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万見
- EMDB-34274: Bre1-nucleosome complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34274
タイトルBre1-nucleosome complex
マップデータ3DFlex map
試料
  • 複合体: Bre1-nucleosome complex
    • 複合体: Histone
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (147-mer)
      • DNA: DNA (147-mer)
    • 複合体: Bre1
      • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A
      • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B
  • リガンド: ZINC ION
キーワードtranscription / ubiquitin ligase / cancer / chromatin / GENE REGULATION / GENE REGULATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2B C-terminal K residue ubiquitin ligase activity / HULC complex / RHOBTB1 GTPase cycle / ubiquitin ligase complex / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome ...histone H2B C-terminal K residue ubiquitin ligase activity / HULC complex / RHOBTB1 GTPase cycle / ubiquitin ligase complex / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / epigenetic regulation of gene expression / telomere organization / Interleukin-7 signaling / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / RNA Polymerase I Promoter Opening / Inhibition of DNA recombination at telomere / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Meiotic synapsis / negative regulation of cell migration / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / innate immune response in mucosa / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / mRNA 3'-UTR binding / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / lipopolysaccharide binding / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RING-type E3 ubiquitin transferase / G2/M DNA damage checkpoint / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / NoRC negatively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Meiotic recombination / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Metalloprotease DUBs / RMTs methylate histone arginines / HCMV Early Events / protein polyubiquitination / p53 binding / ubiquitin-protein transferase activity / structural constituent of chromatin / ubiquitin protein ligase activity / UCH proteinases / nucleosome / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / heterochromatin formation / nucleosome assembly / antibacterial humoral response / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / HATs acetylate histones / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / histone binding / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / defense response to Gram-positive bacterium / protein ubiquitination / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / chromatin binding / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus
類似検索 - 分子機能
: / : / BRE1B-like domain / Bre1, coiled-coil containing domain / E3 ubiquitin ligase Bre1 / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger ...: / : / BRE1B-like domain / Bre1, coiled-coil containing domain / E3 ubiquitin ligase Bre1 / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / : / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B / Histone H2B type 1-J / Histone H2A type 1 / Histone H4 / Histone H3.1 / E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Onishi S / Hamada K / Sato K / Nishizawa T / Nureki O / Ogata K / Sengoku T
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure of the human Bre1 complex bound to the nucleosome.
著者: Shuhei Onishi / Kotone Uchiyama / Ko Sato / Chikako Okada / Shunsuke Kobayashi / Keisuke Hamada / Tomohiro Nishizawa / Osamu Nureki / Kazuhiro Ogata / Toru Sengoku /
要旨: Histone H2B monoubiquitination (at Lys120 in humans) regulates transcription elongation and DNA repair. In humans, H2B monoubiquitination is catalyzed by the heterodimeric Bre1 complex composed of ...Histone H2B monoubiquitination (at Lys120 in humans) regulates transcription elongation and DNA repair. In humans, H2B monoubiquitination is catalyzed by the heterodimeric Bre1 complex composed of Bre1A/RNF20 and Bre1B/RNF40. The Bre1 proteins generally function as tumor suppressors, while in certain cancers, they facilitate cancer cell proliferation. To obtain structural insights of H2BK120 ubiquitination and its regulation, we report the cryo-electron microscopy structure of the human Bre1 complex bound to the nucleosome. The two RING domains of Bre1A and Bre1B recognize the acidic patch and the nucleosomal DNA phosphates around SHL 6.0-6.5, which are ideally located to recruit the E2 enzyme and ubiquitin for H2BK120-specific ubiquitination. Mutational experiments suggest that the two RING domains bind in two orientations and that ubiquitination occurs when Bre1A binds to the acidic patch. Our results provide insights into the H2BK120-specific ubiquitination by the Bre1 proteins and suggest that H2B monoubiquitination can be regulated by nuclesomal DNA flexibility.
履歴
登録2022年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月20日-
マップ公開2023年9月20日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34274.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3DFlex map
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 320 pix.
= 336. Å		1.05 Å/pix.
x 320 pix.
= 336. Å		1.05 Å/pix.
x 320 pix.
= 336. Å

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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
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表面レベル登録者による: 0.006
最小 - 最大-0.017542299 - 0.043336485
平均 (標準偏差)0.00004297897 (±0.0008172334)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 336.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: NU-refinement map

ファイルemd_34274_additional_1.map
注釈NU-refinement map
投影像・断面図
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ハーフマップ: 3DFlex half map

ファイルemd_34274_half_map_1.map
注釈3DFlex half map
投影像・断面図
軸ZYX

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ハーフマップ: 3DFlex half map

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注釈3DFlex half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bre1-nucleosome complex

全体名称: Bre1-nucleosome complex
要素
  • 複合体: Bre1-nucleosome complex
    • 複合体: Histone
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-J
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (147-mer)
      • DNA: DNA (147-mer)
    • 複合体: Bre1
      • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A
      • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Bre1-nucleosome complex

超分子名称: Bre1-nucleosome complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8

+
超分子 #2: Histone

超分子名称: Histone / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6

+
超分子 #4: Bre1

超分子名称: Bre1 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.437167 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEACEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.1

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.263231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #3: Histone H2A type 1

分子名称: Histone H2A type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.990342 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKA RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRN DEELNKLLGK VTIAQGGVLP NIQAVLLPKK TESHHKAKGK

UniProtKB: Histone H2A type 1

+
分子 #4: Histone H2B type 1-J

分子名称: Histone H2B type 1-J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.217516 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMPEPAKS APAPKKGSKK AVTKAQKKDG KKRKRSRKES YSIYVYKVLK QVHPDTGISS KAMGIMNSFV NDIFERIAGE ASRLAHYNK RSTITSREIQ TAVRLLLPGE LAKHAVSEGT KAVTKYTSAK

UniProtKB: Histone H2B type 1-J

+
分子 #7: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 113.86182 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSGIGNKRAA GEPGTSMPPE KKAAVEDSGT TVETIKLGGV SSTEELDIRT LQTKNRKLAE MLDQRQAIED ELREHIEKLE RRQATDDAS LLIVNRYWSQ FDENIRIILK RYDLEQGLGD LLTERKALVV PEPEPDSDSN QERKDDRERG EGQEPAFSFL A TLASSSSE ...文字列:
MSGIGNKRAA GEPGTSMPPE KKAAVEDSGT TVETIKLGGV SSTEELDIRT LQTKNRKLAE MLDQRQAIED ELREHIEKLE RRQATDDAS LLIVNRYWSQ FDENIRIILK RYDLEQGLGD LLTERKALVV PEPEPDSDSN QERKDDRERG EGQEPAFSFL A TLASSSSE EMESQLQERV ESSRRAVSQI VTVYDKLQEK VELLSRKLNS GDNLIVEEAV QELNSFLAQE NMRLQELTDL LQ EKHRTMS QEFSKLQSKV ETAESRVSVL ESMIDDLQWD IDKIRKREQR LNRHLAEVLE RVNSKGYKVY GAGSSLYGGT ITI NARKFE EMNAELEENK ELAQNRLCEL EKLRQDFEEV TTQNEKLKVE LRSAVEQVVK ETPEYRCMQS QFSVLYNESL QLKA HLDEA RTLLHGTRGT HQHQVELIER DEVSLHKKLR TEVIQLEDTL AQVRKEYEML RIEFEQTLAA NEQAGPINRE MRHLI SSLQ NHNHQLKGEV LRYKRKLREA QSDLNKTRLR SGSALLQSQS STEDPKDEPA ELKPDSEDLS SQSSASKASQ EDANEI KSK RDEEERERER REKERERERE REKEKERERE KQKLKESEKE RDSAKDKEKG KHDDGRKKEA EIIKQLKIEL KKAQESQ KE MKLLLDMYRS APKEQRDKVQ LMAAEKKSKA ELEDLRQRLK DLEDKEKKEN KKMADEDALR KIRAVEEQIE YLQKKLAM A KQEEEALLSE MDVTGQAFED MQEQNIRLMQ QLREKDDANF KLMSERIKSN QIHKLLKEEK EELADQVLTL KTQVDAQLQ VVRKLEEKEH LLQSNIGTGE KELGLRTQAL EMNKRKAMEA AQLADDLKAQ LELAQKKLHD FQDEIVENSV TKEKDMFNFK RAQEDISRL RRKLETTKKP DNVPKCDEIL MEEIKDYKAR LTCPCCNMRK KDAVLTKCFH VFCFECVKTR YDTRQRKCPK C NAAFGAND FHRIYIG

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A

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分子 #8: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 113.863906 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSGPGNKRAA GDGGSGPPEK KLSREEKTTT TLIEPIRLGG ISSTEEMDLK VLQFKNKKLA ERLEQRQACE DELRERIEKL EKRQATDDA TLLIVNRYWA QLDETVEALL RCHESQGELS SAPEAPGTQE GPTCDGTPLP EPGTSELRDP LLMQLRPPLS E PALAFVVA ...文字列:
MSGPGNKRAA GDGGSGPPEK KLSREEKTTT TLIEPIRLGG ISSTEEMDLK VLQFKNKKLA ERLEQRQACE DELRERIEKL EKRQATDDA TLLIVNRYWA QLDETVEALL RCHESQGELS SAPEAPGTQE GPTCDGTPLP EPGTSELRDP LLMQLRPPLS E PALAFVVA LGASSSEEVE LELQGRMEFS KAAVSRVVEA SDRLQRRVEE LCQRVYSRGD SEPLSEAAQA HTRELGRENR RL QDLATQL QEKHHRISLE YSELQDKVTS AETKVLEMET TVEDLQWDIE KLRKREQKLN KHLAEALEQL NSGYYVSGSS SGF QGGQIT LSMQKFEMLN AELEENQELA NSRMAELEKL QAELQGAVRT NERLKVALRS LPEEVVRETG EYRMLQAQFS LLYN ESLQV KTQLDEARGL LLATKNSHLR HIEHMESDEL GLQKKLRTEV IQLEDTLAQV RKEYEMLRIE FEQNLAANEQ AGPIN REMR HLISSLQNHN HQLKGDAQRY KRKLREVQAE IGKLRAQASG SAHSTPNLGH PEDSGVSAPA PGKEEGGPGP VSTPDN RKE MAPVPGTTTT TTSVKKEELV PSEEDFQGIT PGAQGPSSRG REPEARPKRE LREREGPSLG PPPVASALSR ADREKAK VE ETKRKESELL KGLRAELKKA QESQKEMKLL LDMYKSAPKE QRDKVQLMAA ERKAKAEVDE LRSRIRELEE RDRRESKK I ADEDALRRIR QAEEQIEHLQ RKLGATKQEE EALLSEMDVT GQAFEDMQEQ NGRLLQQLRE KDDANFKLMS ERIKANQIH KLLREEKDEL GEQVLGLKSQ VDAQLLTVQK LEEKERALQG SLGGVEKELT LRSQALELNK RKAVEAAQLA EDLKVQLEHV QTRLREIQP CLAESRAARE KESFNLKRAQ EDISRLRRKL EKQRKVEVYA DADEILQEEI KEYKARLTCP CCNTRKKDAV L TKCFHVFC FECVRGRYEA RQRKCPKCNA AFGAHDFHRI YIS

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B

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分子 #5: DNA (147-mer)

分子名称: DNA (147-mer) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.145754 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)

+
分子 #6: DNA (147-mer)

分子名称: DNA (147-mer) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.604047 KDa
配列文字列: (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)

+
分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 83000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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