+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34220 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of human Neuroligin 2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | synapse protein / plasma membrane / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neurotransmitter-gated ion channel clustering / jump response / positive regulation of t-SNARE clustering / symmetric, GABA-ergic, inhibitory synapse / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / terminal button organization / postsynaptic density protein 95 clustering / postsynaptic membrane assembly / cell-cell junction maintenance / positive regulation of synaptic vesicle clustering ...neurotransmitter-gated ion channel clustering / jump response / positive regulation of t-SNARE clustering / symmetric, GABA-ergic, inhibitory synapse / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / terminal button organization / postsynaptic density protein 95 clustering / postsynaptic membrane assembly / cell-cell junction maintenance / positive regulation of synaptic vesicle clustering / presynaptic membrane assembly / thigmotaxis / ribbon synapse / inhibitory synapse / neuron cell-cell adhesion / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / insulin metabolic process / neurexin family protein binding / presynapse assembly / dopaminergic synapse / protein localization to synapse / inhibitory synapse assembly / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / regulation of AMPA receptor activity / glycinergic synapse / synaptic transmission, GABAergic / protein localization to cell surface / Neurexins and neuroligins / positive regulation of synapse assembly / postsynaptic specialization membrane / positive regulation of protein localization to synapse / positive regulation of dendritic spine development / locomotory exploration behavior / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / social behavior / neuromuscular process controlling balance / synaptic vesicle endocytosis / regulation of presynapse assembly / excitatory synapse / cell adhesion molecule binding / sensory perception of pain / synapse assembly / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / dendritic shaft / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / synapse organization / modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of insulin secretion / cell-cell adhesion / signaling receptor activity / presynaptic membrane / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / synapse / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang H / Zhang Z / Hou M | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Front Endocrinol (Lausanne) / 年: 2022 タイトル: Expression and structural analysis of human neuroligin 2 and neuroligin 3 implicated in autism spectrum disorders. 著者: Zhenzhen Zhang / Mengzhuo Hou / Huaxing Ou / Daping Wang / Zhifang Li / Huawei Zhang / Jianping Lu / 要旨: The development of autism spectrum disorders (ASDs) involves both environmental factors such as maternal diabetes and genetic factors such as neuroligins (NLGNs). NLGN2 and NLGN3 are two members of ...The development of autism spectrum disorders (ASDs) involves both environmental factors such as maternal diabetes and genetic factors such as neuroligins (NLGNs). NLGN2 and NLGN3 are two members of NLGNs with distinct distributions and functions in synapse development and plasticity. The relationship between maternal diabetes and NLGNs, and the distinct working mechanisms of different NLGNs currently remain unclear. Here, we first analyzed the expression levels of NLGN2 and NLGN3 in a streptozotocin-induced ASD mouse model and different brain regions to reveal their differences and similarities. Then, cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of human NLGN2 and NLGN3 were determined. The overall structures are similar to their homologs in previous reports. However, structural comparisons revealed the relative rotations of two protomers in the homodimers of NLGN2 and NLGN3. Taken together with the previously reported NLGN2-MDGA1 complex, we speculate that the distinct assembly adopted by NLGN2 and NLGN3 may affect their interactions with MDGAs. Our results provide structural insights into the potential distinct mechanisms of NLGN2 and NLGN3 implicated in the development of ASD. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34220.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-34220-v30.xml emd-34220.xml | 13.5 KB 13.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34220.png | 113.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34220.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_34220_half_map_1.map.gz emd_34220_half_map_2.map.gz | 59.2 MB 59.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34220 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34220 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gs4MC 8gs3C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34220.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.92 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34220_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34220_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : homodimer of Neuroligin 2
全体 | 名称: homodimer of Neuroligin 2 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: homodimer of Neuroligin 2
超分子 | 名称: homodimer of Neuroligin 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Neuroligin-2
分子 | 名称: Neuroligin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 90.913781 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MWLLALCLVG LAGAQRGGGG PGGGAPGGPG LGLGSLGEER FPVVNTAYGR VRGVRRELNN EILGPVVQFL GVPYATPPLG ARRFQPPEA PASWPGVRNA TTLPPACPQN LHGALPAIML PVWFTDNLEA AATYVQNQSE DCLYLNLYVP TEDGPLTKKR D EATLNPPD ...文字列: MWLLALCLVG LAGAQRGGGG PGGGAPGGPG LGLGSLGEER FPVVNTAYGR VRGVRRELNN EILGPVVQFL GVPYATPPLG ARRFQPPEA PASWPGVRNA TTLPPACPQN LHGALPAIML PVWFTDNLEA AATYVQNQSE DCLYLNLYVP TEDGPLTKKR D EATLNPPD TDIRDPGKKP VMLFLHGGSY MEGTGNMFDG SVLAAYGNVI VATLNYRLGV LGFLSTGDQA AKGNYGLLDQ IQ ALRWLSE NIAHFGGDPE RITIFGSGAG ASCVNLLILS HHSEGLFQKA IAQSGTAISS WSVNYQPLKY TRLLAAKVGC DRE DSAEAV ECLRRKPSRE LVDQDVQPAR YHIAFGPVVD GDVVPDDPEI LMQQGEFLNY DMLIGVNQGE GLKFVEDSAE SEDG VSASA FDFTVSNFVD NLYGYPEGKD VLRETIKFMY TDWADRDNGE MRRKTLLALF TDHQWVAPAV ATAKLHADYQ SPVYF YTFY HHCQAEGRPE WADAAHGDEL PYVFGVPMVG ATDLFPCNFS KNDVMLSAVV MTYWTNFAKT GDPNQPVPQD TKFIHT KPN RFEEVVWSKF NSKEKQYLHI GLKPRVRDNY RANKVAFWLE LVPHLHNLHT ELFTTTTRLP PYATRWPPRP PAGAPGT RR PPPPATLPPE PEPEPGPRAY DRFPGDSRDY STELSVTVAV GASLLFLNIL AFAALYYKRD RRQELRCRRL SPPGGSGS G VPGGGPLLPA AGRELPPEEE LVSLQLKRGG GVGADPAEAL RPACPPDYTL ALRRAPDDVP LLAPGALTLL PSGLGPPPP PPPPSLHPFG PFPPPPPTAT SHNNTLPHPH STTRV UniProtKB: Neuroligin-2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最小 デフォーカス(補正後): 1.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 192341 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |