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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34398 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Synechocystis sp. PCC 6803 CTP-bound RPitc | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Cryo-EM / Synechocystis sp. PCC 6803 / Syn6803 / Transcription initiation / CTP-bound RPitc / Transcription / Cyanobacteria / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å | |||||||||
データ登録者 | You LL / Shen LQ / Zhang Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of Synechocystis sp. PCC 6803 CTP-bound RPitc 著者: You LL / Shen LQ / Zhang Y | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34398.map.gz | 8.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34398-v30.xml emd-34398.xml | 30.4 KB 30.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34398_fsc.xml | 9.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34398.png | 178.6 KB | ||
マスクデータ | emd_34398_msk_1.map | 83.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-34398.cif.gz | 9 KB | ||
その他 | emd_34398_additional_1.map.gz emd_34398_half_map_1.map.gz emd_34398_half_map_2.map.gz | 65.6 MB 65.6 MB 65.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34398 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34398 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34398_validation.pdf.gz | 843.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34398_full_validation.pdf.gz | 843.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34398_validation.xml.gz | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34398_validation.cif.gz | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34398 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34398 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gzhMC 8gzgC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34398.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_34398_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_34398_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34398_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34398_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : The complex of Synechocystis sp. PCC 6803 CTP-bound RPitc
+超分子 #1: The complex of Synechocystis sp. PCC 6803 CTP-bound RPitc
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit gamma
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #5: RNA polymerase sigma factor SigA
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #7: Nontemplate strand DNA
+分子 #8: Template strand DNA
+分子 #9: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*A)-3')
+分子 #10: MAGNESIUM ION
+分子 #11: ZINC ION
+分子 #12: CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 135 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2297 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-8gzh: |