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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34284 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae (Rcl1/Cms1 KO) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Cheng J / Lau B / Hurt E / Beckmann R | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022 タイトル: Cms1 coordinates stepwise local 90S pre-ribosome assembly with timely snR83 release. 著者: Benjamin Lau / Olga Beine-Golovchuk / Markus Kornprobst / Jingdong Cheng / Dieter Kressler / Beáta Jády / Tamás Kiss / Roland Beckmann / Ed Hurt / 要旨: Ribosome synthesis begins in the nucleolus with 90S pre-ribosome construction, but little is known about how the many different snoRNAs that modify the pre-rRNA are timely guided to their target ...Ribosome synthesis begins in the nucleolus with 90S pre-ribosome construction, but little is known about how the many different snoRNAs that modify the pre-rRNA are timely guided to their target sites. Here, we report a role for Cms1 in such a process. Initially, we discovered CMS1 as a null suppressor of a nop14 mutant impaired in Rrp12-Enp1 factor recruitment to the 90S. Further investigations detected Cms1 at the 18S rRNA 3' major domain of an early 90S that carried H/ACA snR83, which is known to guide pseudouridylation at two target sites within the same subdomain. Cms1 co-precipitates with many 90S factors, but Rrp12-Enp1 encircling the 3' major domain in the mature 90S is decreased. We suggest that Cms1 associates with the 3' major domain during early 90S biogenesis to restrict premature Rrp12-Enp1 binding but allows snR83 to timely perform its modification role before the next 90S assembly steps coupled with Cms1 release take place. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34284.map.gz | 32 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34284-v30.xml emd-34284.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34284.png | 141.8 KB | ||
その他 | emd_34284_half_map_1.map.gz emd_34284_half_map_2.map.gz | 391.2 MB 391.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34284 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34284 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34284_validation.pdf.gz | 951.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34284_full_validation.pdf.gz | 951.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34284_validation.xml.gz | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34284_validation.cif.gz | 20.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34284 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34284 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34284.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.045 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34284_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34284_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 90S pre-ribosome
全体 | 名称: 90S pre-ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1: 90S pre-ribosome
超分子 | 名称: 90S pre-ribosome / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 44.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 16024 |
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初期 角度割当 | タイプ: OTHER / 詳細: Relion |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / 詳細: Relion |