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万見
- EMDB-34401: Cryo-EM structure of the NS5-NS3-SLA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34401
タイトルCryo-EM structure of the NS5-NS3-SLA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: RNA replicase complex bound to the mini-genome RNA
    • 複合体: NS5
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • 複合体: NS3
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • 複合体: Mini-genome RNA
      • RNA: RNA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードviral genome replication / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / channel activity / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / channel activity / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus (デング熱ウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Osawa T / Ehara H / Sekine S
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Structures of dengue virus RNA replicase complexes.
著者: Takuo Osawa / Mari Aoki / Haruhiko Ehara / Shun-Ichi Sekine /
要旨: Dengue is a mosquito-borne viral infection caused by dengue virus (DENV), a member of the flaviviruses. The DENV genome is a 5'-capped positive-sense RNA with a unique 5'-stem-loop structure (SLA), ...Dengue is a mosquito-borne viral infection caused by dengue virus (DENV), a member of the flaviviruses. The DENV genome is a 5'-capped positive-sense RNA with a unique 5'-stem-loop structure (SLA), which is essential for RNA replication and 5' capping. The virus-encoded proteins NS5 and NS3 are responsible for viral genome replication, but the structural basis by which they cooperatively conduct the required tasks has remained unclear. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of SLA-bound NS5 (PC), NS3-bound PC (PC-NS3), and an RNA-elongating NS5-NS3 complex (EC). While SLA bridges the NS5 methyltransferase and RNA-dependent RNA polymerase domains in PC, the NS3 helicase domain displaces it in elongation complex (EC). The SLA- and NS3-binding sites overlap with that of human STAT2. These structures illuminate the key steps in DENV genome replication, namely, SLA-dependent replication initiation, processive RNA elongation, and 5' capping of the nascent genomic RNA, thereby providing foundations to combat flaviviruses.
履歴
登録2022年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月2日-
マップ公開2023年8月2日-
更新2023年8月23日-
現状2023年8月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34401.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34401.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 240 pix.
= 198.84 Å		0.83 Å/pix.
x 240 pix.
= 198.84 Å		0.83 Å/pix.
x 240 pix.
= 198.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8285 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.018028572 - 0.03778538
平均 (標準偏差)0.0002481668 (±0.0018372041)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 198.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34401_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34401_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34401_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNA replicase complex bound to the mini-genome RNA

全体名称: RNA replicase complex bound to the mini-genome RNA
要素
  • 複合体: RNA replicase complex bound to the mini-genome RNA
    • 複合体: NS5
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • 複合体: NS3
      • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • 複合体: Mini-genome RNA
      • RNA: RNA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: RNA replicase complex bound to the mini-genome RNA

超分子名称: RNA replicase complex bound to the mini-genome RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Dengue virus (デング熱ウイルス)

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超分子 #2: NS5

超分子名称: NS5 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Dengue virus (デング熱ウイルス)

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超分子 #3: NS3

超分子名称: NS3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Dengue virus (デング熱ウイルス)

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超分子 #4: Mini-genome RNA

超分子名称: Mini-genome RNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dengue virus (デング熱ウイルス)
分子量理論値: 104.189891 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPSSGSSGGT GSQGETLGEK WKKRLNQLSR KEFDLYKKSG ITEVDRTEAK EGLKRGEITH HAVSRGSAKL QWFVERNMVI PEGRVIDLG CGRGGWSYYC AGLKKVTEVR GYTKGGPGHE EPVPMSTYGW NIVKLMSGKD VFYLPPEKCD TLLCDIGESS P SPTVEESR ...文字列:
GPSSGSSGGT GSQGETLGEK WKKRLNQLSR KEFDLYKKSG ITEVDRTEAK EGLKRGEITH HAVSRGSAKL QWFVERNMVI PEGRVIDLG CGRGGWSYYC AGLKKVTEVR GYTKGGPGHE EPVPMSTYGW NIVKLMSGKD VFYLPPEKCD TLLCDIGESS P SPTVEESR TIRVLKMVEP WLKNNQFCIK VLNPYMPTVI EHLERLQRKH GGMLVRNPLS RNSTHEMYWI SNGTGNIVSS VN MVSRLLL NRFTMTYRRP TIEKDVDLGA GTRHVNAEPE TPNMDVIGER IRRIKEEHSS TWHYDDENPY KTWAYHGSYE VKA TGSASS MINGVVKLLT KPWDVVPTVT QMAMTDTTPF GQQRVFKEKV DTRTPKPMPG TRKVMEITAG WLWRTLGRNK RPRL CTREE FTKKVRTNAA MGAVFTEENQ WDSARAAVED EEFWKLVDRE RELHKQGKCG SCVYNMMGKR EKKLGEFGKA KGSRA IWYM WLGARYLEFE ALGFLNEDHW FSRENSYSGV EGEGLHKLGY ILRDISKIPG GAMYADDTAG WDTRITEDDL HNEEKI TQQ MDPEHRQLAN AIFKLTYQNK VVKVQRPTPK GTVMDIISRK DQRGSGQVGT YGLNTFTNME AQLIRQMEGE GVLSKTD LE NPHLLEKKIT QWLETKGVER LKRMAISGDD CVVKPIDDRF ANALLALNDM GKVRKDIPQW QPSKGWHDWQ QVPFCSHH F HELIMKDGRK LVVPCRPQDE LIGRARISQG AGWSLKETAC LGKAYAQMWA LMYFHRRDLR LASNAICSAV PVHWVPTSR TTWSIHAHHQ WMTTEDMLTV WNRVWIEDNP WMEDKTPVTT WEDVPYLGKR EDQWCGSLIG LTSRATWAQN ILTAIQQVRS LIGNEEFLD YMPSMKRFRK EEESEGAIW

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dengue virus (デング熱ウイルス)
分子量理論値: 74.753406 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SQDPENLYFQ GSSGSSGADL TVEKAADVTW EEEAEGGGGS GGGGSGVLWD VPSPPETQKA ELEEGVYRIK QQGIFGKTQ VGVGVQKEGV FHTMWHVTRG AVLTYNGKRL EPNWASVKKD LISYGGGWRL SAQWQKGEEV QVIAVEPGKN P KNFQTMPG ...文字列:
MGSSHHHHHH SQDPENLYFQ GSSGSSGADL TVEKAADVTW EEEAEGGGGS GGGGSGVLWD VPSPPETQKA ELEEGVYRIK QQGIFGKTQ VGVGVQKEGV FHTMWHVTRG AVLTYNGKRL EPNWASVKKD LISYGGGWRL SAQWQKGEEV QVIAVEPGKN P KNFQTMPG IFQTTTGEIG AIALDFKPGT AGSPIINREG KVVGLYGNGV VTKNGGYVSG IAQTNAEPDG PTPELEEEMF KK RNLTIMD LHPGSGKTRK YLPAIVREAI KRRLRTLILA PTRVVAAEME EALKGLPIRY QTTATKSEHT GKEIVDLMCH ATF TMRLLS PVRVPNYNLI IMDEAHFTDP ASIAARGYIS TRVGMGEAAA IFMTATPPGT ADAFPQSNAP IQDEERDIPE RSWN SGNDW ITDFAGKTVW FVPSIKAGND IANCLRKNGK KVIQLSRKTF DTEYQKTKLN DWDFVVTTDI SEMGANFKAD RVIDP RRCL KPVILTDGPE RVILAGPMPV TVASAAQRRG RVGRNPQKEN DQYIFTGQPL NNDEDHAHWT EAKMLLDNIN TPEGII PAL FEPEREKSAA IDGEYRLKGE SRKTFVELMR RGDLPVWLAH KVASEGIKYT DRKWCFDGER NNQILEENMD VEIWTKE GE KKKLRPRWLD ARTYSDPLAL KEFKDFAAGR K

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 54.128918 KDa
配列文字列:
(GDP)AGUUGUUAG UCUGUGUGGA CCGACAAGGA CAGUUCCAAA UCGGAAGCUU GCUUAACACA GUUCUAACAG UUUGUU UAG AUAGAGAGCA GUAACCUGCU UUCUCUGCAA CAUCAAUCCA GGCACAGAGC GCCGCGAGAU GGAUUGGUGU UGUUGAU CC AACAGGUUCU

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #5: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 55.46 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 31209
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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