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- EMDB-34305: the human PTH1 receptor bound to an intracellular biased agonist -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34305
タイトルthe human PTH1 receptor bound to an intracellular biased agonist
マップデータ
試料
  • 複合体: the human PTH1 receptor bound to an intracellular biased agonist
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
      • タンパク質・ペプチド: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: nanobody Nb35
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody-35
    • 複合体: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
      • タンパク質・ペプチド: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
  • リガンド: PCO-371
キーワードG protein-coupled receptor / membrane protein / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


parathyroid hormone receptor activity / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels ...parathyroid hormone receptor activity / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Class B/2 (Secretin family receptors) / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G protein-coupled peptide receptor activity / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (q) signalling events / osteoblast development / G alpha (i) signalling events / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (s) signalling events / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / G alpha (q) signalling events / spectrin binding / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / bone mineralization / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / peptide hormone binding / PKA activation in glucagon signalling / developmental growth / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / hair follicle placode formation / photoreceptor outer segment / chondrocyte differentiation / D1 dopamine receptor binding / bone resorption / intracellular transport / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / activation of adenylate cyclase activity / renal water homeostasis / cell maturation / Hedgehog 'off' state / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / photoreceptor inner segment / cardiac muscle cell apoptotic process / cellular response to glucagon stimulus / regulation of insulin secretion / adenylate cyclase activator activity / trans-Golgi network membrane / skeletal system development / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / bone development / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / platelet aggregation / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / cognition / intracellular calcium ion homeostasis / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of smell / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site ...GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Bos taurus (ウシ) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kobayashi K / Kusakizako T / Okamoto HH / Nureki O / Yamashita K / Nishizawa T / Kato HE
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Class B1 GPCR activation by an intracellular agonist.
著者: Kazuhiro Kobayashi / Kouki Kawakami / Tsukasa Kusakizako / Atsuhiro Tomita / Michihiro Nishimura / Kazuhiro Sawada / Hiroyuki H Okamoto / Suzune Hiratsuka / Gaku Nakamura / Riku Kuwabara / ...著者: Kazuhiro Kobayashi / Kouki Kawakami / Tsukasa Kusakizako / Atsuhiro Tomita / Michihiro Nishimura / Kazuhiro Sawada / Hiroyuki H Okamoto / Suzune Hiratsuka / Gaku Nakamura / Riku Kuwabara / Hiroshi Noda / Hiroyasu Muramatsu / Masaru Shimizu / Tomohiko Taguchi / Asuka Inoue / Takeshi Murata / Osamu Nureki /
要旨: G protein-coupled receptors (GPCRs) generally accommodate specific ligands in the orthosteric-binding pockets. Ligand binding triggers a receptor allosteric conformational change that leads to the ...G protein-coupled receptors (GPCRs) generally accommodate specific ligands in the orthosteric-binding pockets. Ligand binding triggers a receptor allosteric conformational change that leads to the activation of intracellular transducers, G proteins and β-arrestins. Because these signals often induce adverse effects, the selective activation mechanism for each transducer must be elucidated. Thus, many orthosteric-biased agonists have been developed, and intracellular-biased agonists have recently attracted broad interest. These agonists bind within the receptor intracellular cavity and preferentially tune the specific signalling pathway over other signalling pathways, without allosteric rearrangement of the receptor from the extracellular side. However, only antagonist-bound structures are currently available, and there is no evidence to support that biased agonist binding occurs within the intracellular cavity. This limits the comprehension of intracellular-biased agonism and potential drug development. Here we report the cryogenic electron microscopy structure of a complex of G and the human parathyroid hormone type 1 receptor (PTH1R) bound to a PTH1R agonist, PCO371. PCO371 binds within an intracellular pocket of PTH1R and directly interacts with G. The PCO371-binding mode rearranges the intracellular region towards the active conformation without extracellularly induced allosteric signal propagation. PCO371 stabilizes the significantly outward-bent conformation of transmembrane helix 6, which facilitates binding to G proteins rather than β-arrestins. Furthermore, PCO371 binds within the highly conserved intracellular pocket, activating 7 out of the 15 class B1 GPCRs. Our study identifies a new and conserved intracellular agonist-binding pocket and provides evidence of a biased signalling mechanism that targets the receptor-transducer interface.
履歴
登録2022年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34305.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34305.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 148 pix.
= 163.787 Å		1.11 Å/pix.
x 148 pix.
= 163.787 Å		1.11 Å/pix.
x 148 pix.
= 163.787 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.10667 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.011
最小 - 最大-0.14162266 - 0.23974013
平均 (標準偏差)0.0006183178 (±0.009341711)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ148148148
Spacing148148148
セルA=B=C: 163.78717 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34305_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_34305_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_34305_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : the human PTH1 receptor bound to an intracellular biased agonist

全体名称: the human PTH1 receptor bound to an intracellular biased agonist
要素
  • 複合体: the human PTH1 receptor bound to an intracellular biased agonist
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
      • タンパク質・ペプチド: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: nanobody Nb35
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody-35
    • 複合体: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
      • タンパク質・ペプチド: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
  • リガンド: PCO-371

+
超分子 #1: the human PTH1 receptor bound to an intracellular biased agonist

超分子名称: the human PTH1 receptor bound to an intracellular biased agonist
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

+
超分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

+
超分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
超分子 #5: nanobody Nb35

超分子名称: nanobody Nb35 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)

+
超分子 #6: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor

超分子名称: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit...

分子名称: Isoform Gnas-2 of Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.073574 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: QRNEEKAQRE ANKKIEKQLQ KDKQVYRATH RLLLLGADNS GKSTIVKQMR ILHVNGFNGD SEKATKVQDI KNNLKEAIET IVAAMSNLV PPVELANPEN QFRVDYILSV MNVPDFDFPP EFYEHAKALW EDEGVRACYE RSNEYQLIDC AQYFLDKIDV I KQADYVPS ...文字列:
QRNEEKAQRE ANKKIEKQLQ KDKQVYRATH RLLLLGADNS GKSTIVKQMR ILHVNGFNGD SEKATKVQDI KNNLKEAIET IVAAMSNLV PPVELANPEN QFRVDYILSV MNVPDFDFPP EFYEHAKALW EDEGVRACYE RSNEYQLIDC AQYFLDKIDV I KQADYVPS DQDLLRCRVL TSGIFETKFQ VDKVNFHMFD VGGQRDERRK WIQCFNDVTA IIFVVDSSDY NRLQEALNLF KS IWNNRWL RTISVILFLN KQDLLAEKVL AGKSKIEDYF PEFARYTTPE DATPEPGEDP RVTRAKYFIR DEFLRISTAS GDG RHYCYP HFTCAVDTEN ARRIFNDCRD IIQRMHLRQY ELL

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 38.744371 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI ...文字列:
MHHHHHHGSL LQSELDQLRQ EAEQLKNQIR DARKACADAT LSQITNNIDP VGRIQMRTRR TLRGHLAKIY AMHWGTDSRL LVSASQDGK LIIWDSYTTN KVHAIPLRSS WVMTCAYAPS GNYVACGGLD NICSIYNLKT REGNVRVSRE LAGHTGYLSC C RFLDDNQI VTSSGDTTCA LWDIETGQQT TTFTGHTGDV MSLSLAPDTR LFVSGACDAS AKLWDVREGM CRQTFTGHES DI NAICFFP NGNAFATGSD DATCRLFDLR ADQELMTYSH DNIICGITSV SFSKSGRLLL AGYDDFNCNV WDALKADRAG VLA GHDNRV SCLGVTDDGM AVATGSWDSF LKIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 7.547685 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFS

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

+
分子 #4: Nanobody-35

分子名称: Nanobody-35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 13.885439 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSS

+
分子 #5: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor

分子名称: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.264359 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DYKDDDDKDA DDVMTKEEQI FLLHRAQAQC EKRLKEVLQR PASIMESDKG WTSASTSGKP RKDKASGKLY PESEEDKEAP TGSRYRGRP CLPEWDHILC WPLGAPGEVV AVPCPDYIYD FNHKGHAYRR CDRNGSWELV PGHNRTWANY SECVKFLTNE T REREVFDR ...文字列:
DYKDDDDKDA DDVMTKEEQI FLLHRAQAQC EKRLKEVLQR PASIMESDKG WTSASTSGKP RKDKASGKLY PESEEDKEAP TGSRYRGRP CLPEWDHILC WPLGAPGEVV AVPCPDYIYD FNHKGHAYRR CDRNGSWELV PGHNRTWANY SECVKFLTNE T REREVFDR LGMIYTVGYS VSLASLTVAV LILAYFRRLH CTRNYIHMHL FLSFMLRAVS IFVKDAVLYS GATLDEAERL TE EELRAIA QAPPPPATAA AGYAGCRVAV TFFLYFLATN YYWILVEGLY LHSLIFMAFF SEKKYLWGFT VFGWGLPAVF VAV WVSVRA TLANTGCWDL SSGNKKWIIQ VPILASIVLN FILFINIVRV LATKLRETNA GRCDTRQQYR KLLKSTLVLM PLFG VHYIV FMATPYTEVS GTLWQVQMHY EMLFNSFQGF FVAIIYCFCN GEVQAEIKKS WSRWTLALDF KRKARSGS

UniProtKB: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor

+
分子 #6: PCO-371

分子名称: PCO-371 / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: KHF
分子量理論値: 635.654 Da
Chemical component information

ChemComp-KHF:
PCO-371 / PCO-371

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7 mg/mL
緩衝液pH: 9
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.578 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7vvn

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 109422
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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