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34476_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34476_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : transcription activation complex with the global regulator NtcA

全体名称: transcription activation complex with the global regulator NtcA
要素
  • 複合体: transcription activation complex with the global regulator NtcA
    • DNA: DNA (125-MER)
    • DNA: DNA (125-MER)
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigA
    • タンパク質・ペプチド: NtcA

+
超分子 #1: transcription activation complex with the global regulator NtcA

超分子名称: transcription activation complex with the global regulator NtcA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Anabaena (バクテリア) / 株: PCC. 7120
分子量理論値: 580 KDa

+
分子 #1: DNA (125-MER)

分子名称: DNA (125-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Anabaena (バクテリア)
分子量理論値: 38.723902 KDa
配列文字列: (DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA) (DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC) ...文字列:
(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA) (DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT) (DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA) (DT)(DT) (DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DG)(DC) (DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DA)(DA)(DA) (DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC) (DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DA)(DT)(DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA) (DC)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG)(DC)(DA)(DG) (DG)

+
分子 #2: DNA (125-MER)

分子名称: DNA (125-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Anabaena (バクテリア)
分子量理論値: 38.571723 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG) (DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA) (DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT) (DC) (DC)(DT)(DG)(DA)(DA) ...文字列:
(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG) (DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA) (DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT) (DC) (DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA) (DG)(DC) (DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA) (DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT) (DA)(DA)(DT) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DA)(DA)(DT) (DA)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT) (DT)(DA)(DC)(DA)(DC) (DT)(DT)(DA)(DA) (DC)

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Anabaena (バクテリア) / 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 126.781531 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVSSKKFNQV DKGRGMISEN YIEPAFLLPD LIEIQRSSFR WFLEEGLIEE LNSFSPITDY TGKLELHFLG HNYKLKEPKY SVEEAKRRD STYAVQMYVP TRLLNKETGD IKEQEVFIGD LPLMTDRGTF IINGAERVIV NQIVRSPGVY YKSEIDKNGR R TYSASLIP ...文字列:
MVSSKKFNQV DKGRGMISEN YIEPAFLLPD LIEIQRSSFR WFLEEGLIEE LNSFSPITDY TGKLELHFLG HNYKLKEPKY SVEEAKRRD STYAVQMYVP TRLLNKETGD IKEQEVFIGD LPLMTDRGTF IINGAERVIV NQIVRSPGVY YKSEIDKNGR R TYSASLIP NRGAWLKFET DRNDLVWVRI DKTRKLSAQV LLKALGLSDN EIFDALRHPE YFQKTIEKEG QFSEEEALME LY RKLRPGE PPTVLGGQQL LDSRFFDPKR YDLGRVGRYK LNKKLRLSVP DTVRVLTSGD ILAAVDYLIN LEYDIGSIDD IDH LGNRRV RSVGELLQNQ VRVGLNRLER IIRERMTVSD AEVLTPASLV NPKPLVAAIK EFFGSSQLSQ FMDQTNPLAE LTHK RRLSA LGPGGLTRER AGFAVRDIHP SHYGRICPIE TPEGPNAGLI GSLATHARVN QYGFLETPFR PVENGRVRFD QPAAY MTAD EEDDLRVAPG DIPVDENGYI IGPQVPVRYR QEFSTTTPEQ VDYVAVSPVQ IVSVATSMIP FLEHDDANRA LMGSNM QRQ AVPLLKPERP LVGTGLEAQG ARDSGMVIVS RTDGDVVYVD ATEIRVRVSG QLPTASGKST DNGQLTSQKG QEIRYTV SK YQRSNQDTCL NQKPLVRIGE RVVAGQVLAD GSSTEGGELA LGQNIVVAYM PWEGYNYEDA ILISERLVQD DIYTSIHI E KYEIEARQTK LGPEEITREI PNVGEDALRQ LDEQGIIRIG AWVEAGDILV GKVTPKGESD QPPEEKLLRA IFGEKARDV RDNSLRVPNG EKGRVVDVRL FTREQGDELP PGANMVVRVY VAQKRKIQVG DKMAGRHGNK GIISRILPIE DMPYLPDGSP VDIVLNPLG VPSRMNVGQV FECLLGWAGH TLGVRFKITP FDEMYGEESS RRIVHGKLQE ARDETGKDWV YNPDDPGKIM V YDGRTGEA FDRPVTIGVA YMLKLVHLVD DKIHARSTGP YSLVTQQPLG GKAQQGGQRF GEMEVWALEA FGAAYTLQEL LT VKSDDMQ GRNEALNAIV KGKAIPRPGT PESFKVLMRE LQSLGLDIAV HKVETQADGS SLDVEVDLMA DQLARRTPPR PTY ESLSRE SLDDDE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Anabaena (バクテリア) / 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 147.137484 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIFRNRVVDK GQLRNLISWA FTHYGTARTA VMADKLKDLG FRYATRAGVS ISVDDLMVPP SKRSLLEAAE EEIRATEVRY QRGEITEVE RFQKVIDTWN GTSEALKDEV VTHFKQTNPL NSVYMMAFSG ARGNISQVRQ LVGMRGLMAD PQGEIIDLPI K TNFREGLT ...文字列:
MIFRNRVVDK GQLRNLISWA FTHYGTARTA VMADKLKDLG FRYATRAGVS ISVDDLMVPP SKRSLLEAAE EEIRATEVRY QRGEITEVE RFQKVIDTWN GTSEALKDEV VTHFKQTNPL NSVYMMAFSG ARGNISQVRQ LVGMRGLMAD PQGEIIDLPI K TNFREGLT VTEYIISSYG ARKGLVDTAL RTADSGYLTR RLVDVSQDVI IREIDCGTTR GIPVRPMTEG SKTLIKLSTR LL GRVVGED VIHPKTKEVI APRNTPISDD LAKEIEKAGV AEVVVRSPLT CEAARSVCQH CYGWSLAHAK MVDLGEAVGI IAA QSIGEP GTQLTMRTFH TGGVFTGEVA QQVRSKMDGT IKLPRKLRTR THRTRHGEDA LFVESNGIMI LEPRKEGSET PAPQ EIHVT QGSTIYIVDG QQVKKGQLLA EVALGGRTTR TNTEKAVKDV ASDLAGEVKF AEVVPEQKTD RQGNTTTTAA RGGLI WILS GEVYNLPPGA ELVVKNGDRV ETNGVLAETK LTTIHGGVVR LPEATPGKST REIEIITASV VLDQATVTVQ SSQGRN NYL ITTGNNQVFN LRATPGTKVQ NGQVVAELID DRYRTTTGGF LKFAGVEVQK KGKAKLGYEV VQGGTLLWIP EETHEVN KD ISLLLVEDGQ YVEAGTEVVK DIFCQNSGVV EVTQKNDILR EVVVKPGELL MVDDPEAVIG RDNTLLQPGE ELLGQVAT E LRYIQYVESP EGPALLSRPV VEFAVPSNPD VPSTTSVSQQ TGRSIQMRAV QRLPYKDSER VKSVEGVELL RTQLVLEIE QEGEQEHNAS PLAADIELIP DLEDADVQRL QLVILESLVL RRDIAADATQ GSTQTSLEVK DGDTIVPGSV VARTQILSKE GGIVRGVQK GSEAVRRCLV LRHSDMATLN ISAKPKVKAG DLIVAGTELA PGIFAEESGQ IVGVKNAGES TTTQDAALST Q NYAVTIRA GRPYRVSPGA VLQIEDGDLV QRGDNLVLLV FERAKTGDII QGLPRIEELL EARKPKEACI LAKRGGEVKV VY GDGDEAI AIKVIESNGV VTDYPLGPGQ NLAMPDGSVV PAGQPLSDGP SNPHEILEVF FSLGSEDGVY ACASHALQKV QTF LVNEVQ MVYQSQGIDI ADKHIEVIVR QMTNKVRIDD GGDTTMLPGE LVELRQVEQV NEAMAITGGA RAQYTPVLLG ITKA SLNTD SFISAASFQE TTRVLTEAAI EGKSDWLRGL KENVIIGRLI PAGTGYNTYD EPGMLEDYST LETTSVLDET DDPLD MVLD DRTARAYNLD SPGLAETGFN NRRSILDDDE LIADEIHDLV EAEVEVDDEV DDDYEDDDED DDDYED

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Anabaena (バクテリア) / 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 26.166613 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVAQFQIECV ESNTEESRNH YSKFILEPLE RGQGTTVGNA LRRVLLSNLE GTAVTAVRIA GVSHEFATVP GVREDVLEII MRMKEVILK SYSSQAQIGR LLVNGPTTIT ASHFDLPSEV EVIDPTQYVA TIAEGGKLEM EFRIERGKGY RTVERGREEA T SLDFLQID ...文字列:
MVAQFQIECV ESNTEESRNH YSKFILEPLE RGQGTTVGNA LRRVLLSNLE GTAVTAVRIA GVSHEFATVP GVREDVLEII MRMKEVILK SYSSQAQIGR LLVNGPTTIT ASHFDLPSEV EVIDPTQYVA TIAEGGKLEM EFRIERGKGY RTVERGREEA T SLDFLQID SIFMPVRKVN YSVEEVRADG SIPKDRLLLE VWTNGSISPQ EALSSAAGIL VDLFNPLKDI SLEPTDTN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit gamma

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Anabaena (バクテリア) / 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 70.653055 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRPAQTNQFD YVKIGLASPE RIRQWGERTL PNGQVVGEVT KPETINYRTL KPEMDGLFCE RIFGPAKDWE CHCGKYKRVR HRGIVCERC GVEVTESRVR RHRMGYIKLA APVAHVWYLK GIPSYISILL DMPLRDVEQI VYFNSYVVLS PGNAETLTYK Q LLSEDQWL ...文字列:
MRPAQTNQFD YVKIGLASPE RIRQWGERTL PNGQVVGEVT KPETINYRTL KPEMDGLFCE RIFGPAKDWE CHCGKYKRVR HRGIVCERC GVEVTESRVR RHRMGYIKLA APVAHVWYLK GIPSYISILL DMPLRDVEQI VYFNSYVVLS PGNAETLTYK Q LLSEDQWL EIEDQIYSED SQLQGVEVGI GAEALLRLLA DINLEQEAES LREEIGSAKG QKRAKLIKRL RVIDNFIATG SK PEWMVMT VIPVIPPDLR PMVQLDGGRF ATSDLNDLYR RVINRNNRLA RLQEILAPEI IVRNEKRMLQ EAVDALIDNG RRG RTVVGA NNRPLKSLSD IIEGKQGRFR QNLLGKRVDY SGRSVIVVGP KLKIHQCGLP REMAIELFQP FVINRLIRSG MVNN IKAAK KLISRNDPSV WDVLEEVIEG HPVMLNRAPT LHRLGIQAFE PILVEGRAIQ LHPLVCPAFN ADFDGDQMAV HVPLS LESQ AEARLLMLAS NNILSPATGR PIITPSQDMV LGAYYLTAEN PGATKGAGKY FASLDDVIMA FQQEQIDLHA YVYVRF DGD VESDQPDTEP VKVTTNEDGS RTVLYKYRRV REDAQGNVIS QYIYTTPGRV IYNKAIQEAL AS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit gamma

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Anabaena (バクテリア) / 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 9.14349 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLKRSKFETT QSQIMHRAED LISAASNRYR ITVQVANRAK RRRYEEFESA EDAMMKPVLR AIIEMSDELT QPEIIGEI

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #8: RNA polymerase sigma factor SigA

分子名称: RNA polymerase sigma factor SigA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Anabaena (バクテリア) / 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 45.717027 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNQANNVLDS IYQPDLEIMN QPEIELDDLL IEEDEDLLLA DDGDIDEFLE PQTDEDDAKS GKAAKSRRRT QSKKKHYTED SIRLYLQEI GRIRLLRADE EIELARKIAD LLELERVRER LSEKLERDPR DSEWAEAVQL PLPAFRYRLH IGRRAKDKMV Q SNLRLVVS ...文字列:
MNQANNVLDS IYQPDLEIMN QPEIELDDLL IEEDEDLLLA DDGDIDEFLE PQTDEDDAKS GKAAKSRRRT QSKKKHYTED SIRLYLQEI GRIRLLRADE EIELARKIAD LLELERVRER LSEKLERDPR DSEWAEAVQL PLPAFRYRLH IGRRAKDKMV Q SNLRLVVS IAKKYMNRGL SFQDLIQEGS LGLIRAAEKF DHEKGYKFST YATWWIRQAI TRAIADQSRT IRLPVHLYET IS RIKKTTK LLSQEMGRKP TEEEIATRME MTIEKLRFIA KSAQLPISLE TPIGKEEDSR LGDFIESDGE TPEDQVSKNL LRE DLEKVL DSLSPRERDV LRLRYGLDDG RMKTLEEIGQ IFNVTRERIR QIEAKALRKL RHPNRNSVLK EYIR

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor SigA

+
分子 #9: NtcA

分子名称: NtcA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Anabaena (バクテリア) / 株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 24.951266 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIVTQDKALA NVFRQMATGA FPPVVETFER NKTIFFPGDP AERVYFLLKG AVKLSRVYEA GEEITVALLR ENSVFGVLSL LTGNKSDRF YHAVAFTPVE LLSAPIEQVE QALKENPELS MLMLRGLSSR ILQTEMMIET LAHRDMGSRL VSFLLILCRD F GVPCADGI ...文字列:
MIVTQDKALA NVFRQMATGA FPPVVETFER NKTIFFPGDP AERVYFLLKG AVKLSRVYEA GEEITVALLR ENSVFGVLSL LTGNKSDRF YHAVAFTPVE LLSAPIEQVE QALKENPELS MLMLRGLSSR ILQTEMMIET LAHRDMGSRL VSFLLILCRD F GVPCADGI TIDLKLSHQA IAEAIGSTRV TVTRLLGDLR EKKMISIHKK KITVHKPVTL SRQFT

UniProtKB: Global nitrogen regulator

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度15 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMKClpotassium chloride
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
10.0 mMHEPES2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid
2.0 mMDTTDithiothreitol

詳細: 10 mM HEPES pH 7.5, 100 mM KCl, 5 mM MgCl2 and 2 mM DTT
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Preliminary grid screening was performed manually.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1462 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode at 32 frames per second.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 555921
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8gzg


詳細: 8GZG and 3LA2 are required for the reconstruction of Nt cA-TAC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 45239
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8h40:
Cryo-EM structure of the transcription activation complex NtcA-TAC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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