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- EMDB-34216: APOE4 receptor in complex with APOE4 NTD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34216
タイトルAPOE4 receptor in complex with APOE4 NTD
マップデータ
試料
  • 複合体: APOE4-LilrB3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Apolipoprotein E
  • タンパク質・ペプチド: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 6
キーワードReceptor complex / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


inhibitory MHC class I receptor activity / immune response-regulating signaling pathway / lipid transport involved in lipid storage / intermediate-density lipoprotein particle clearance / positive regulation of lipid transport across blood-brain barrier / regulation of cellular response to very-low-density lipoprotein particle stimulus / metal chelating activity / triglyceride-rich lipoprotein particle clearance / discoidal high-density lipoprotein particle / lipoprotein particle ...inhibitory MHC class I receptor activity / immune response-regulating signaling pathway / lipid transport involved in lipid storage / intermediate-density lipoprotein particle clearance / positive regulation of lipid transport across blood-brain barrier / regulation of cellular response to very-low-density lipoprotein particle stimulus / metal chelating activity / triglyceride-rich lipoprotein particle clearance / discoidal high-density lipoprotein particle / lipoprotein particle / negative regulation of triglyceride metabolic process / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / maintenance of location in cell / regulation of amyloid-beta clearance / positive regulation of lipoprotein transport / Transcriptional regulation by the AP-2 (TFAP2) family of transcription factors / chylomicron remnant clearance / chylomicron remnant / intermediate-density lipoprotein particle / acylglycerol homeostasis / NMDA glutamate receptor clustering / very-low-density lipoprotein particle remodeling / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activator activity / Chylomicron clearance / positive regulation of phospholipid efflux / Chylomicron remodeling / lipid transporter activity / cellular response to lipoprotein particle stimulus / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / response to caloric restriction / very-low-density lipoprotein particle clearance / regulation of amyloid fibril formation / Chylomicron assembly / high-density lipoprotein particle clearance / phospholipid efflux / chylomicron / regulation of protein metabolic process / very-low-density lipoprotein particle receptor binding / lipoprotein catabolic process / AMPA glutamate receptor clustering / high-density lipoprotein particle remodeling / melanosome organization / positive regulation of cholesterol metabolic process / multivesicular body, internal vesicle / regulation of behavioral fear response / reverse cholesterol transport / positive regulation of amyloid-beta clearance / host-mediated activation of viral process / high-density lipoprotein particle assembly / low-density lipoprotein particle / lipoprotein biosynthetic process / cholesterol transfer activity / high-density lipoprotein particle / protein import / very-low-density lipoprotein particle / cholesterol catabolic process / heparan sulfate proteoglycan binding / low-density lipoprotein particle remodeling / amyloid precursor protein metabolic process / negative regulation of amyloid fibril formation / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of Cdc42 protein signal transduction / synaptic transmission, cholinergic / HDL remodeling / negative regulation of endothelial cell migration / cholesterol efflux / regulation of cholesterol metabolic process / artery morphogenesis / negative regulation of protein metabolic process / regulation of axon extension / triglyceride homeostasis / Scavenging by Class A Receptors / triglyceride metabolic process / low-density lipoprotein particle receptor binding / positive regulation of amyloid fibril formation / regulation of innate immune response / virion assembly / positive regulation of dendritic spine development / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of endothelial cell proliferation / response to dietary excess / antioxidant activity / locomotory exploration behavior / negative regulation of MAP kinase activity / lipoprotein particle binding / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of endocytosis / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of platelet activation / positive regulation of dendritic spine maintenance / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of cholesterol efflux / regulation of neuronal synaptic plasticity / regulation of proteasomal protein catabolic process / negative regulation of protein secretion / long-term memory / fatty acid homeostasis / long-chain fatty acid transport / regulation of protein-containing complex assembly
類似検索 - 分子機能
Alpha-1B-glycoprotein/leukocyte immunoglobulin-like receptor / : / Apolipoprotein A/E / : / Apolipoprotein A1/A4/E domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type ...Alpha-1B-glycoprotein/leukocyte immunoglobulin-like receptor / : / Apolipoprotein A/E / : / Apolipoprotein A1/A4/E domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Apolipoprotein E / Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Zhou J / Wang Y / Huang Z / Shi Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government2020C04001 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2023
タイトル: LilrB3 is a putative cell surface receptor of APOE4.
著者: Jiayao Zhou / Yumeng Wang / Gaoxingyu Huang / Min Yang / Yumin Zhu / Chen Jin / Dan Jing / Kai Ji / Yigong Shi /
要旨: The three isoforms of apolipoprotein E (APOE2, APOE3, and APOE4) only differ in two amino acid positions but exert quite different immunomodulatory effects. The underlying mechanism of such APOE ...The three isoforms of apolipoprotein E (APOE2, APOE3, and APOE4) only differ in two amino acid positions but exert quite different immunomodulatory effects. The underlying mechanism of such APOE isoform dependence remains enigmatic. Here we demonstrate that APOE4, but not APOE2, specifically interacts with the leukocyte immunoglobulin-like receptor B3 (LilrB3). Two discrete immunoglobin-like domains of the LilrB3 extracellular domain (ECD) recognize a positively charged surface patch on the N-terminal domain (NTD) of APOE4. The atomic structure reveals how two APOE4 molecules specifically engage two LilrB3 molecules, bringing their intracellular signaling motifs into close proximity through formation of a hetero-tetrameric complex. Consistent with our biochemical and structural analyses, APOE4, but not APOE2, activates human microglia cells (HMC3) into a pro-inflammatory state in a LilrB3-dependent manner. Together, our study identifies LilrB3 as a putative immune cell surface receptor for APOE4, but not APOE2, and may have implications for understanding the biological functions as well as disease relevance of the APOE isoforms.
履歴
登録2022年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月5日-
マップ公開2023年7月5日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34216.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34216.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.062 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.062 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.062 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0979 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.2
最小 - 最大-4.568849 - 7.2745657
平均 (標準偏差)0.0020957298 (±0.1161594)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.0624 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34216_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34216_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : APOE4-LilrB3 complex

全体名称: APOE4-LilrB3 complex
要素
  • 複合体: APOE4-LilrB3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Apolipoprotein E
  • タンパク質・ペプチド: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 6

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超分子 #1: APOE4-LilrB3 complex

超分子名称: APOE4-LilrB3 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 136.6 KDa

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分子 #1: Apolipoprotein E

分子名称: Apolipoprotein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.469791 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GQRWELALGR FWDYLRWVQT LSEQVQEELL SSQVTQELRA LMDETMKELK AYKSELEEQL TPVAEETRAR LSKELQAAQA RLGADMEDV RGRLVQYRGE VQAMLGQSTE ELRVRLASHL RKLRKRLLRD ADDLQKRLAV Y

UniProtKB: Apolipoprotein E

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分子 #2: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 6

分子名称: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.869168 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PFPKPTLWAE PGSVISWGSP VTIWCQGSLE AQEYRLDKEG SPEPLDRNNP LEPKNKARFS IPSMTEHHAG RYRCHYYSSA GWSEPSDPL ELVMTGFYNK PTLSALPSPV VASGGNMTLR CGSQKGYHHF VLMKEGEHQL PRTLDSQQLH SGGFQALFPV G PVNPSHRW ...文字列:
PFPKPTLWAE PGSVISWGSP VTIWCQGSLE AQEYRLDKEG SPEPLDRNNP LEPKNKARFS IPSMTEHHAG RYRCHYYSSA GWSEPSDPL ELVMTGFYNK PTLSALPSPV VASGGNMTLR CGSQKGYHHF VLMKEGEHQL PRTLDSQQLH SGGFQALFPV G PVNPSHRW RFTCYYYYMN TPQVWSHPSD PLEILPSGVS RKPSLLTLQG PVLAPGQSLT LQCGSDVGYD RFVLYKEGER DF LQRPGQQ PQAGLSQANF TLGPVSRSHG GQYRCYGAHN LSSEWSAPSD PLNILMAGQI YDTVSLSAQP GPTVASGENV TLL CQSWWQ FDTFLLTKEG AAHPPLRLRS MYGAHKYQAE FPMSPVTSAH AGTYRCYGSY SSNPHLLSFP SEPLELMVSG

UniProtKB: Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily A member 6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 462565
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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