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- EMDB-34226: SARS-CoV-2 BA.2 spike RBD in complex bound with VacBB-551 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34226
タイトルSARS-CoV-2 BA.2 spike RBD in complex bound with VacBB-551
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of SARS-COV-2 spike RBD and VacBB-551
    • 複合体: SARS-COV-2 spike RBD
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: VacBB-551
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of VacBB-551
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of VacBB-551
キーワードAntibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Liu CC / Ju B / Shen SL / Zhang Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)82025022 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Omicron BQ.1.1 and XBB.1 unprecedentedly escape broadly neutralizing antibodies elicited by prototype vaccination.
著者: Bin Ju / Qing Fan / Congcong Liu / Senlin Shen / Miao Wang / Huimin Guo / Bing Zhou / Xiangyang Ge / Zheng Zhang /
要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron subvariants have seriously attacked the antibody barrier established by natural infection and/or vaccination, especially the ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron subvariants have seriously attacked the antibody barrier established by natural infection and/or vaccination, especially the recently emerged BQ.1.1 and XBB.1. However, crucial mechanisms underlying the virus escape and the broad neutralization remain elusive. Here, we present a panoramic analysis of broadly neutralizing activity and binding epitopes of 75 monoclonal antibodies isolated from prototype inactivated vaccinees. Nearly all neutralizing antibodies (nAbs) partly or totally lose their neutralization against BQ.1.1 and XBB.1. We report a broad nAb, VacBB-551, that effectively neutralizes all tested subvariants including BA.2.75, BQ.1.1, and XBB.1. We determine the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of VacBB-551 complexed with the BA.2 spike and perform detailed functional verification to reveal the molecular basis of N460K and F486V/S mutations mediating the partial escape of BA.2.75, BQ.1.1, and XBB.1 from the neutralization of VacBB-551. Overall, BQ.1.1 and XBB.1 raised the alarm over SARS-CoV-2 evolution with unprecedented antibody evasion from broad nAbs elicited by prototype vaccination.
履歴
登録2022年9月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月3日-
マップ公開2023年5月3日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34226.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34226.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-5.8810635 - 8.104062000000001
平均 (標準偏差)-0.0025177794 (±0.040825717)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 328.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34226_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34226_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34226_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of SARS-COV-2 spike RBD and VacBB-551

全体名称: Complex of SARS-COV-2 spike RBD and VacBB-551
要素
  • 複合体: Complex of SARS-COV-2 spike RBD and VacBB-551
    • 複合体: SARS-COV-2 spike RBD
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: VacBB-551
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of VacBB-551
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of VacBB-551

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超分子 #1: Complex of SARS-COV-2 spike RBD and VacBB-551

超分子名称: Complex of SARS-COV-2 spike RBD and VacBB-551 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #2: SARS-COV-2 spike RBD

超分子名称: SARS-COV-2 spike RBD / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: VacBB-551

超分子名称: VacBB-551 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 20.66024 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
PFDEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNFAPFFA FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSFVIRGNE VSQIAPGQTG NIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNKLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GNKPCNGVAG FNCYFPLRSY G FRPTYGVG HQPYRVVVLS FEL

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: Heavy chain of VacBB-551

分子名称: Heavy chain of VacBB-551 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.53411 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VQLVESGGGL IQPGGSLRLS CAASEIIVSR NYMNWVRQAP GKGLEWVSVI YAGGSTFYAD SVKDRFTISR DNSKNTLYLQ MNRLRAEDT AVYYCARSLG DRFDFWGQGT LVTV

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分子 #3: Light chain of VacBB-551

分子名称: Light chain of VacBB-551 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.993049 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQLTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQGIP SYLAWYQQNP GRAPKLLIYA ASTLQNGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQS EDFATYYCQ HEDTFGQGTK LEI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: PBS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 5s, wait for 2s, blot force:0.
詳細SARS-COV-2 spike proteins were concentrated to about 2mg/mL and incubated with full-length IgG nAbs for 30min (1:2 molar ratio)

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 90.0 K / 最高: 90.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6153 / 平均露光時間: 1.82 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5391498
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 506671
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7xb0


Chain - Chain ID: B / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 53.8 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8gs9:
SARS-CoV-2 BA.2 spike RBD in complex bound with VacBB-551

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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